Linux4Chemistry

• 2D    Quantum Mekanika

  GPL, Fortran

  • 2D adalah program Hartree-Fock numerik untuk molekul diatomik.

• ABINIT    Quantum Mekanika

  GPL, Fortran

  • ABINIT adalah paket program utama yang memungkinkan seseorang untuk menemukan total energi, densitas muatan dan struktur elektronik sistem terbuat dari elektron dan inti (molekul dan padatan periodik) dalam teori kerapatan fungsional (DFT), pseudopotentials menggunakan dan secara planewave. Keadaan tereksitasi dapat dihitung dalam Teori Kepadatan Waktu-Dependent Fungsional (untuk molekul), atau dalam Tubuh Banyak-Teori kekacauan (aproksimasi GW).

• ADF    Quantum Mekanika

  • ADF Kepadatan Amsterdam program sistem Fungsional berkualitas tinggi penelitian kimia komputasi. Dua program utama yang ADF, untuk molekul, dan BAND untuk struktur periodik: polimer, slab, dan kristal. Beberapa utilitas dan properti kecil program yang tersedia untuk pre-dan pasca-pengolahan data perhitungan utama.

• Almond    kimiawi

  • Almond adalah sebuah program khusus dikembangkan untuk menghasilkan dan penanganan keselarasan deskriptor independen yang disebut Grind (Grid Deskriptor Independen). Ini adalah generasi baru 3D-molekul deskriptor dengan aplikasi di 3D-QSAR, QSAR, skrining virtual, desain perpustakaan kombinatorial, penelitian selektivitas dan di bidang apapun di mana pharmacophoric 3D deskripsi kuantitatif untuk (makro) molekul yang dibutuhkan.

• ALOGPS    kimiawi

  • ALOGPS menyediakan prediksi logP dan kelarutan berair senyawa untuk digunakan dalam desain obat (ADMET dan HTS) dan studi kimia lingkungan. Program ALOGPS dapat juga digunakan untuk memprediksi nilai-nilai logD.

• AmberFFC    Dinamika Molekuler

  • AmberFFC dirancang untuk mengubah medan gaya yang berbeda yang ada AMBER (FF) tersedia secara bebas dalam domain publik, untuk digunakan dengan komersial paket pemodelan molekul, menggunakan paket perangkat lunak MSI sebagai model kasus.

• AMMP    Dinamika Molekuler, Mekanika Molekuler

  GPL, C

  • AMMP adalah fitur lengkap yang modern mekanika molekul, dinamika dan program pemodelan. Hal ini dapat memanipulasi kedua molekul kecil dan makromolekul termasuk protein, asam nukleat dan polimer lainnya. Selain fitur standar, seperti dinamika molekuler stabil secara numerik, metode cepat untuk multipole termasuk semua atom dalam perhitungan potensi jangka panjang dan pengoptimalan struktur yang kuat, ia memiliki pilihan yang fleksibel potensi dan kemampuan yang sederhana namun kuat untuk memanipulasi molekul dan menganalisis individu istilah energi.

• AMPAC dengan GUI    Quantum Mekanika

  • AMPAC adalah sepenuhnya fitur semiempirical QM program. Ini juga termasuk antarmuka pengguna grafis (GUI) yang membangun molekul dan menawarkan visualisasi penuh hasil.

• AQUA    NMR

  • AQUA adalah suite program untuk menganalisis kualitas struktur biomolekuler yang ditentukan melalui spektroskopi NMR. AQUA mampu menghitung pelanggaran NOE, tingkat kelengkapan Noes berdasarkan struktur.

• ASAD    Reaksi

  • ASAD adalah paket perangkat lunak yang dikembangkan untuk menciptakan dan mengintegrasikan skema kimia dalam model atmosfer tanpa perlu menulis kode FORTRAN untuk memecahkan persamaan kimia tingkat.

• Ascalaph Quantum    Mekanika Kuantum, Mekanika Molekuler, Penampil 3D

  GPL, C + +

  • Ascalaph Quantum adalah GUI untuk mempersiapkan perhitungan mekanika molekular. Hal ini juga menyediakan sebuah antarmuka ke PC GAMESS, NWChem dan CP2K.

• Atomistix Perkakas    Quantum Mekanika, struktur nano

  • Atomistix Perkakas, ATK, adalah prinsip-prinsip pertama struktur program elektronik mampu pemodelan sifat listrik dari sistem berstrukturnano digabungkan untuk semi-infinite elektroda (menggunakan fungsi non-ekuilibrium Green). Fitur kunci perhitungan sifat listrik dari perangkat nano, akses ke algoritma canggih DFT, dukungan untuk sistem molekul, sistem curah dan periodik, dan dua sistem probe. Selain itu ada lingkungan scripting berbasis Python.

• Avogadro    Mekanika Kuantum, Mekanika Molekuler, Penampil 3D

  GPL, C + +

  • Avogadro adalah editor molekul canggih yang dirancang untuk cross-platform yang digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait. Ia menawarkan mesin rendering fleksibel dan arsitektur plugin yang kuat.

• AutoAssign    NMR, enzim

  • AutoAssign adalah kendala berbasis sistem pakar untuk mengotomatisasi tugas analisis resonansi backbone menggunakan spektra NMR protein kecil.

• AutoDock    Docking

  GPL, C + +

  • AutoDock adalah suite alat docking otomatis. Hal ini dirancang untuk memprediksi bagaimana molekul kecil, seperti substrat atau calon obat, mengikat ke reseptor struktur 3D yang dikenal. Metode pencarian mencakup metode evolusi seperti Genetic Algorithm Lamarck, di samping Monte Carlo simulasi annealing (SA) metode.

• Babel    kimiawi

  • Babel adalah sebuah program yang dirancang untuk interconvert sejumlah format file yang digunakan dalam pemodelan molekul. Babel mampu hibridisasi menugaskan, orde ikatan, dan konektivitas ketika elemen ini tidak hadir dalam file input.

• B-BOP    Quantum Mekanika, Dinamika Molekuler, Bahan

  GPL, C

  • B-BOP (Blok Bond metode Orde Potensi) adalah sebuah program untuk melakukan O (N)-ketat mengikat (TB) perhitungan molekul dan bulks, berdasarkan blok obligasi agar potensi dalam metode semi empiris model TB. Dinamika molekul (MD) simulasi untuk ansambel Nev dan optimasi geometri dengan metode yang layak curam (SD) dapat dilakukan.

• BIGMAC    Termodinamika

  GPL, Fortran

  • BIGMAC singkatan Selain Mengesankan Tujuan dari Perhitungan Buatan Mesin. Menggunakan Configurational Bias Monte Carlo (CBMC) untuk menghitung sifat termodinamika molekul fleksibel. Ini telah digunakan untuk mempelajari perilaku adsorpsi alkana linier dan bercabang di zeolit ​​dan ekuilibrium uap-cair dari alkana linier dan bercabang.

• Bioclipse    kimiawi

  Eclipse Public License, Jawa

  • Bioclipse adalah sebuah platform berbasis Java visual untuk kemo-dan bioinformatika dengan arsitektur plugin yang saat ini termasuk plugin untuk CDK dan Jmol.

• Bist    Menggambar 2D

  GPL, C + +

  • Bist (Bidimensional Struktur) adalah sebuah gambar kimia program yang difokuskan pada kimia organik. Menggunakan API OpenBabel, dapat mengimpor / ekspor dalam berbagai macam format file seperti CML. Sebuah fitur penting adalah bahwa secara otomatis dapat mengurai fragmen linier untuk menciptakan struktur 2D.

• BKChem    Menggambar 2D

  GPL, Python

  • BKChem adalah sebuah gambar kimia program yang ditulis dengan Python. Salah satu fitur utama adalah ekspor SVG.

• BobScript    Penampil 3D

  • BobScript adalah sebuah program untuk memfasilitasi produksi kualitas grafis publikasi molekul. Ini adalah pengembangan lebih lanjut dari MolScript program, namun memiliki ekstensi yang membuatnya sangat cocok untuk kristalografi protein. Output dapat dalam format PostScript atau sebagai file yang cocok untuk rendering dengan Raster3D  . Sebuah program konversi juga memungkinkan POV-Ray untuk digunakan sebagai mesin rendering.

• Bodil    Penampil 3D

  • Bodil adalah, modular multi-platform paket perangkat lunak untuk visualisasi dan pemodelan biomolekuler. Bodil bertujuan untuk menyediakan mudah grafis tiga dimensi molekul erat terintegrasi dengan melihat urutan dan mengedit urutan keselarasan.

• BOSS    Molekuler Mekanika, Mekanika Kuantum

  • BOSS (Sistem Simulasi Biokimia dan Organik) adalah tujuan umum pemodelan molekul sistem yang melakukan mekanika molekul (MM) perhitungan, Metropolis Monte Carlo (MC) mekanika statistik simulasi, dan semiempirical AM1, PM3, dan PDDG/PM3 mekanika kuantum (QM) perhitungan .

• CACTVS    Workflow

  • CACTVS adalah sistem klien / server didistribusikan untuk, manajemen analisis komputasi, dan visualisasi informasi kimia apapun, bahkan dinamis dan ad-hoc jenis didefinisikan.CACTVS Tools adalah paket visualisasi untuk kimiawan.

• Cameo    Reaksi

  • Cameo adalah sistem pakar modular, sebuah program komputer yang memprediksi produk dari reaksi organik diberikan bahan awal, reagen dan kondisi. Demo online - WebCAMEO tersedia.

• CASTEP    Quantum Mekanika

  • Sebuah sepenuhnya-fitur pertama prinsip-prinsip struktur kode elektronik berdasarkan teori kerapatan fungsional dan menggunakan dasar pesawat-gelombang set dengan pseudopotentials. Ini menggunakan kondisi batas periodik dan karenanya sangat cocok untuk pemodelan padatan, cairan, dan permukaan menggunakan geometri slab. Tersedia gratis untuk akademisi Inggris.

• cclib    Quantum Mekanika

  GPL, Python

  • cclib (perpustakaan kimia komputasi) memungkinkan pengguna untuk dengan mudah menerapkan algoritma kimia komputasi yang menggunakan hasil dari perhitungan dari salah satu dari sejumlah besar paket populer kimia komputasi (termasuk GAMESS, GAMESS-Inggris, Jaguar, Gaussian, Molpro dan ADF).

• CCP1GUI    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  GPL, Python

  • CCP1GUI adalah gratis, extensible Graphical User Interface (GUI) dikembangkan untuk GAMESS-Inggris, tetapi juga mendukung paket lain. GUI telah dibangun di sekeliling bahasa pemrograman open source Python dan toolkit visualisasi VTK. Ini memiliki dukungan untuk format konvensional seperti Z-matriks dan PDB, serta program-spesifik format untuk CHARMM, ChemShell, XMol dan Gaussian.

• CDA    Quantum Mekanika

  • CDA (Mengisi Analisis Decompositional) telah dirancang untuk menganalisis sistem kimia yang dapat digambarkan sebagai kompleks donor-akseptor. Elektronik dan energik perubahan terkait dengan pembentukan sebuah kompleks yang terdiri dari dua fragmen A dan B dipartisi dalam hal model Dewar-chatt-Duncanson akrab. Analisis energi layak dalam pendekatan Hartree-Fock, sedangkan analisis dekomposisi biaya juga dapat dilakukan pada tingkat berkorelasi. Membutuhkan file output Gaussian.

• ChemApp    Termodinamika

  • ChemApp menyediakan kemampuan perhitungan yang kuat dari ChemSage dalam bentuk perpustakaan programmer. Ini terdiri dari satu set kaya subrutin yang menyediakan semua alat yang diperlukan untuk perhitungan kompleks multikomponen, kesetimbangan kimia multifase dan penentuan saldo energi yang terkait. ChemApp cahaya adalah versi gratis dari ChemApp, memberikan Anda hampir fungsi yang sama seperti versi regular ChemApp.

• ChemCalc    Utilitas

  • ChemCalc ini dimaksudkan untuk menjadi sebuah kalkulator berorientasi pada kimia. Ini menghitung rumus molekul, massa molekul, massa yang tepat, analisis unsur dan plot grafik distribusi isotop.

