Selasa, 03 Januari 2012

Instalasi Aplikasi pada Ubuntu Menggunakan Terminal

Hallo semua. Lama tidak jumpa. Bagaimana dengan perkembangan pelajaran Linux-nya? Semoga bertambah maju Winking smile. Kemarin-kemarin kita belajar tentang menginstall aplikasi di linux ”salah satu kelebihan utama di linux”dan sekarang kita akan belajar lagi cara menginstall aplikasi di linux, tapi dengan menggunakan cli (command line interface), atau disebut juga terminal (windows: cmd). Nah, kita tetap akan menggunaan Ubuntu linux untuk itu (ohya, Ubuntu 10.10 dah keluar cak 4 bulan lalu, lho).
Ada beberapa keuntungan, seperti penggunaan memori yang relatif kecil, cepat dalam pengerjaan, dan tidak bertele-tele. Kekurangannya, daftar-daftar paket tidak ditampilkan, jadi agak susah untuk memilih paket yang diinginkan. Apalagi bila kita tidak tahu paket-paket/aplikasi di linux itu apa saja, dan apa fungsinya.
Dari kelebihan dan kekurangan di atas, orang-orang biasa menyimpulkan bahwa menginstall paket lewat terminal itu sulit dan hanya dipakai oleh orang-orang yang sudah ahli. Well, ada benar dan ada salahnya. Tapi, agar tidak terlalu bertele-tele tulisannya, hal tersebut tidak akan dibahas, dan kita akan langsung masuk ke cara install aplikasi lewat terminal.
terminal-01
Catatan: lihat screenshoot di atas? Ubuntu 10.04 saya jalankan dari dalam VirtualBox. Kerenkan? Tentang VirtualBox dan apa itu, bisa baca artikel saya, Virtualisasi: Komputer dalam Komputer.
*****
Aplikasi berbasis terminal untuk menginstall aplikasi di Ubuntu kita kenal dengan nama apt-get. Keterangan panjangnya bisa Anda baca dengan mengetikkan ‘man apt-get‘ tanpa tanda kutip. Karena Linux dibuat mirip dengan Unix (yang biasanya dipakai di server), maka hampir semua hal bisa kita lakukan dari terminal, seperti berapa lama komputer dihidupkan (uptime), berapa banyak memori terpakai (free), berapa banyak ruang harddisk terpakai (df -h), lagi berada dalam direktori mana (pwd),task manager lewat terminal (top), dan masiihhhhh banyak lagi**. Semuanya berguna untuk memperkecil memori yang digunakan (GUI vs terminal), penghematan bandwith bila digunakan untuk remote server, dan mempercepat kerja. รข€¦wah, jadi ngelantur nih, haha… Lanjut!!
terminal-02
OK. Langkah-langkah menginstall aplikasi lewat terminal menggunakan apt-get:
Langkah 1
Buka terminal. Ketik ‘sudo nano /etc/apt/sources.list‘ tanpa tanda kutip (hasilnya akan sama seperti langkah #2 di artikel Instalasi Aplikasi di Linux). Selanjutnya, hilangkan semua baris yang ada tulisan ‘deb‘ di depannya. Yang ada tanda ‘#’ di depannya tidak perlu dihapus. Bingung, musnahkan (hapus) semuanya!!
terminal-03
Catatan: untuk mengadakan perubahan pada file sistem atau menjalankan aplikasi yang bersifat kritis di Ubuntu, kita harus menggunakan perintah sudo, yang artinya kita menjalankan perintah tersebut sebagairoot (administrator pada windows), demi menjaga keamanan sistem.
Langkah 2
Ketikkan baris ini pada bagian paling atas***:
deb http://dl2.foss-id.web.id/ubuntu lucid main multiverse restricted universe
Kemudian tekan tombol Ctrl+X, diikuti tombol Y, dan tekan enter untuk mengakhirinya. Bila Anda menggunakan Ubuntu 10.10, ganti tulisan lucid di atas menjadi maverick.
terminal-04
Langkah 3
#2 dan #3 berguna untuk mengeset dari situs mana aplikasi-aplikasi itu akan kita ambil. Bila paket Anda berada di CD/DVD, ketik ‘sudo apt-cdrom add‘ tanpa tanda kutip, masukkan CD/DVD pertama, tekanenter. Ulangi untuk CD/DVD berikutnya. Mudah kan?
Langkah 4
Setelah itu, kita update database paket/aplikasi dengan data paket terbaru dari sumber yang telah kita masukkan di atas: ketik ‘sudo apt-get update‘ tanpa tanda kutip.
terminal-05
Langkah 5
Setelah itu, kita tinggal mengetikkan ‘sudo apt-get [nama_paket]‘ tanpa tanda kutip. [nama paket]adalah nama aplikasi yang ingin kita install.
terminal-06
Langkah 6
Sekarang coba ketik ‘sudo apt-get htop‘, yang akan menginstall paket bernama htop (task manager di linux seperti top, tapi berwarna). Setelah selesai, di terminal yang sama, ketikkan ‘htop‘ tanpa tanda kutip. Untuk selesainya, tekan tombol ‘Q‘ pada keyboard.
terminal-07
Langkah 8
Untuk penutup, silakan menginstall paket inkscape dengan mengetikkan ‘sudo apt-get inkscape‘ tanpa tanda kutip. Inkscape adalah aplikasi pengolah vektor seperti coreldraw.
Catatan: Bila Anda tidak tahu paket apa yang ingin diinstall, tapi tahu deskripsi/kategori paket tersebut, Anda bisa melakukan pencarian dengan perintah ‘sudo apt-cache search [deskripsi/kategori]‘, yang akan mencari daftar paket di database kita berdasarkan kategori/ deskripsi yang kita berikan. Contoh: ‘sudo apt-cache search vector-based‘ akan menampilkan data-data seperti pada gambar.
terminal-ubuntu-virtualbox
*** daftar source yang ada di Indonesia (koneksi cepat):
· http://ubuntu.indika.net.id
· http://kambing.ui.ac.id/ubuntu
· http://repo.ugm.ac.id/ubuntu
· http://dl2.foss-id.web.id/ubuntu/