• ChemDoodle    Menggambar 2D

  • ChemDoodle adalah kimia yang inovatif aplikasi gambar 2D yang bekerja pada sistem operasi apapun dengan Java diinstal. Ini berisi sebuah perpustakaan singkatan yang dapat diperpanjang, dan dapat mengimpor dan mengekspor format file, termasuk Format Bursa ChemDraw.

• ChemicalInventory    Persediaan

  GPL, Jawa

  • ChemicalInventory adalah sebuah aplikasi web yang mengelola saham kimia dalam laboratorium atau fasilitas produksi, di mana bahan kimia harus disimpan dengan aman, mudah ditemukan dan dilacak.

• Kimia 4-D Menggambar untuk Java    2D Menggambar

  • Kimia 4-D Draw adalah mudah digunakan dan struktur program menggambar yang kuat dilaksanakan di Jawa 100%. Pengguna akan dapat menggunakan antarmuka grafis yang sama terlepas dari jenis mesin yang mereka gunakan.

• Kimia Development Kit (CDK)    kimiawi

  GPL, Jawa

  • Kimia Development Kit (CDK) adalah utilitas kelas Java untuk chemoinformatics dan kimia komputasi. Kelas-kelas ini meliputi perhitungan deskripsi, tata letak struktur 2D, grafik algoritma, dan pembaca berkas Format kimia antara lain.

• CHEMKIN    Reaksi

  • CHEMKIN adalah satu set perangkat lunak untuk memecahkan masalah yang kompleks kinetika kimia. Hal ini memungkinkan pengguna untuk memprediksi kondisi kimia dari sistem mereka berdasarkan parameter reaktor variabel, gas inlet, dan komposisi katalis ketika berlaku. CHEMKIN terdiri dari gas dan pemecah kimia permukaan-fase kinetik, dan berbagai model reaktor yang dapat digunakan untuk mewakili sistem yang berbeda Anda tertarik dalam pemodelan.

• ChemNomParse    kimiawi

  LPGL, Jawa

  • ChemNomParse adalah parser nomenklatur kimia. Proyek ini bertujuan untuk membangun molekul dari nama kimia IUPAC.

• ChemSol    solvasi

  • ChemSol menghitung energi solvasi menggunakan dipol Langevin (LD) model perhitungan ab initio pelarut dan.

• Chemsuite    2D Menggambar, IR, Utilitas

  GPL, C + +

  • Chemsuite terdiri dari beberapa program yang bekerja secara independen satu sama lain: Chem2D - laci molekul 2D; Molcalc - kalkulator berat molekul; chemIR: prosesor spektrum inframerah yang dapat membaca, proses, ekspor dan mencetak Perkin Elmer spektra.

• Chemtool    Menggambar 2D

  GPL, C

  • Chemtool adalah program untuk menggambar molekul organik dengan mudah dan menyimpannya sebagai Bitmap X-, Postscript dan berkas XFig. Ini berjalan di bawah X-Window dan ditulis dengan GTK +.

• Chimera    Penampil 3D, Dinamika Molekuler, Docking

  • Chimera adalah sebuah sistem pemodelan molekul extensible yang dapat digunakan untuk visualisasi molekul, penambahan hidrogen, data volumetrik, menampilkan hasil simulasi MD, melihat output dari DOK, dan memiliki dukungan untuk menulis ekstensi dalam bahasa scripting Python.

• Simpanse    Reaksi

  GPL, C + +

  • Simpanse (simpanse Program Modeling hirarkis) adalah alat generik untuk pemodelan fenomena kimia. Simpanse memiliki kemampuan untuk melakukan dinamis simulasi Monte Carlo pada reaksi kimia, khususnya reaksi katalitik heterogen.

• Cn3D    Penampil 3D

  • Cn3D adalah alat visualisasi untuk struktur biomolekuler, urutan, dan keberpihakan urutan. Hal ini juga dapat berfungsi sebagai aplikasi pembantu untuk web browser dan memungkinkan web browser untuk menampilkan 3-dimensi struktur dari NCBI Entrez  layanan pengambilan.

• SSP    Kristalografi, NMR

  • SSP (Kristalografi & Sistem NMR) adalah sebuah suite perangkat lunak yang dirancang untuk memberikan pendekatan multi-level hirarkis yang fleksibel untuk algoritma yang paling umum digunakan dalam penentuan struktur makromolekul.

• COLUMBUS    Quantum Mekanika

  • Columbus adalah kumpulan program untuk tingkat tinggi ab initio perhitungan struktur molekul elektronik. Program yang dirancang terutama untuk diperpanjang multi-referensi (MR) perhitungan di tanah elektronik dan keadaan tereksitasi dari atom dan molekul.

• Kristalografi Komputasi Toolbox    Kristalografi

  GPL, (C + +, Python)

  • Toolbox Kristalografi Komputasi (cctbx) adalah kumpulan dari prosedur dasar untuk Kristalografi Komputasi. Ini termasuk peralatan unit sel, sebuah kotak peralatan kelompok ruang dan toolbox elemen untuk penanganan faktor hamburan dan sifat unsur lainnya.

• Penaklukan    Kristalografi

  • Penaklukan adalah program utama untuk mencari dan mengambil informasi dari Database Struktural Cambridge (CSD). Penaklukan menyediakan berbagai teks / pilihan database numerik pencarian, di samping fungsi pencarian yang lebih kompleks termasuk mencari kimia substruktur, mencari geometris, dan antarmolekul dan non-berikat mencari kontak.

• Wajib militer    Kristalografi

  • Wajib militer menghasilkan isosurfaces berbayang Gouraud densitas elektron untuk presentasi protein berkualitas tinggi dalam jurnal.

• Corina    kimiawi

  • Corina (koordinat), adalah aturan dan sistem data berbasis, yang secara otomatis menghasilkan tiga-dimensi koordinat atom dari konstitusi sebuah molekul seperti yang diungkapkan oleh tabel koneksi atau kode linier. Corina menawarkan banyak fitur untuk mempengaruhi proses pembuatan 3D, penambahan misalnya kurang atau atom hidrogen implisit diberikan, netralisasi biaya resmi, orientasi struktur 3D sesuai dengan saat-saat mereka inersia, removement ion counter di garam.

• COSMOtherm    kimiawi, Termodinamika

  • COSMOtherm menyediakan termodinamika solvasi yang realistis didasarkan pada perhitungan kimia kuantum.

• CP2K    Quantum Mekanika, Dinamika Molekuler

  GPL, Fortran

  • CP2K dapat melakukan simulasi atomistik dan molekuler negara padat, cair, sistem molekuler dan biologi. Ini menyediakan kerangka umum untuk metode yang berbeda seperti misalnya Kepadatan teori fungsional (DFT) menggunakan Gaussian pendekatan campuran dan pesawat gelombang (GPW), dan pasangan klasik dan banyak-tubuh potensi.

• CPMD    Quantum Mekanika, Dinamika Molekuler

  • Kode CPMD adalah pesawat teori gelombang / implementasi pseudopotential kepadatan parallelised fungsional, khususnya yang dirancang untuk ab initio-(Carr-Parrinello) dinamika molekuler.

• CP-Pengoptimal    Quantum Mekanika

  • CP-Optimizer (Pengoptimal imbangan) merupakan prosedur otomatis untuk melakukan optimasi geometri dan perhitungan frekuensi harmonik menggunakan Gaussian.

• Crunch    Kristalografi

  • Crunch adalah program metode langsung untuk memecahkan masalah fase dalam kristalografi. Alih-alih menggunakan hubungan triplet biasa untuk menentukan fase, Karle Hauptman matriks yang digunakan.

• CRYSTAL    Quantum Mekanika

  • CRYSTAL menghitung struktur elektronik dari sistem periodik dalam Hartree Fock, kepadatan fungsional atau perkiraan berbagai hibrida. Fungsi Bloch dari sistem periodik diperluas sebagai kombinasi linear dari fungsi Gaussian berpusat atom. CRYSTAL dapat digunakan untuk melakukan studi tentang struktur, fisik elektronik dan magnetik molekul, polimer, permukaan dan padatan kristal.

• Dalton    Quantum Mekanika

  • Dalton Quantum Kimia Program merupakan program kimia kuantum yang kuat untuk perhitungan sifat molekul dengan SCF, MP2 atau fungsi gelombang MCSCF. Kekuatan dari program ini adalah terutama di bidang properti (tergantung pada frekuensi) magnetik dan listrik, dan untuk studi molekuler permukaan energi potensial, baik untuk penyelidikan statis dan dinamis.

• Debyer    Kristalografi

  GPL, C

  • Debyer mengambil file dengan posisi atom sebagai input, dan output X-ray dan pola difraksi neutron, fungsi hamburan keseluruhan struktur, fungsi distribusi pasangan (PDF), dan fungsi terkait seperti RDF (dikurangi PDF). Hal ini dapat digunakan untuk perbandingan simulasi dinamika molekul atau model lain dari struktur atomistik dari bahan dengan X-ray dan percobaan difraksi neutron bubuk.

• Delphi    solvasi

  • Delphi menyediakan solusi numerik untuk persamaan Poisson-Boltzman (baik bentuk linier dan nonlinier) untuk molekul bentuk sewenang-wenang dan distribusi muatan. Ini adalah cepat, akurat, dan dapat menangani dimensi kisi yang sangat tinggi. Ini juga mencakup fitur fleksibel untuk menetapkan konstanta dielektrik yang berbeda ke berbagai daerah ruang dan untuk mengobati sistem larutan yang mengandung garam dicampur.

• deMon2K    Quantum Mekanika

  • deMon2K memungkinkan pengguna untuk melakukan ab initio perhitungan DFT-sistem besar termasuk logam transisi dengan presisi dalam waktu yang relatif singkat.

• DINO    Penampil 3D

  • DINO adalah program visualisasi 3D realtime untuk data biologi struktural. DINO bertujuan untuk memvisualisasikan semua data ini struktural dalam sebuah program tunggal dan untuk memungkinkan pengguna untuk mengeksplorasi hubungan antara data.

• Dirac    Quantum Mekanika

  • Dirac (Langsung Iteratif relativistik Semua-elektron Perhitungan) menggunakan FORTRAN (dan sedikit C) kode untuk perhitungan molekul relativistik berdasarkan Dirac Hamiltonian-Coulomb. Ini memecahkan persamaan DBD 4-komponen oleh SCF iteratif prosedur dan menyediakan alat untuk analisis fungsi gelombang konvergensi.

• DIRDIF    Kristalografi

  • DIRDIF melakukan penentuan struktur kristal dengan metode Patterson dan metode langsung diterapkan untuk faktor struktur perbedaan.

• DisMol    Penampil 3D

  Kompatibel BSD, Jawa

  • DisMol adalah applet penampil molekul yang ditulis di Jawa, yang memungkinkan struktur molekul yang dapat dilihat di web.

• DL_MESO    Mesoscopic pemodelan

  • DL_MESO adalah tujuan mesoscopic umum simulasi paket yang dikembangkan di Laboratorium Daresbury sebagai bagian dari proyek komputasi kolaboratif untuk Simulasi Komputer dari Fase Publikasi (CCP5). DL_MESO dapat mensimulasikan fase terkondensasi menggunakan Persamaan Kisi-Boltzmann, Dinamika Partikel disipatif dan hidrodinamika merapikan Partikel.

• DL_POLY    Dinamika Molekuler

  • DL_POLY adalah paket subrutin, program dan file data, yang dirancang untuk memfasilitasi simulasi MD dari makromolekul, polimer, sistem ionik dan solusi pada komputer memori terdistribusi paralel. Paket ini gratis untuk akademisi Inggris.

• Visualisasikan DL    Penampil 3D, Quantum Mekanika, Kristalografi

  • DL Visualise menyediakan antarmuka yang kuat untuk membangun dan memvisualisasikan kristal, permukaan dan molekul dan sifat mereka. Ini memiliki antarmuka untuk CRYSTAL, DX_EXCURV dan teguk.

• Dmax Kimia Asisten    kimiawi

  • Asisten Kimia dmax secara otomatis menemukan, merumuskan dan menunjukkan hipotesis ilmiah yang sesuai pengamatan terbaik di layar throughput tinggi. Hal ini juga membuat estimasi statistik dari kepercayaan Anda dapat memiliki dalam hipotesis masing-masing, dan dapat memprediksi nilai-nilai terukur berdasarkan pada pengukuran terakhir.

• Dockres    Docking

  • Dockres membaca file log dari docking berjalan dilakukan oleh Autodock dan ekstrak penilaian atas pose tunduk pada berbagai filter. Program ini juga menghitung distribusi berbagai properti dari set ligan (berat molekul misalnya, jumlah donor ikatan hidrogen) dan distribusi situs docking serta distribusi docking energi bebas per residu target.

• Naga    kimiawi

  • Naga adalah sebuah aplikasi untuk perhitungan molekul deskriptor. Deskriptor ini dapat digunakan untuk mengevaluasi struktur-aktivitas molekul atau struktur-properti hubungan, serta untuk analisis kesamaan dan tinggi-throughput screening database molekul

• DRAWxtl    Kristalografi, Penampil 3D

  • DRAWxtl membaca deskripsi dasar dari struktur kristal, dan menampilkannya menggunakan polyhedra, pesawat, satunya-pasangan kerucut, bola atau ellipsoids, obligasi, iso-permukaan kontur Fouier dan batas unit sel. Informasi gambar dapat diekspor sebagai Reality Modeling Virtual Bahasa (VRML), dan dalam format yang sesuai untuk Kegigihan Visi Ray Tracer (POV-RAY).

• EasyChem    Menggambar 2D

  GPL, C

  • EasyChem adalah program yang dirancang untuk menarik struktur kimia, yang ditulis di Linux dan menggunakan Gtk +. Fitur utamanya adalah kemudahan menggambar ornamen (pasangan elektron non-ikatan, dll) dan EPS ekspor dengan font LaTeX.

• Ecce    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  • Ecce (Extensible Kimia Lingkungan Komputasi) menyediakan antarmuka pengguna grafis yang canggih, alat visualisasi ilmiah, dan data yang mendasari kerangka manajemen memungkinkan para ilmuwan untuk secara efisien mengatur perhitungan dan menyimpan, mengambil, dan menganalisis volume berkembang pesat data yang dihasilkan oleh studi kimia komputasi .

• ECHEM + +    Elektrokimia

  GPL, C + +

  • ECHEM + + didesain untuk digunakan untuk pemodelan dan simulasi (elektro) kinetika reaksi kimia serta proses transportasi. Hardware kontrol eksperimen dan analisis data merupakan aspek masa depan proyek.

• Eden    Kristalografi

  GPL, C

  • Eden (singkatan dari kerapatan elektron) mengimplementasikan 'hologram' metode memulihkan kerapatan elektron dalam kristal. Fitur yang paling tidak konvensional dari metode holografik adalah bahwa hal itu adalah metode real-ruang: ia mencari distribusi elektron dalam sel satuan yang memenuhi semua kendala yang dikenal pada molekul sendiri, sementara menimbulkan pola difraksi diamati.

• EGO    Dinamika Molekuler

  GPL, C

  • EGO adalah program paralel untuk simulasi dinamika molekul biomolekul. Program ini menghitung lintasan dinamika molekul. Ini menggunakan algoritma langkah beberapa waktu dikombinasikan dengan struktur disesuaikan metode cepat multipole untuk deskripsi elektrostatika jarak jauh. Metode ini telah ditunjukkan untuk skala linear dengan jumlah atom dalam kisaran sekitar 40.000 atom.

• eHiTS    Docking

  • eHiTS (Screening throughput Elektronik Tinggi) adalah sebuah program untuk docking ligan fleksibel dengan protein. Ini adalah cepat, sepenuhnya otomatis, dan komprehensif mencakup ruang searc.

• Espoir    Kristalografi

  GPL, Fortran

  • Espoir memecahkan struktur kristal dari data difraksi serbuk menggunakan pendekatan ruang langsung.

• ESPRESSO    Dinamika Molekuler, Mesoscopic pemodelan

  GPL, C

  • ESPRESSO (Extensible Paket Simulasi untuk Penelitian tentang masalah Soft) adalah paket perangkat lunak untuk simulasi ilmiah dan analisis kasar atomistik atau manik-semi model seperti yang digunakan dalam penelitian materi lembut, dengan penekanan pada sistem dibebankan. Hal ini dapat didorong oleh script Tcl.

• Fenske-Hall Program   Quantum Mekanika

  • sebuah Hartree-Fock SCF metode (STO Set Dasar), dengan optimasi khusus, cocok untuk melakukan perhitungan (terutama energi ionisasi) dari senyawa anorganik dan organologam besar. FORTRAN sumber asli disusun oleh f2c.

• FHI98md    Quantum Mekanika

  • FHI98md adalah kode yang efisien untuk melakukan teori fungsional kerapatan total perhitungan energi untuk bahan mulai dari insulator untuk logam transisi. Paket mempekerjakan pertama-prinsip pseudopotentials, dan pesawat-gelombang dasar-set.

• PERUSAHAAN    NMR

  • PERUSAHAAN (Kendali Iteratif Matrix Relaksasi) program yang fleksibel untuk menghitung Noes dan kendala jarak back-dihitung dengan menggunakan pendekatan relaksasi matriks penuh.

• fityk    Kristalografi, Spektroskopi

  GPL, C + +

  • fiytk adalah alat untuk pencocokan kurva dan analisis data (misalnya koreksi awal), yang digunakan dalam kristalografi, fotoluminesen kromatografi, atau spektroskopi fotoelektron, spektroskopi inframerah atau Raman, dan di bidang lain. Tugas umum dapat otomatis dengan script.

• FlexV    Penampil 3D, Docking

  • FlexV adalah penampil untuk tujuan umum molekul. Ini adalah alat yang berdiri sendiri dengan antarmuka yang mudah, dan dapat digunakan dalam kombinasi dengan jenis perangkat lunak pemodelan molekul, meskipun awalnya dirancang sebagai visualisasi front-end untuk Flexx.

• FOX    Kristalografi

  GPL, C + +

  • FOX melakukan ab initio solusi struktur kristal dari data difraksi (data difraksi serbuk sebagian besar). Solusi dapat dibatasi dengan menggunakan sudut atau kendala berbasis atom. Beberapa pola bubuk dapat digunakan secara bersamaan, dan masukan menggunakan antarmuka pengguna grafis.

• Mengernyit    kimiawi

  Python Software Foundation Lisensi, Python

  • Mengerutkan kening adalah toolkit chemoinformatics diarahkan perkembangan pesat kimia-terkait algoritma.

• Gabedit    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  BSD-seperti, C

  • Gabedit adalah antarmuka pengguna grafis untuk Molpro, Molcas, MPQC dan Gaussian ditulis dalam C, dan berdasarkan GTK +.

• GAMESS    Quantum Mekanika

  • Para Atom dan Molekuler Umum Struktur Sistem Elektronik (GAMESS) adalah ab initio umum paket kuantum kimia. Secara singkat, GAMESS dapat menghitung fungsi gelombang mulai dari RHF, ROHF, UHF, GVB, dan MCSCF, dengan CI dan koreksi energi MP2 tersedia untuk beberapa. Gradien analitik yang tersedia untuk fungsi-fungsi SCF, untuk optimasi geometri otomatis, pencarian transisi negara, atau mengikuti jalur reaksi.

• GAMESS-Inggris    Quantum Mekanika

  • GAMESS-Inggris adalah ab initio tujuan umum molekul elektronik struktur program untuk melakukan SCF-, DFT dan MCSCF-gradien perhitungan, bersama dengan berbagai teknik untuk posting perhitungan Hartree Fock. Program ini berasal dari kode GAMESS asli, diperoleh dari Michel Dupuis pada tahun 1981, dan telah dimodifikasi dan ditingkatkan sincce kemudian. Tersedia gratis untuk akademisi Inggris.

• GAMGI    Penampil 3D

  (GPL, BSD), (C, Python, Perl)

  • GAMGI (Umum atomistik Pemodelan Antarmuka Grafis) adalah program berorientasi objek yang bertujuan untuk menangani semua aspek terkait langsung dengan bangunan, melihat dan menganalisis strucures atom, seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll

• GAMMA    NMR

  • GAMMA adalah C + + perpustakaan ditulis untuk simulasi eksperimen Magnetic Resonance. Tujuannya adalah untuk menyediakan cara sederhana dan intuitif dengan mana pengguna dapat membangun program simulasi untuk memenuhi kebutuhan individu mereka. Sebuah wrapper Python juga tersedia.

• bawang putih    Penampil 3D

  GPL, C

  • Bawang putih adalah sebuah program visualisasi gratis molekul ditulis untuk tujuan penelitian baik pendidikan dan profesional.

• Gaussian    Quantum Mekanika

  • Gaussian adalah ab initio struktur program elektronik. Dirancang untuk model berbagai sistem molekuler di bawah berbagai kondisi, ia melakukan perhitungan nya mulai dari hukum dasar QM.

• GaussSum    Mekanika Quantum, Utilitas

  GPL, Python

  • GaussSum adalah aplikasi GUI yang dapat menganalisis output dari Gaussian 98/03, ADF, GAMESS (US), GAMESS (Inggris), dan PC-GAMESS perhitungan untuk mengekstrak dan menghitung informasi yang berguna. Ini termasuk kemajuan dari siklus SCF, optimasi geometri, spektrum UV-Vis/IR/Raman, tingkat MO, kontribusi MO dan banyak lagi.

• GChemPaint    Menggambar 2D

  GPL, C + +

  • GChemPaint adalah kimia Editor struktur 2D untuk desktop Gnome-2. GChemPaint adalah aplikasi dokumen multi dan adalah server bonobo sehingga kimia yang dapat tertanam dalam aplikasi Gnome lainnya.

• GDIS    Kristalografi, Penampil 3D

  GPL, C

  • GDIS (GTK Tampilan Antarmuka untuk Struktur) adalah sebuah program visualisasi untuk molekul kecil, kristal, dan sel-sel solusi. Hal ini memiliki dukungan untuk umum format file kristalografi, dan alat berbagai macam untuk visualisasi (termasuk generasi pola difraksi), manipulasi, dan pembuatan model. Rendering molekul dan minimisasi energi juga mungkin melalui Povray dan teguk.

• gdpc    Penampil 3D, Dinamika Molekuler

  GPL, C

  • gdpc adalah program untuk memvisualisasikan simulasi MD. Ini adalah program yang sangat fleksibel dan mudah dapat digunakan untuk tujuan lain. gdpc membaca masukan xyz dan format kustom dan dapat menulis gambar dari frame.

• gElemental    kimiawi, Pendidikan, Tabel Periodik

  GPL, (C + +, Python)

  • gElemental adalah penampil tabel periodik berasal dari GPeriodic yang memberikan informasi rinci tentang unsur-unsur kimia. Ia menggunakan GTK + toolkit dan tersedia untuk Linux dan platform lainnya GTK +. Ini juga menyediakan binding Python untuk data, yang disimpan di perpustakaan data terpisah.

• GenChemLab    Pendidikan

  GPL, C + +

  • GenChemLab (Umum Kimia Lab Simulator) adalah aplikasi grafis untuk beberapa simulasi latihan umum kimia umum. Hal ini dimaksudkan untuk digunakan untuk membantu siswa mempersiapkan diri untuk pengalaman laboratorium yang sebenarnya.

• Ghemical    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  GPL, C + +

  • Ghemical adalah paket perangkat lunak kimia komputasi dengan GUI untuk kedua GLUT dan GTK +, dan beberapa visualisasi 3D-alat yang bagus. Hal ini dapat melakukan "semua atom" mekanika molekul dan dinamika, serta mekanika kuantum (ab initio dan semi-empiris) model. Mudah-mudahan menawarkan kerangka yang baik untuk alat pemodelan molekul generik freeware.

• Ghemical-RUPS    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  GPL, C + +

  • Ghemical-RUPS adalah versi khusus Ghemical dikembangkan untuk GAMESS. Ghemical-RUPS berisi set ekstra menu untuk membuat file GAMESS masukan, dan memungkinkan untuk pengajuan dan antrian pekerjaan GAMESS menggunakan program GTK-Gamess.

• Gibbs    Termodinamika

  • Gibbs Gibbs-ansambel perfoms simulasi dengan rongga-bias penyisipan untuk menentukan kepadatan hidup bersama fase cair dan uap dalam kesetimbangan dengan satu sama lain.