Related Terms UNTUK Kimia Komputasi


1. Ab initio: metode kimia komputasi didasarkan pada kimia kuantum
2. Lahir-Oppenheimer pendekatan: asumsi bahwa gerak elektronik dan gerak nuklir dalam molekul dapat dipisahkan
3. Kimiawi: penggunaan teknik komputer dan informasi, diterapkan untuk berbagai masalah dalam bidang kimia 
4. Perbandingan analisis lapangan molekul (CoMFA): teknik QSAR 3D berdasarkan data dari molekul aktif yang dikenal
5. Kimia komputasi: cabang kimia yang menggunakan prinsip-prinsip ilmu komputer untuk membantu dalam memecahkan masalah kimia 
6. Ilmu komputer: studi tentang dasar-dasar teoritis dari informasi dan komputasi. Ini juga mencakup teknik-teknik praktis untuk implementasi dan aplikasi dalam sistem komputer
7. Teori fungsional kepadatan (DFT): metode mekanis kuantum pemodelan yang digunakan dalam fisika dan kimia untuk menyelidiki struktur elektronik dari sistem banyak-tubuh
8. Hartree-Fock: metode perkiraan untuk penentuan fungsi gelombang tanah negara dan tanah-keadaan energi dari sistem banyak-tubuh kuantum
9. Hybrid fungsional: kelas perkiraan untuk pertukaran energi-korelasi fungsional dalam teori kerapatan fungsional yang menggabungkan sebagian pertukaran tepat dari Hartree-Fock teori dengan pertukaran dan korelasi dari sumber lain 
10. Kombinasi linear orbital atom (LCAO): superposisi kuantum orbital atom dan teknik untuk menghitung orbital molekul 
11. Dinamika molekul: sebuah simulasi komputer dari gerakan fisik atom dan molekul
12. Mekanika molekul: metode empiris digunakan untuk menyatakan energi potensial dari molekul sebagai fungsi dari variabel geometris 
13. Pemodelan molekul: semua metode teoritis dan teknik komputasi yang digunakan untuk model atau meniru perilaku molekul 
14. Monte Carlo: kelas algoritma komputasi yang mengandalkan sampling acak berulang untuk menghitung hasil mereka
15. Populasi Mulliken analisis: memperkirakan biaya atom parsial dari perhitungan yang dilakukan dengan metode kimia komputasi
16. Kuantitatif struktur-aktivitas hubungan (QSAR): proses dimana struktur kimia secara kuantitatif berkorelasi dengan proses didefinisikan dengan baik, seperti reaktivitas kimia
17. Pasca-Hartree-Fock: set metode yang dikembangkan untuk memperbaiki Hartree-Fock, atau self-konsisten metode lapangan
18. Kimia kuantum komposit: metode kimia komputasi yang bertujuan untuk akurasi yang tinggi dengan menggabungkan hasil dari beberapa perhitungan
19. Slater tipe orbital: fungsi yang digunakan sebagai orbital atom dalam kombinasi linear orbital atom orbital molekul metode 
20. Statistik mekanik: cara matematis untuk memperkirakan karakter thermodinamic bahan yang relatif