• Gnome Kimia Utils    Penampil 3D, UItilities

  LGPL, C + +

  • Para Utils Kimia Gnome menyediakan C + + kelas dan Gtk + -2 widget yang berhubungan dengan kimia. Mereka digunakan baik baik di Gnome Kristal  dan GChemPaint  .

• Gnome Kristal    Kristalografi, Penampil 3D

  GPL, C + +

  • Gnome Crystal adalah visualiser model yang ringan untuk struktur kristal.

• Gnu XTAL Sistem    Kristalografi

  GPL, Fortran

  • Sistem GNU XTAL adalah paket program kristalografi lebih dari enam puluh untuk perhitungan mulai dari pengurangan intensitas difraksi baku, untuk perbaikan, solusi dan publikasi struktur kristal. Ini berlaku untuk sinar-X, neutron dan analisis difraksi elektron, termasuk studi densitas muatan. Paket berisi alat-alat interaktif grafis.

• GOLD    Docking

  • GOLD adalah sebuah program untuk menghitung mode docking molekul kecil ke situs pengikatan protein sebagai bagian dari aplikasi skrining virtual. Docking adalah dilakukan dengan menggunakan algoritma genetik dan menggabungkan fleksibilitas penuh dan fleksibilitas ligan protein parsial. Para GoldScore dan fungsi ChemScore penilaian yang tersedia, atau fungsi penilaian kustom dapat diimplementasikan. Rongga-terikat perairan dan kendala dapat dimasukkan sebagai bagian dari prosedur docking.

• gOpenMol    Mekanika Quantum, Penampil 3D, Dinamika Molekuler

  • gOpenMol adalah antarmuka grafis ke set OpenMol program, tetapi juga dapat digunakan untuk analisis dan menampilkan lintasan dinamika molekuler dan tampilan orbital molekul, kepadatan elektron dan potensi elektrostatik dari banyak program.

• GPeriodic    tabel periodik

  GPL, C

  • GPeriodic adalah aplikasi tabel periodik untuk Linux. Hal ini memungkinkan Anda untuk menelusuri melalui tabel periodik unsur dan melihat informasi rinci tentang masing-masing elemen pada setiap elemen. 118 elemen saat ini terdaftar.

• Gramm    Docking

  • Gramm (Rentang Matching global Molekuler) adalah sebuah program untuk protein-protein dan protein-ligan docking. Untuk memprediksi struktur kompleks, hanya memerlukan koordinat atom dari dua molekul. Program ini melakukan pencarian 6-dimensi lengkap melalui terjemahan relatif dan rotasi dari molekul.

• GRID    kimiawi, Docking

  • GRID adalah prosedur komputasi untuk menentukan situs mengikat pada molekul energetik dari struktur yang dikenal. Ini dapat digunakan untuk mempelajari molekul individu seperti obat-obatan, array seperti membran molekul atau kristal, dan makromolekul seperti protein, asam nukleat, glikoprotein atau polisakarida.

• GRINSP    Kristalografi

  GPL, Fortran

  • GRINSP adalah Monte Carlo kode (FORTRAN) untuk prediksi struktur anorganik dibangun dari polyhedra didefinisikan.

• GROMACS    Dinamika Molekuler

  GPL, (C, perakitan, Fortran)

  • GROMACS adalah paket serbaguna untuk melakukan dinamika molekuler. Beberapa fitur dari perangkat lunak: simulasi MD standar, minimizations energi, perbaikan NMR menggunakan data NOE, kinerja tinggi karena kode baik dioptimalkan dan algoritma cerdas, generasi topologi otomatis dari perpustakaan blok bangunan, penggunaan medan kekuatan yang fleksibel, non-ekuilibrium MD, banyak analisis dan alat preprocessing.

• GROMOS    Dinamika Molekuler

  • GROMOS adalah tujuan umum MD simulasi komputer paket untuk studi tentang sistem biomolekuler (simulasi molekul sewenang-wenang dalam larutan atau negara kristal, minimisasi energi dan analisis konformasi).

• GTK-Gamess    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  GPL, C + +

  • GTK-Gamess adalah frontend untuk GAMESS yang memungkinkan pengguna untuk mengantri GAMESS perhitungan dan menjalankan mereka secara berurutan.

• Tegukan    Kristalografi, Solids

  • Tegukan melakukan berbagai jenis simulasi pada padatan periodik 3D, cluster fasa gas dan cacat terisolasi dalam bahan massal. Dalam tegukan khusus dirancang untuk menangani keduanya padatan molekul dan bahan ionik melalui penggunaan model kulit. Satu perbedaan antara tegukan dan program-program serupa lainnya adalah bahwa simetri digunakan untuk makanan padat untuk mempercepat perhitungan dan untuk menyederhanakan input.

• Paket hkt    Kristalografi

  • Paket hkt adalah suite program untuk analisis sinar-X data difraksi dikumpulkan dari kristal tunggal. Ini terdiri dari tiga bagian: XdisplayF untuk visualisasi dari pola difraksi, Denzo untuk pengurangan data dan integrasi, dan Scalepack untuk penggabungan dan skala dari intensitas diperoleh oleh Denzo atau program lain.

• HONDOPLUS    Dinamika Molekuler

  • HONDOPLUS adalah versi Hondo 99,6 dengan modul tambahan untuk mengevaluasi Löwdin dan CM2 biaya atom parsial dan untuk melaksanakan perhitungan kontinum solvasi SM5.42R oleh Hartree-Fock dan DFT-Hartree-Fock metode hibrida.

• ICM Browser    Penampil 3D

  • ICM Browser adalah sebuah program untuk pemodelan molekul dan performa tinggi visualisasi molekul dan animasi. Sebuah versi komersial, ICM Browser Pro, memiliki kemampuan tambahan yang berkaitan dengan menciptakan, menyimpan dan berbagi informasi struktural, biologis dan kimia.

• Indigo    kimiawi

  GPL, C + +

  • Indigo adalah toolkit kimiawi yang mencakup perpustakaan render (Dingo), generasi SMILES kanonik (Cano), sebuah Cartidge Oracle untuk mencari databses molekul (Bingo) dan R-Kelompok dekonvolusi (Deco). Hal ini juga dapat menangani nukleotida (nukleosida).

• Intocham    Molekuler Mekanika, Dinamika Molekuler

  • Intocham mengkonversi dari InsightII. Mobil format untuk format Charmm, Kuning atau moi.

• Pola isotop Kalkulator    Spektrometri Massa

  GPL, C

  • Pola Kalkulator isotop adalah alat kecil untuk spektrometri massa. Ini menghitung distribusi isotop untuk rumus kimia tertentu atau urutan peptida. Selain itu, dapat menggunakan Gnuplot untuk memvisualisasikan hasil.

• Jaguar    Quantum Mekanika

  • Jaguar adalah ab initio struktur paket perangkat lunak elektronik yang menyediakan akurasi kimia untuk sistem yang realistis, dengan kekuatan khusus dalam merawat logam yang mengandung sistem. Perhitungan yang efisien dan skala dengan baik dengan ukuran molekul.

• Jana2000    Kristalografi

  • Jana2000 adalah sistem untuk memecahkan dan perbaikan struktur yang teratur, dimodulasi dan komposit dari monocrystal dan data difraksi serbuk.

• JChem    kimiawi

  • JChem adalah alat Java untuk mengembangkan aplikasi yang memanipulasi kimia campuran dan data perusahaan. Ini mendukung sistem operasi yang paling, penangan database, dan web server. JChem adalah alat yang sangat baik untuk mengembangkan aplikasi terdistribusi kimia kustom yang dapat diakses oleh browser web.

• JChemPaint    Menggambar 2D

  LGPL, Jawa

  • JChemPaint adalah program Java untuk menggambar struktur kimia 2D. Hal ini dapat memuat dan menyimpan dalam format CML, ekspor sebagai bitmap dan SVG, dan secara otomatis struktur tata letak.

• JMap3D    Penampil 3D

  • JMap3d mengambil data volumetrik (terutama data kepadatan elektron) dan polygonises mereka, dalam rangka untuk memproduksi hingga lima permukaan iso. Hasilnya ditulis ke VRML97 (VRML2.0) file, yang kemudian dapat dilihat dengan viewer VRML pilihan Anda atau dengan VRML Java3D termasuk penampil (dari Java3D & kelompok kerja VRML).

• JME Molekuler Editor    Menggambar 2D

  • Editor JME Molekul adalah Java applet yang memungkinkan untuk menggambar / mengedit molekul dan reaksi (termasuk generasi query substruktur) dan untuk menggambarkan molekul secara langsung dalam sebuah halaman HTML. Editor dapat menghasilkan SMILES atau file mol MDL struktur dibuat.

• Jmol    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  LGPL, Jawa

  • Jmol adalah molekul berbasis Java penampil yang telah dikembangkan sebagai pengganti lintas-platform untuk plugin berpadu. Tersedia sebagai sebuah applet untuk halaman web atau sebagai aplikasi yang berdiri sendiri. Hal ini dapat membaca beberapa format file, membuat animasi, menunjukkan getaran molekul, dan mendukung bahasa scripting berpadu.

• JMolEditor    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  • JMolEditor adalah penampil berbasis Java molekul untuk perhitungan kimia kuantum, dengan dukungan untuk Gaussian, GAMESS, ADF dan Q-Chem perhitungan. Molekul dapat dibangun, dan file input dapat disusun dan disampaikan. Perhitungan hasil, termasuk isosurfaces dari file kubus, dapat ditampilkan.

• JOELib    kimiawi

  GPL, Jawa

  • JOELib adalah library Java untuk kimiawi. Diantara banyak fitur, ia dapat melakukan pencarian substruktur SMARTS, menghitung deskriptor, dan membaca dan menulis format file molekul termasuk Markup Language Kimia.

• JSV    Penampil 3D, Kristalografi

  • JSV (Jawa Viewer Struktur) adalah penampil struktur kristal ditulis di Jawa. Hal ini juga dapat menghitung intensitas sinar-X difraksi. Modul penampil difraksi XRDL memungkinkan tampilan 3D/2D dari pola difraksi. Perangkat lunak ini 'Charityware'.

• Kalzium    Pendidikan, Tabel Periodik

  GPL, C + +

  • Kalzium adalah sebuah aplikasi yang akan menunjukkan beberapa informasi tentang sistem periodik unsur. Hal ini termasuk dalam KDE 3.1. Sebuah pemecah persamaan seimbang, eqchem, juga merupakan bagian dari Kalzium.

• Kemistry    2D Draw, 3D Viewer, Utilitas

  GPL, C + +

  • Kemistry adalah koleksi aplikasi kimia-tertulis yang berhubungan KDE2 tersebut. Paket Kemistry menyediakan tiga aplikasi: KMolCalc - kalkulator berat molekul; KDrawStruct - editor struktur 2D; KMolViewer - 3D renderer molekul. Semua aplikasi Kemistry masih dalam tahap awal pembangunan mereka.

• Khimera    Mekanika Quantum, Reaksi, Termodinamika

  • Khimera adalah alat perangkat lunak untuk estimasi sifat termodinamika dan parameter kinetik tingkat didasarkan pada hasil perhitungan kimia kuantum (mendukung GAMESS, Gaussian, Jaguar, ADF). Model reaktor dimasukkan dalam membantu KHIMERA untuk membuat dan menguji mekanisme proses kimia.

• Kintecus    Reaksi

  • Kintecus adalah pemodelan perangkat lunak untuk mensimulasikan kinetika kimia dari pembakaran, nuklir, reaktor katalis, dan reaksi enzim.

• Kmol    Utilitas

  GPL, C + +

  • Kmol adalah berat molekul dan komposisi unsur kalkulator untuk KDE.

• KMovisto    Penampil 3D

  GPL, C + +

  • KMovisto adalah penampil molekul. Hal ini dapat mengimpor GAUSSIAN 94 atau 98 file, dan file XYZ. Mode tampilan 3D (anaglyph atau sepasang stereo) memungkinkan untuk menikmati tayangan stereoscopic dari struktur molekul. Selain itu, KMovisto dapat mengekspor ekspor POV-Ray render file untuk presentasi yang berkualitas tinggi, serta file VRML untuk presentasi 3D di world wide web.

• KryoMol    Penampil 3D, Mekanika Kuantum, Mekanika Molekuler, Dinamika Molekuler, NMR

  GPL, C + +

  • KryoMol adalah program berbasis KDE untuk visualisasi dan analisis kimia beberapa jenis file yang terkait seperti log file kimia kuantum (Gaussian, NWChem, ACESII, GAMESS), file log mekanika molekul (Tinker, Macromodel), 1-D NMR spektra dan JCAMP spektrum-DX.

• LAMMPS    Dinamika Molekuler

  GPL, C + +

  • LAMMPS (skala besar Atom / Molekul Simulator Massively Paralel) adalah klasik dinamika molekul (MD) kode yang dibuat untuk simulasi sistem molekul dan atom seperti protein dalam larutan, cairan kristal, polimer, zeolit, atau Lennard Jonesium-sederhana.

• Paket Kimia LaTeX    LaTeX

  • Kimia paket untuk menggunakan dengan sistem typesetting dokumen LaTeX. Termasuk paket untuk reaksi, rumus molekul, R dan S kode, kimia jurnal, elemen simetri dan bahkan untuk menggambar struktur kimia.

• LaueX    Kristalografi

  • LaueX adalah sebuah program interaktif dengan GUI yang dapat mensimulasikan diagram Laue, ketika diberi orientasi kristal dan parameter sel. LaueX dapat juga indeks diagram Laue jika posisi tempat eksperimental disediakan.

• Lennard-Jones Simulasi Gas    Gas simulasi

  GPL, C + +

  • Para Lennard-Jones Gas Simulator melakukan simulasi molekul gas mulia.

• Linux untuk Kimia    Koleksi Software

  • Linux untuk Kimia proyek (LFC) didedikasikan untuk menyusun koleksi paling komprehensif dari perangkat lunak Kimia, dan membuatnya tersedia untuk sistem operasi Linux. LFC menyediakan titik-dan-klik instalasi, perpustakaan on-line dokumentasi lengkap dicari, dan banyak lagi.

• Software LSD    NMR, Utilitas

  GPL, C

  • Tujuan dari LSD (Logika untuk Penentuan Struktur) adalah untuk membantu pengguna mengajukan satu atau lebih struktur molekul dari data yang terutama diekstraksi dari spektra NMR 2D.

• MacroModel    Molekuler Mekanika, Dinamika Molekuler

  • MacroModel adalah paket perangkat lunak pemodelan molekul yang memungkinkan pengguna untuk membangun dan memanipulasi grafis kedua struktur kimia sederhana dan kompleks, untuk menerapkan mekanika molekul dan dinamika teknik untuk mengevaluasi energi dan geometri molekul dalam vakum atau dalam larutan, dan untuk menampilkan dan memeriksa grafis hasil perhitungan pemodelan.

• Maestro    Penampil 3D

  • Maestro adalah antarmuka yang seragam untuk semua perangkat lunak Schrödinger. Kemampuan rendering Mengesankan, pilihan kuat dari alat analisis, dan desain yang mudah digunakan menggabungkan untuk membuat Maestro lingkungan pemodelan serbaguna untuk semua peneliti.

• PETA    Penampil 3D, Quantum Mekanika, Dinamika Molekuler

  • PETA (Bahan Dan Simulasi Proses) adalah sebuah platform untuk melakukan pemodelan dan simulasi bahan. Ini menyediakan kerangka kerja yang fleksibel untuk mengakses kode simulasi baik proprietary dan open source di bidang kuantum, klasik, mesoscale dan teknik kimia. PETA berfungsi sebagai alat integrasi untuk semua tugas pemodelan terkait dan data dan menawarkan lingkungan multi-user/multi-project pemodelan lengkap dengan manajemen data.

• Marvin    kimiawi, Menggambar 2D

  • Marvin adalah suite dari perangkat lunak kimia berbasis Java yang memiliki bentuk yang berbeda: 1. Applet Marvin yang dibuat untuk Web Developer yang membangun kimia yang berhubungan dengan situs World Wide Web; 2. Kacang Marvin yang dibuat untuk Software Developer yang ingin memasukkan gambar atau visualisasi molekul kemampuan ke dalam nya / permohonan; 3. MarvinSketch adalah sebuah aplikasi untuk Chemist atau siapapun yang ingin menggambar struktur kimia.

• massXpert    spektrometri massa

  GPL, C + +

  • massXpert memungkinkan pengguna menganalisa / meramalkan data spektrometri massa pada (bio) polimer. Fitur utama meliputi definisi ex nihilo kimia polimer, mengedit sangat canggih urutan polimer dan simulasi reaksi kimia.

• Maud    Kristalografi

  • Maud (Analisis Bahan Menggunakan Difraksi) adalah difraksi / reflektifitas umum analisis program terutama didasarkan pada metode Rietveld. Ini memiliki GUI, dan berbagai fitur termasuk ab initio solusi struktur, berbagai algoritma optimasi, Le Bail pas dan analisis microstruture.

• Maxwell    Mekanika Quantum, Kristalografi

  • Maxwell terdiri dari rangkaian program yang menerapkan formalisme Maxwell untuk menghitung energi interaksi antara distribusi muatan yang diwakili oleh ekspansi multipole. Hal ini juga dapat diterapkan pada kisi kristal.

• MCCCS Towhee    Dinamika Molekuler

  GPL, (C, Fortran)

  • MCCCS Towhee adalah simulasi Monte Carlo kode molekul yang dapat digunakan untuk prediksi kesetimbangan fasa fluida menggunakan berbagai atom berbasis medan gaya dan ansambel beberapa (Gibbs, Canonical, isobarik-isotermal dan Grand Canonical). Ini juga telah diperpanjang untuk digunakan dengan padat (atau keropos) fase.

• McMaille    Kristalografi

  GPL, Fortran

  • McMaille adalah sebuah program untuk pengindeksan pola difraksi serbuk oleh Monte Carlo dan pencarian grid.

• MCPRO    Dinamika Molekuler

  • MCPRO melakukan simulasi Monte Carlo mekanika statistik peptida, protein, dan asam nukleat dalam larutan, melainkan berasal dari BOSS, tetapi membuat ekstensif menggunakan konsep residu. Perubahan energi bebas dapat dihitung melalui perhitungan FEP dan telah digunakan secara luas untuk mempelajari protein-ligan mengikat.

• MCTDH    Quantum Mekanika

  • MCTDH (Konfigurasi Waktu multi Hartree Dependent) adalah algoritma umum untuk memecahkan persamaan Schrödinger bergantung waktu untuk sistem dinamis multidimensi yang terdiri dari partikel dibedakan. MCTDH sehingga dapat menentukan gerak quantal dari inti sistem molekul berkembang pada satu atau beberapa digabungkan elektronik permukaan energi potensial. MCTDH juga dapat digunakan untuk menyebarkan operator kepadatan dan untuk menentukan nilai eigen dan eigenstates dari Hamiltonian getaran molekul.

• MDTools    Dinamika Molekuler

  • MDTools adalah kumpulan program, script, dan utilitas untuk membuat berbagai dinamika molekul tugas lebih mudah, dan untuk menyediakan kode dasar dan utilitas yang dapat dibangun menjadi lebih besar toolsets.

• Merkuri    Kristalografi, Penampil 3D

  • Merkurius adalah sebuah program untuk memvisualisasikan struktur kristal dalam tiga dimensi. Fitur-fiturnya meliputi: Kemampuan untuk memuat daftar memukul dari pencarian penaklukan, atau browsing Database Cambridge seluruh Struktural, atau membaca dalam struktur kristal dalam berbagai format. Kemampuan untuk memutar dan menerjemahkan layar kristal-struktur 3D, dan untuk melihat ke bawah sumbu sel, sel timbal balik kapak, dan normals untuk kuadrat-dan pesawat Miller. Kemampuan untuk mengukur dan menampilkan jarak, sudut dan sudut torsi dengan memilih atom dan banyak lagi.

• MetaStudio    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  GPL, Jawa

  • META Studio adalah IDE diprogram disesuaikan untuk seorang kimiawan komputasi. Ini memiliki dukungan untuk BeanShell dan Jython, dan mengintegrasikan Jmol.

• MEKSIKO    NMR

  GPL, C

  • MEKSIKO mensimulasikan lineshapes NMR sistem berputar ditambah menjalani pertukaran kimia. Ini akan mensimulasikan sistem dan, jika data eksperimen yang tersedia, itu akan melakukan iteratif cocok untuk memberikan nilai parameter dioptimalkan.

• MGLTools    Docking, 3D Viewer, kimiawi

  • MGLTools adalah paket perangkat lunak termasuk PMV (Python Molekuler Viewer), sebuah melihat molekul dan lingkungan manipulasi, ADT (AutoDockTools) untuk melihat hasil AutoDock, dan pyBabel, ulang implementasi Python dari beberapa fitur Babel v1.6.

• Mindy    Dinamika Molekuler

  • Mindy adalah, sangat sederhana seri dinamika molekul program yang berasal dari kode sumber NAMD. Saat ini menggunakan parameter Xplor dan file struktur.

• MMC    Termodinamika

  • MMC merupakan Metropolis Monte Carlo program untuk simulasi molekul dalam majelis, ansambel kanonik grand-kanonik dan isotermal isobarik-menggunakan teknik percepatan konvergensi beberapa (misalnya, gaya-bias perpindahan, ekstensi-bias dan perubahan torsi lokal, pemilihan preferensial pelarut yang akan dipindahkan, rongga-bias penyisipan, virial-bias perubahan volume).

• MMTK    Dinamika Molekuler

  CeCILL, Python

  • MMTK (Toolkit Pemodelan Molekuler) adalah program perpustakaan untuk aplikasi simulasi molekul. Selain menyediakan siap digunakan implementasi algoritma standar, MMTK berfungsi sebagai dasar kode yang dapat dengan mudah diperluas dan dimodifikasi untuk menghadapi masalah standar dan non-standar dalam simulasi molekul.

• Mnova Suite    NMR

  • Mnova Suite adalah GUI dengan plugin untuk pengolahan dan pelaporan data NMR, memprediksi Data NMR dan MS pengolahan data. Individu plugin tersedia secara terpisah.

• ModelFree    NMR

  GPL, Fortran

  • ModelFree adalah sebuah program untuk mengoptimalkan Lipari-Szabo parameter model bebas untuk berputar Data heteronuklir relaksasi NMR.

• MOE    kimiawi

  • MOE (Lingkungan Operasi Molekuler) dapat digunakan untuk memanipulasi dan menganalisis koleksi besar senyawa di lingkungan spreadsheet seperti. Hal ini dapat digunakan untuk menghitung deskriptor, untuk membangun QSAR / QSPR model, untuk mencari kesamaan dan seleksi subset beragam, mencari dan mencari pharmacophore konformasi 3D.Ini memiliki bahasa scripting tertanam, SVL (Vector Bahasa Ilmiah).

• Molaris    reaksi enzim dan sifat

  • Termasuk POLARIS dan ENZYMIX dalam paket unik dengan interface. Enzymix adalah makromolekul simulasi program yang dirancang untuk mempelajari fungsi protein. Polaris adalah perangkat lunak komputasi cepat konvergen berdasarkan Protein dipol - dipol Langevin (PDLD) pendekatan.

• MOLCAS    Quantum Mekanika

  • MOLCAS memungkinkan ab initio pengobatan yang akurat yang sangat umum masalah struktur elektronik untuk sistem molekuler di kedua tanah dan keadaan tereksitasi. MOLCAS berisi sejumlah kode yang dapat melakukan perhitungan seperti (MP2, CC, CPF, CCSD (T), dll). Hal ini juga dapat mengobati sangat merosot menyatakan menggunakan perhitungan umum dan efektif SCF multiconfigurational di tingkat CASSCF, serta RASSCF.

• MOLDA untuk Protein Modeling    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  • MOLDA adalah program pemodelan molekul. Struktur molekul 3D di VRML dan POV-Ray format dapat dihasilkan dengan menggunakan output dari berbagai program kimia komputasi.

• Molden    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  • MOLDEN adalah paket untuk menampilkan molekul, kepadatan elektron, dan orbital dari ab initio dan semi-empiris paket. Ini memiliki editor Z-matriks kuat.