Sumber:  http://wandasepta.blogspot.com/2011/12/terms-related-to-computational.html

Contoh analisa yang dapat dilakukan Hyperchem

1. Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana. Pilih unsur dari tabel periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse. Dengan mouse kita dapat mengkontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah struktur.
2. Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi terlebih dahulu untuk mengontrol operasi dari tools.
3. Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dapat dikerjakan denganHyperChem’s model builder.
4. Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah. Kita dapat melakukan constraintterhadap panjang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom yang diinginkan.


Display Molekular (Molecular Display)
· Pilihan rendering : Ball-and-stickfused CPK spheres dengan pilihan shading andhighlighting. Juga vdW dots, cylinders dan overlapping spheres.
· Ribbon rendering untuk protein backbones, dengan pilihan sidechain display.
· 3D Isosurfaces atau 2D contour plots untuk: muatan total, kerapatan muatan, orbital molekul, kerapatan spin, potensial elektrostatik (ESP), ESP dipetakan pada 3D charge density surface.
· Pilihan isosurface rendering: wire mesh, Jorgensen-Salem, transparent dan solid surfaces,Gouraud shaded surface.
· Selama simulasi dapat ditampilkan rerata energi kinetik , energi potensial, energi total dan parameter molekul seperti panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi.
· Animasi mode vibrasi dari spektra IR


Kimia Komputasi

Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model  energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau simulasi Metropolis Monte Carlo.



Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimisasi geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekular, simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.
1.   Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang telah ditentukan (tanpa proses optimasi)
2. Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi untuk mendapatkan struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.
3. Perhitungan frekuensi Vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi. Spektrum teroptimisasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.
4. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Followingatau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem 5.
a) Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses unimolekular atau setiap system molecular yang mode vibrasi naturalnya cenderung menuju ke suatu keadaan transition.
b) Metode Synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda. Terdapat dua metodologi synchronous transit yang diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear synchronous Transit (LST) dan Quadratic Synchronous transit (QST).
5. Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem molekular. Waktu pemanasan, keseimbangan dan pendinginan dapat diterapkan dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan atau temperatur konstan.
6. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa memasukkan secara implicit molekul-molekul pelarut.
7. Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeksplorasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh system yang sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

software pendukung analisis kimia (advance)

Beberapa software kimia yang sangat membantu untuk penstruktur/karakterisasi, diberikan pada tabel dibawah ini dan diijinkan untuk di-download.  File dititipkan di ziddu.com.   (sumber : http://mahboeb.net)
Analisa Spektroskopi Inframerah (IR)download now
Avogadro-1.0.3-win32.exedownload now
NMR.Exedownload now
Chemical Shift.Exedownload now
Bond Vibration.Exedownload now
chemtoolbox_uk_1.1.0.exedownload now
Total Comanderdownload now
tabelperiodikunsur.exedownload now
IRpal10.zipdownload now
Crystalography.zipdownload now
TREOR pendekatan komputasi struktur kristaldownload now
 software pendukung  analisis kimia (advance) :
Fulprof Suitedownload now
Orbital Viewerdownload now
Rieticadownload now
Debvindownload now
Powder celldownload now
Origin Pro 7.0download now
Persamaan Schcrodingerdownload now
BS 1.77download now
Crocodile Chemistry 605download now
HyperChemdownload now
Chemoffice 8download now
Virtual Labdownload now
Fulprof Suitedownload now
Orbital Viewerdownload now
Rieticadownload now
Debvindownload now
Powder celldownload now
Origin Pro 7.0download now
Persamaan Schcrodingerdownload now
BS 1.77download now
Crocodile Chemistry 605download now
HyperChemdownload now
Chemoffice 8download now

SUMBER :  http://kimiaasyik.wordpress.com/software-kimia/