• Berjamur    Dinamika Molekuler

  GPL, C

  • Moldy adalah tujuan umum program simulasi dinamika molekul. Hal ini cukup fleksibel yang seharusnya berguna untuk berbagai simulasi perhitungan atom, sistem ion dan molekul.

• Molegro Molekuler Penampil    Penampil 3D

  • Molegro Molekuler Viewer adalah aplikasi lintas-platform gratis untuk visualisasi dan analisis molekul protein-ligan interaksi.

• Molegro Virtual Docker    Docking

  • Molegro Virtual Docker adalah platform terintegrasi untuk memprediksi interaksi protein-ligan. Ini menangani semua aspek dari proses docking dari persiapan molekul untuk penentuan potensi situs pengikatan protein target, dan prediksi dari mode pengikatan ligan.

• MOLEKEL    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  • MOLEKEL adalah, interaktif tiga dimensi molekul grafis paket. MOLEKEL mewakili molekul, dapat superimpose molekul, menghitung dan menampilkan isosurfaces kepadatan elektron dan spin serta orbital molekul dari output dari berbagai program perhitungan struktur elektronik. MOLEKEL dapat menghidupkan dan menampilkan mode getaran, optimasi geometri bernyawa dan beberapa mengkoordinasikan PDB dan file XYZ.

• Mollie    database

  GPL, Perl

  • Mollie adalah web database berorientasi kecil untuk informasi molekuler. Menggunakan Perl untuk CGI, dan PostgreSQL.

• MOLMOL    Penampil 3D

  • MOLMOL adalah program untuk menampilkan, menganalisis, dan memanipulasi struktur tiga dimensi makromolekul biologis, dengan penekanan khusus pada studi struktur protein atau DNA ditentukan oleh NMR.

• Molpro    Quantum Mekanika

  • Molpro adalah sistem program untuk molekul ab initio perhitungan struktur elektronik. dengan penekanan pada perhitungan yang sangat akurat, dengan pengobatan yang luas dari masalah korelasi elektron melalui multiconfiguration-referensi CI, cluster digabungkan dan metode terkait. Menggunakan integral-baru ini mengembangkan metode korelasi langsung elektron lokal, akurat ab initio perhitungan dapat dilakukan untuk molekul yang jauh lebih besar dibandingkan dengan program yang lain.

• MolScript    Penampil 3D

  • MolScript adalah program untuk menampilkan struktur 3D molekul, seperti protein, dalam representasi baik skematik dan rinci. Hal ini juga menghasilkan file output yang dapat digunakan dalam Raster3d.

• molsKetch    Menggambar 2D

  GPL, C + +

  • molsKetch adalah alat menggambar struktur molekul molekuler untuk 2D. Tujuannya adalah untuk membantu Anda menarik molekul cepat dan mudah. Serta memungkinkan pengguna untuk mengekspor gambar berkualitas tinggi di sejumlah format vektor dan bitmap, dapat membaca dan menulis format file kimia beberapa (menggunakan perpustakaan Babel Buka). Selain itu fitur molsKetch cerdas / penghapusan dari atom hidrogen dan sebuah perpustakaan built-in yang menyediakan akses cepat ke molekul teratur digunakan dan kelompok fungsional.

• MolSurfer    Penampil 3D, Enzim

  • MolSurfer adalah alat grafis yang link proyeksi 2D dari antarmuka makromolekul ke tampilan 3D dari struktur makromolekul. MolSurfer dapat digunakan untuk mempelajari protein-protein dan interface protein-DNA/RNA.

• Mol_Volume    Molekuler Volume

  • Mol_Volume menghitung volume makromolekul dengan metode agak mirip dengan metode Monte Carlo, yaitu dengan mengukur berapa banyak simpul dari grid biasa padat berada dalam radius probe dari atom-atom molekul.

• MOPAC 7    Quantum Mekanika

  Domain publik, Fortran

  • MOPAC adalah tujuan umum semi-empiris paket orbital molekul untuk studi struktur kimia dan reaksi. Semi-empiris Hamiltonians MNDO, Mindo / 3, AM1, PM3 dan digunakan dalam bagian elektronik dari perhitungan untuk memperoleh orbital molekul, panas pembentukan dan turunannya dengan resperivative sehubungan dengan geometri molekul.

• MOPAC 2007    Quantum Mekanika

  • MOPAC2007 adalah tujuan umum mekanika kuantum semiempirical paket untuk studi sifat kimia dan reaksi dalam gas, solusi, atau solid-state. MOPAC2007 dapat digunakan untuk langsung memprediksi kimia banyak dan sifat fisik, seperti energi bebas Gibbs, energi aktivasi, jalur reaksi, momen dipol, non-linear sifat optik, dan spektrum inframerah. Hal ini didasarkan pada domain publik MOPAC 7.

• MOSCITO    Dinamika Molekuler

  GPL, Fortran

  • MOSCITO dirancang untuk simulasi dinamika molekul fase terkondensasi sistem yang didefinisikan oleh mekanika molekular klasik gaya-bidang seperti AMBER, OPLS, CHARMM dan GROMOS.

• moviemol    Penampil 3D, Dinamika Molekuler

  • Moveiemol adalah program untuk visualisasi dan animasi struktur molekul. Moviemol biasanya mengambil set koordinat molekul dan menampilkan masing-masing set atau frame satu setelah yang lain untuk membuat film. Molekul-molekul / atom / ion yang ditampilkan dalam bola-dan-tongkat bentuk. Pada setiap saat selama animasi, molekul dapat diputar atau diterjemahkan, diperbesar atau berkurang. Program ini juga menghasilkan gambar yang sangat bagus postscript kualitas publikasi.

• MPQC    Quantum Mekanika

  LGPL, C + +

  • MPQC adalah Program Quantum Kimia Massively Paralel. Ini menghitung sifat-sifat atom dan molekul dari prinsip pertama menggunakan persamaan Schrödinger waktu independen.Ini berjalan pada berbagai arsitektur mulai dari workstation individu untuk Multiprocessors simetrik untuk komputer besar-besaran paralel. Desain adalah berorientasi objek, menggunakan C + bahasa + pemrograman.

• MSMS    Molekuler permukaan

  • MSMS singkatan Permukaan Molekuler Michel Sanner, atau Permukaan Kecepatan Maksimal Molekuler. Hal ini memungkinkan pengguna untuk menghitung sangat efisien triangulations permukaan dikecualikan pelarut.

• Multimode    Quantum Mekanika

  • Multimode melakukan Lapangan Diri vibrasi Konsisten (VSCF) dan beberapa jenis perhitungan "CI" untuk energi dan fungsi gelombang rovibrational molekul poliatomik, negara-negara transisi, kelompok, dll Kode ini didasarkan pada Hamiltonian Watson untuk non-linear molekul.

• Musik    Dinamika Molekuler

  GPL, Fortran

  • Musik (Multi-purpose kode simulasi) adalah paket berorientasi objek dimaksudkan untuk melakukan berbagai jenis Dinamika Molekuler dan Monte Carlo simulasi dengan yang ditentukan pengguna forcefields. Hal ini dapat digunakan untuk mensimulasikan difusi dan adsoprtion di zeolit, untuk simulasi cair dan gas serta, dan dapat dengan mudah diperluas untuk simulasi padat.

• NAB    Dinamika Molekuler, Mekanika Molekuler

  GPL, C

  • NAB (Builder Asam Nukleat) adalah bahasa komputer (ditentukan melalui lex yacc dan) yang memungkinkan struktur asam nukleat akan dijelaskan secara hirarkis, dengan menggunakan bahasa mirip dengan C atau awk, tetapi dirancang terutama untuk manipulasi struktur asam nukleat.

• Naccess    Pelarut aksesibilitas

  • Naccess adalah program yang berdiri sendiri menghitung area diakses molekul dari sebuah file (Protein Data Bank) format PDB. Hal ini dapat menghitung accessiblities atom dan residu untuk kedua protein dan asam nukleat.

• NAMD    Dinamika Molekuler

  • NAMD adalah, paralel berorientasi objek kode dinamika molekul dirancang untuk kinerja tinggi simulasi sistem biomolekuler besar.

• NAMOT    Penampil 3D

  • NAMOT (Asam Nukleat alat pemodelan) adalah alat grafis untuk membangun dan memanipulasi struktur asam nukleat.

• nMOLDYN    Dinamika Molekuler

  CeCILL, Python

  • nMOLDYN adalah sebuah program analisis interaktif untuk simulasi Dinamika Molekuler. Hal ini terutama dirancang untuk perhitungan dan dekomposisi spektrum neutron hamburan, tetapi juga menghitung besaran lain.

• NMRPipe    NMR

  • Paket perangkat lunak NMRPipe terdiri dari serangkaian program mandiri seperti NMRPipe (spektrometer data konversi, maju multidimensi pengolahan data), NMRDraw (antarmuka grafis untuk alat paket yang paling, pengolahan interaktif, script mengedit antarmuka, waktu domain data inspeksi, real-time pentahapan , puncak deteksi otomatis, analisis spektral), NMRWish (versi kustom dari Tcl / Tk untuk analisis spektral, mesin database spektral, komunikasi antara aplikasi), DC (dipole coupling dan analisis kimia pergeseran) dan berbagai alat analisis spektral.

• NMR SHARC    NMR, Quantum Mekanika, kimiawi

  • NMR SHARC adalah, koperasi platform-independen, program-independen archving sistem ab initio perhitungan pergeseran kimia NMR.

• Server NMRShiftDB    NMR, kimiawi

  GPL, Jawa

  • Server adalah NMRShiftDB perangkat lunak open source yang dapat digunakan untuk mempertahankan repositori lokal dari hasil eksperimen NMR. Perangkat lunak ini dikembangkan untuk database NMRShiftDB, open source, akses terbuka, terbuka pengajuan, terbuka konten web database untuk struktur kimia dan nuklir mereka terkait data resonansi magnetik.

• NMRViewJ    NMR

  • NMRViewJ adalah program untuk visualisasi dan analisis dataset NMR. Beberapa fitur-fiturnya adalah: terbatas jumlah jendela spektral dan file data, kontur dan plot vektor 1D dari setiap bidang apapun 2, 3 atau 4 dimensi spektrum; puncak memetik otomatis, pencarian, analisis difasilitasi dan mengedit puncak interaktif; bahasa perintah kuat dan antarmuka pengguna diprogram; NOE kendala generasi dan analisis.

• NWChem    Quantum Mekanika

  ECL, (Fortran, C, C + +)

  • NWChem adalah paket kimia komputasi dirancang untuk berjalan pada kinerja tinggi superkomputer paralel serta cluster workstation konvensional. Ini bertujuan untuk menjadi scalable baik dalam kemampuannya untuk mengobati masalah besar secara efisien, dan dalam penggunaannya yang tersedia sumber daya komputasi paralel.

• O    Penampil 3D, Kristalografi

  • O adalah makromolekul lingkungan pemodelan tujuan umum. Program ini ditujukan untuk para ilmuwan dengan kebutuhan untuk model, membangun dan menampilkan makromolekul, terutama dalam konteks kristalografi ..

• Olex2    Penampil 3D, Kristalografi

  • Olex2 adalah program yang mudah digunakan untuk kecil-molekul solusi struktur dan perbaikan. Ini juga mencakup banyak alat yang berguna untuk analisis struktur, pengarsipan dan pembuatan laporan. Semua aspek dari penentuan struktur dan proses publikasi disajikan dalam paket tunggal dan alur kerja berbasis - dengan tujuan akhir menghasilkan sebuah aplikasi yang akan berguna untuk kedua ahli kimia dan kristalografi.

• Buka Babel    kimiawi

  GPL, (C + +, Perl, Python, Java, Ruby)

  • Buka Babel adalah sebuah kotak peralatan kimia yang dirancang untuk berbicara banyak bahasa data kimia. Ini adalah proyek terbuka, kolaboratif sehingga siapapun untuk mencari, mengkonversi, menganalisis, atau menyimpan data dari pemodelan molekul, kimia, bahan solid-state, biokimia, atau bidang terkait. Ini menyediakan antarmuka baris perintah (Babel), sebuah perpustakaan pemrograman (libopenbabel), serta binding untuk beberapa bahasa seperti Python, Perl, Ruby dan Java.

• terbuka enventory    kimiawi

  AGPL, (Javascript, PHP)

  • membuka enventory adalah jurnal laboratorium terpadu dan program persediaan. Ini adalah sebuah aplikasi web yang berjalan di browser Anda. Akuisisi otomatis data yang dapat diakses secara bebas dari database online membuat akuisisi data manual dan pencarian katalog usang, dan survei harga dapat dilakukan dengan mouseclick. Jurnal laboratorium menggunakan informasi yang tersedia dalam database persediaan dan membuat data tersedia untuk semua anggota workgroup. Kedua jurnal persediaan dan laboratorium memiliki kemampuan untuk memungkinkan pertukaran data antara kelompok kerja.

• OpenMol    Quantum Mekanika

  • OpenMol adalah kimia kuantum paket perangkat lunak: itu adalah program terpadu untuk struktur elektronik dan perhitungan properti molekul. Panduan pengguna, evaluasi dan interpretasi hasil dan pembelajaran berbasis komputer adalah tiga fitur unik dari OpenMol yang membedakannya dari semua program lain di lapangan. Konsep OpenMol didasarkan pada ide-ide mendasar dari dua konsep perangkat lunak, (berdasarkan aturan) sistem pakar dan model tipe data abstrak.

• OpenMX    Quantum Mekanika, Material

  GPL, C

  • OpenMX (sumber paket Terbuka untuk Bahan explorer) adalah sebuah program untuk simulasi skala nano materi, yang dirancang untuk realisasi skala besar perhitungan ab initio didasarkan pada teori kerapatan fungsional (DFT), norma-conserving pseudopotentials, dan pseudo atom fungsi dasar lokal.

• OpenThermo    Termodinamika

  GPL, C + +

  • OpenThermo adalah paket program untuk perhitungan termodinamika statistik melampaui perkiraan osilator harmonik rotor yang kaku (RRHOA), dengan mempertimbangkan rotasi rekening internal dan anharmonicity getaran. Berbeda dengan subprogram statistik terpadu untuk paket QC, OpenThermo dirancang untuk membuat perhitungan transparan kepada pengguna dan memberikan kontrol yang maksimum di bawah pilihan teori yang digunakan dan perkiraan.

• ORAC    Dinamika Molekuler

  GPL, Fortran

  • ORAC adalah sebuah program dinamika molekuler untuk menjalankan simulasi klasik biomolekul terlarut. Simulasi dapat dilakukan di NVE, NPT, NHP, dan ansambel termodinamika NVT menggunakan langkah waktu beberapa integrator. Interaksi elektrostatik dapat ditangani melalui metode Mesh Partikel halus Ewald.

• Orbdraw    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  • Orbdraw adalah program visualisasi untuk menampilkan data kepadatan orbital molekul dan elektron dari Gaussian, Gamess, Jaguar, Hondo, Mopac atau perhitungan Ampac.Orbdraw dapat menampilkan orbital molekul, kepadatan elektron atau kepadatan spin di 3D baik sebagai frame kawat atau permukaan padat dan dapat memetakan orbital atau biaya ke permukaan kepadatan.

• ORCA    Quantum Mekanika

  • Para ORCA program adalah struktur modern paket program elektronik dengan penekanan khusus pada sifat spektroskopi open-shell molekul. Ini fitur berbagai macam metode standar kimia kuantum mulai dari metode semiempirical untuk DFT dengan metode ab initio berkorelasi. Hal ini juga dapat mengobati efek lingkungan dan relativistik.

• ORTEP    Kristalografi

  • ORTEP (Oak Ridge Plot ellipsoid Thermal) adalah sebuah program untuk menggambar ilustrasi struktur kristal. Jenis ilustrasi bola-dan-tongkat dari kualitas yang cocok untuk publikasi yang diproduksi dengan baik bola atau termal-gerak ellipsoids ellipsoin probabilitas probabilitas, berasal dari faktor temperatur parameter anisotropik, di situs atom. Ada juga Linux khusus halaman ORTEP Linux  .

• OS-ELN    Elektronik Lab Notebook

  • OS-ELN (Sumber Lab Notebook Buka Elektronik) akan menarik khusus untuk Universitas dan Kolese membutuhkan, sederhana rendah biaya ELN untuk digunakan oleh murid-murid mereka di kelas. Sistem ini mudah dan biaya efektif digunakan, dan dapat diperluas dan dimodifikasi sesuai kebutuhan.

• OSET    Reaksi, Pendidikan

  GPL, Jawa

  • OSET (Sintesis Alat Eksplorasi Organik) adalah komputer-dibantu sintesis Program (Caos) organik untuk analisis retrosynthetic molekul target. Ditujukan untuk penggunaan pendidikan, sebagai alat untuk belajar desain kimia sintetis pada program sarjana kimia organik.

• Packmol    Dinamika Molekuler

  • Packmol menciptakan titik awal untuk simulasi dinamika molekul dengan kemasan molekul di daerah didefinisikan ruang. Kemasan menjamin bahwa interaksi jarak pendek menjijikkan tidak mengganggu simulasi. Berbagai besar jenis kendala spasial yang dapat dikaitkan dengan molekul, atau atom-atom dalam molekul, membuatnya mudah untuk menciptakan sistem diperintahkan, seperti lapisan lipid pipih, bulat atau tabung.

• Pallas    kimiawi

  • Pallas suite dilengkapi perangkat lunak untuk memprediksi pKa (pKalc), logP (PrologP), logD (PrologD), nilai toksisitas (HazardExprt) dan nasib metabolitic (MetabolExpert) berdasarkan rumus struktur senyawa.

• Pcmodel    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  • Pcmodel adalah paket pemodelan molekul dengan interface untuk paket kimia kuantum banyak. Ini juga termasuk dukungan untuk optimasi geometri dengan berbagai medan gaya serta mencari konformasi.

• PDBCat    kimiawi

  Universitas Illinois Lisensi Terbuka, C

  • PDBCat dapat digunakan untuk memanipulasi dan memproses file PDB menggunakan alat yang umum tersedia seperti Perl, awk, dsb

• pDynamo    Dinamika Molekuler, Mekanika Molekuler, Quantum Mekanika

  CeCILL, (C, Python)

  • pDynamo adalah sebuah program perpustakaan open source yang telah dirancang untuk simulasi sistem molekuler menggunakan kuantum kimia (QC), molekul mekanik (MM) dan hibrida QC / MM fungsi energi potensial.

• Modul Kimia perl    kimiawi, Penampil 3D

  Lisensi Artistik, Perl

  • Ekstensi perl untuk bekerja dengan informasi kimia, misalnya SMILES string, format file molekul, penciptaan file VRML, konversi ke koordinat internal. Lihat juga PerlMol.

• PINY_MD    Dinamika Molekuler, Quantum Mekanika

  Common Public License, C

  • PINY_MD mampu melakukan berbagai dinamika molekuler, struktur elektronik, dan perhitungan optimasi geometri. Kemampuan tersebut termasuk kekuatan-lapangan simulasi berdasarkan sistem mulai dalam kompleksitas dari molekul cairan kristal sederhana dan untuk sistem biomolekuler besar. Selain itu, PINY_MD dapat melakukan dinamika molekul ab initio dan optimasi geometri menggunakan pesawat-gelombang gradien berbasis umum (GGA) berbasis representasi kerapatan fungsional dari struktur elektronik dikombinasikan dengan skema Mobil-Parrinello propagasi.

• Platon    Kristalografi

  • Platon adalah alat serbaguna yang kompatibel SHELX97 kristalografi multiguna. Platon yang paling melengkapi fitur yang tersedia dalam paket SHELX97 sangat baik dan didistribusikan secara luas untuk penentuan struktur kristal dan perbaikan.

• POLYRATE    Reaksi

  • POLYRATE adalah sebuah program komputer untuk perhitungan laju reaksi kimia dari spesies poliatomik (dan juga atom dan diatom sebagai kasus khusus).

• PovChem    Penampil 3D

  • PovChem adalah visualisasi kimia dan program ilustrasi dengan antarmuka grafis. Dibutuhkan molekul dalam format PDB, memungkinkan Anda untuk membuat sebuah gambar dengan kontrol baik atas rincian ilustrasi, maka ekspor gambar di POV-Ray format (gambar berkualitas tinggi).

• Ab initio PQS Modul    Mekanika Kuantum

  • PQS (Paralel Quantum Solusi) Modul ab initio adalah sebuah program yang komprehensif untuk perhitungan struktur elektronik. Ab initio semua fungsi utama adalah sepenuhnya paralel.

• ProtoFit

  GPL, (Fortran, Tcl)

  • ProtoFit adalah alat untuk optimasi model permukaan protonasi dari asam-data base titrasi. Meskipun ProtoFit dirancang dengan analisis perilaku penyangga proton dari permukaan dalam pikiran, dapat digunakan sama baiknya untuk zat lain seperti asam terlarut yang reversibel pertukaran proton dengan air.

• PWscf    Quantum Mekanika

  GPL, Fortran

  • PWscf (Pesawat-Gelombang Self-Konsisten Lapangan) adalah seperangkat program untuk perhitungan struktur elektronik dalam Density-Fungsional Teori Fungsional dan Teori Density-kekacauan, dengan menggunakan satu set pesawat-Wave dasar dan pseudopotentials.

• PyDespike    Raman, Spektrum

  GPL, Python

  • PyDespike adalah program untuk grafis proses (mis. despike) data spektroskopi Raman dan lainnya. Ini mengurangi kebosanan yang terlibat dalam menghilangkan lonjakan dalam data karena fluktuasi latar buatan.

• PyMOL    Penampil 3D

  Lisensi Python, (C, Lua, Python, Tcl)

  • PyMOL adalah sistem grafis molekul dengan interpreter Python tertanam dirancang untuk real-time visualisasi dan generasi yang cepat dari gambar berkualitas tinggi molekul grafis dan animasi. Hal ini juga dapat melakukan banyak tugas berharga lainnya (seperti mengedit file PDB) untuk membantu Anda dalam penelitian Anda.

• PyQuante    Quantum Mekanika

  BSD, (Python, C)

  • PyQuante adalah suite open source program untuk mengembangkan metode kimia kuantum, yang ditulis dalam bahasa pemrograman Python, tapi dengan banyak tingkat-menentukan modul yang ditulis dalam C untuk kecepatan. Kode yang dihasilkan mudah untuk memahami dan memodifikasi, menyediakan satu set baik direkayasa alat sehingga para ilmuwan dapat membangun program mereka sendiri kimia kuantum tanpa melalui kebosanan karena harus menulis setiap rutinitas tingkat rendah.

• PyVib2    Quantum Mekanika

  GPL, Python

  • PyVib2 adalah program untuk menganalisis gerak getaran dan spektrum getaran, yang ditulis dalam Python murni. PyVib2 izin korelasi otomatis gerakan getaran dari molekul sehingga memungkinkan pemahaman tentang Raman, aktivitas optik Raman (ROA), penyerapan getaran inframerah (IR), dan getaran melingkar dichroism (VCD) spektrum. Fitur termasuk representasi serbaguna gerakan getaran, visualisasi dari generasi Raman / ROA dan IR / VCD dalam molekul dan produksi spektrum publikasi kualitas. Saat ini mendukung Dalton dan file output Gaussian.

• Q-Chem    Quantum Mekanika

  • Q-Chem adalah ab initio kimia kuantum modern, paket perangkat lunak yang mampu menganalisis struktur besar dalam jumlah praktis waktu tanpa mengorbankan akurasi.

• QikProp    kimiawi

  • QikProp memberikan prediksi cepat untuk fisik-deskriptor yang signifikan dan relevan farmasi-sifat molekul organik netral. Prediksi yang akurat yang dibuat untuk energi bebas dari solvasi di heksadekana, oktanol, dan air, oktanol / air koefisien partisi (log P), kelarutan berair (log S), dan permeabilty CaCO-2 sel. Hasil untuk perpustakaan senyawa adalah output dalam format siap untuk dimasukkan ke dalam program spreadsheet lancar dan QSAR.

• QMForge    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  GPL, Python

  • QMForge adalah program untuk menganalisis hasil kuantum (DFT) perhitungan kimia: Gaussian 98/03, ADF, GAMESS (US), GAMESS (Inggris), dan PC-GAMESS file yang didukung. Analisis berikut ini tersedia untuk user-defined fragmen molekul: Mulliken, C-kuadrat dan analisis Tumpang tindih Analisis Kependudukan, Fragmen dan Charge Dekomposisi.

• Qmol    Penampil 3D, Dinamika Molekuler

  • Qmol adalah program untuk melihat struktur molekul dan menjiwai lintasan molekul. Ini mendukung: tampilan frame kawat dan ruang-mengisi struktur molekul dari file PDB; menghidupkan lintasan molekul disimpan dalam format file DCD; interaktif mengukur panjang ikatan, sudut ikatan dan sudut torsi; dinamis menyesuaikan sudut torsi pengguna yang dipilih; menampilkan label atom.

• Quantum    Quantum Mekanika, Docking

  • Quantum adalah fisika berdasarkan murni molekul docking perangkat lunak yang menghitung Kd dari kompleks protein-ligan, dan posisi ligan di situs protein aktif. Hal ini memungkinkan skrining senyawa perpustakaan virtual. Perhitungan memperhitungkan logam account dan hetatoms lainnya di situs protein aktif serta fleksibilitas protein.

• QuteMol    Penampil 3D

  GPL, C + +

  • QuteMol merupakan open source (GPL), interaktif, kualitas molekul tinggi visualisasi sistem yang bertujuan untuk meningkatkan kejelasan dan memberikan pemahaman lebih mudah dari bentuk 3D dan struktur molekul protein besar atau kompleks. Fitur-fiturnya termasuk waktu oklusi ambien nyata, menyadari kedalaman-perangkat tambahan siluet, dan generasi otomatis animasi gifs rotasi molekul untuk animasi halaman web.

• QSite    Quantum Mekanika

  • QSite adalah mode program QM / MM dicampur untuk perhitungan energi protein-ligan interaksi di situs aktif.

• QTree    Penampil 3D

  • QTree adalah sebuah program untuk menghasilkan CPK, Ball dan Stick dan gambar cacing molekul menggunakan algoritma quad-pohon. Ini adalah metode yang relatif cepat menghasilkan dekat-fotografi kualitas gambar meskipun tidak menghasilkan bayangan. Rasa kedalaman disediakan oleh atom gelap jauh dari penampil.

• RasMol    Penampil 3D

  GPL, C

  • RasMol adalah program grafis molekuler ditujukan untuk visualisasi protein, asam nukleat dan molekul kecil. Program ini ditujukan untuk menampilkan, mengajar dan generasi gambar berkualitas publikasi.

• RasMol-UCB    Penampil 3D

  • UCB Enhanced Rasmol didasarkan pada Rasmol 2,6 dengan perangkat tambahan ditambahkan. Peningkatan ini meliputi: beberapa molekul dapat dilihat, bagian dari molekul dapat diputar putar obligasi, jarak / sudut dapat diukur dan label ditampilkan.

• Raster3D    Penampil 3D

  • Raster3D adalah satu set alat untuk menghasilkan gambar raster kualitas tinggi dari protein atau molekul lain. Program inti membuat bola, segitiga, silinder, dan permukaan quadric dengan penyorotan specular, Phong shading, dan bayangan.

• Rave    Kristalografi

  • Rave adalah suite program untuk domain tunggal dan ganda, tunggal dan ganda kristal real-ruang rata-rata kerapatan elektron-. Hal ini juga berisi alat untuk mendeteksi unsur-unsur struktur sekunder dalam makromolekul kepadatan elektron-peta.

• RedMD    Dinamika Molekuler

  GPL, (C, C + +)

  • RedMD (Mengurangi Molekuler Dynamics) adalah sebuah paket open source untuk simulasi dinamika molekuler dan analisis modus normal untuk model kasar dari protein dan asam nukleat. Medan gaya didasarkan pada satu-manik model jaringan elastis dan ekstensi mereka. Kode ini ditulis dalam C / C + + dan parallelized.

• RM1    Quantum Mekanika

  • RM1 (Recife Model 1) adalah reparameterisation dari AM1 untuk H, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, dan I. Hal ini didistribusikan sebagai file eksternal untuk versi terbaru dari MOPAC, sebagai model standar untuk versi modifikasi dari MOPAC domain publik, dan juga dapat diimplementasikan dalam HyperChem.

• RnaViz    Penampil 3D

  GPL, (C, Tcl)

  • RnaViz adalah user-friendly, portabel, jendela-jenis program untuk memproduksi gambar berkualitas publikasi struktur sekunder molekul RNA. Gambar dapat dibuat mulai dari file keselarasan DCSE jika mereka menggabungkan informasi struktur atau dari file mfold ct.

• SCHAKAL    Penampil 3D

  Domain publik, Fortran

  • SCHAKAL adalah sebuah program FORTRAN untuk representasi grafik dari model molekul dan solid-state.

• SKOR    Docking

  • SKOR merupakan metode empiris untuk memperkirakan afinitas pengikatan kompleks protein-ligan dengan struktur 3D yang dikenal. SKOR menggunakan persamaan linier untuk menjelaskan perubahan energi mengikat proses pengikatan, yang meliputi akuntansi istilah untuk ikatan hidrogen, efek hidrofobik, dan efek deformasi.

• SHELX    Kristalografi

  • SHELX adalah seperangkat program untuk penentuan struktur kristal dari kristal tunggal data difraksi.

• SHELX-ke-ORTEP    Kristalografi

  • SHELX-ke-ORTEP mengkonversi file output ke format ORTEP SHELX.

• SIMPSON    NMR

  GPL, C

  • SIMPSON adalah Program Simulasi Umum Solid-State NMR. Ini fitur multi-pulsa eksperimen 1D/2D pada sistem spin-besar dengan input-file diimplementasikan menggunakan bahasa scripting sederhana. Program ini dirancang untuk meniru sebuah spektrometer NMR dengan membiarkan pengguna menentukan konsep NMR tingkat tinggi seperti sistem spin, interaksi spin nuklir, radiasi rf, presesi bebas, bersepeda fase, koherensi-order filtering, dan implisit / eksplisit akuisisi.

• SIMREF    Kristalografi

  • simref adalah penyempurnaan struktur program untuk evaluasi secara simultan dari beberapa data difraksi serbuk set dan beberapa fase data per set. Dengan model struktural semua profil difraksi dihitung dipasang ke profil difraksi yang sesuai diamati dengan metode kuadrat terkecil. Prosedur ini disebut metode Rietveld (Rietveld, 1969). Dengan penyempurnaan secara simultan beberapa data set teknik-teknik evaluasi baru yang mungkin.

• SimSoup    Reaksi

  GPL, C + +

  • SimSoup adalah adalah simulator grafis kimia buatan. Program ini memungkinkan kimia untuk didefinisikan dalam hal jenis molekul dan interaksi yang mungkin antara mereka.Sebuah menjalankan simulasi melibatkan mendirikan sejumlah molekul molekul jenis berbagai reaktor, dan kemudian memungkinkan interaksi berlangsung selama periode waktu.

• Simulaid    Dinamika Molekuler

  • Simulaid adalah satu set utilitas untuk mempersiapkan simulasi dinamika molekul. Ini fitur penempatan terlarut yang optimal, konversi antara format file dan analisis hasil.

• SIRware    Kristalografi

  • Suite SIRware mencakup SIR97 (Metode Program Langsung untuk resolusi dan perbaikan struktur kristal menggunakan data kristal tunggal), SIR2002 (Metode Program Langsung untuk resolusi protein menggunakan data kristal tunggal, dapat digunakan juga untuk resolusi dan perbaikan kecil dan menengah ukuran kristal struktur) dan SIR2004 (solusi otomatis struktur kristal dengan Metode Langsung dan Patterson, bisa digunakan baik untuk resolusi dan perbaikan struktur ukuran kecil / menengah kristal dan untuk makromolekul dengan data hingga 1,4-1,5 Ang).

• Situs    Kristalografi, 3D Viewer, Docking

  GPL, C

  • Situs adalah pemenang penghargaan paket program untuk pemodelan struktur resolusi atom ke dalam peta kepadatan rendah resolusi misalnya dari mikroskop elektron, tomografi, atau sudut hamburan sinar-X yang kecil. Perangkat lunak ini mendukung docking kaku-tubuh dan fleksibel menggunakan berbagai strategi pas.

• SketchEl    Menggambar 2D

  GPL, Jawa

  • SketchEl merupakan molekul kimia interaktif alat sketsa, yang dirancang untuk masuk cepat dan sederhana struktur. Set fitur terbatas pada yang diperlukan untuk memasukkan spesies kimia tunggal, dalam bentuk yang dapat digunakan dalam database cheminformatic, mewakili masing-masing atom dan ikatan sebagai bagian dari grafik berlabel.

• SNB    Kristalografi

  • SNB adalah sebuah program berdasarkan algoritma Goyang-dan-Panggang, dual-ruang langsung metode prosedur untuk menentukan struktur kristal dari data sinar-X difraksi.

• SNF    Quantum Mekanika

  GPL, (Fortran, C)

  • SNF telah dikembangkan untuk perhitungan spektrum inframerah, Raman, dan VROA menggunakan pendekatan harmonik untuk frekuensi dan aproksimasi harmonik ganda untuk intensitas. Frekuensi getaran ditentukan menggunakan diferensiasi numerik dari gradien analitis dari energi elektronik total, sedangkan inframerah, Raman intensitas, dan VROA diperoleh dengan diferensiasi numerik dari momen dipol dan komponen polarisabilitas (umum) tensor sehubungan dengan koordinat nuklir. Perhitungan titik tunggal dilakukan dengan menggunakan ADF, Dalton, Gaussian, Molpro atau Turbomole.

• SODIUM    Dinamika Molekuler

  • SODIUM dapat digunakan untuk mengatur ion sekitar makromolekul biologis.

• Sparkle/AM1    Quantum Mekanika

  • Sparkle/AM1 adalah model kimia komputasi yang mengeksploitasi karakteristik seri lantanida untuk secara akurat memprediksi geometri dari polyhedra koordinasi kompleks dari ion logam tanah jarang. Hal ini didistribusikan sebagai file eksternal untuk MOPAC 93r2, dan sebagai model default untuk versi modifikasi dari domain publik MOPAC 6.

• Sparky    NMR

  • Sparky adalah tugas NMR grafis dan program integrasi untuk protein, asam nukleat, dan polimer lainnya.

• Spartan    Quantum Mekanika

  • Spartan adalah fungsi gelombang modeling software andalannya itu. Ini menggabungkan fleksibilitas dari antarmuka pengguna yang terkenal fungsi gelombang dan kekuatan alat komputasi Q-Chem itu. Hal ini dapat melakukan mekanika molekul, semi-empiris, ab initio Hartree Fock, DFT, Moller-Plesset, perhitungan maju negara berkorelasi dan bersemangat.Tersedia sebagai server atau sebagai edisi workstation.

• SPIN    NMR

  • SPIN menghitung spektrum NMR untuk sistem hingga 9 berputar inti 1 / 2, diberikan pergeseran kimia dan konstanta kopling sebagai masukan.

• Spock    Penampil 3D

  • Spock adalah program visualisasi molekul yang dapat menampilkan dan memanipulasi atom, ikatan, ikatan hidrogen, padat dan permukaan, jejak CA, kontur potensial elektrostatik, cacing backbone, dan peta kerapatan bahkan elektron. Spock juga dapat digunakan untuk real-time conference melalui internet. Spock adalah gratis untuk digunakan dalam kursus akademis dan akademisi tanpa pendanaan yang cukup.

• Sprout    kimiawi

  • Sprout adalah de-novo ligan desain sistem untuk mengembangkan senyawa baru memimpin aktif. SynSPROUT menggunakan aturan sintetis untuk bergabung fragmen, dan Sprout-LeadOpt dirancang untuk optimasi memimpin.

• SSIA    NMR

  • SSIA adalah program untuk memprediksi besarnya dan orientasi dari sebuah tensor keselarasan sterik diinduksi dari (protein atau DNA / RNA) bentuk terlarut tiga-dimensi.

• Sterik

  Kompatibel GPL, C

  • Sterik menghitung ukuran molekul sterik tentang titik dalam hal sudut kerucut dan sudut yang solid, serta total volume dan bidang proyeksi.

• Swiss-PdbViewer    Penampil 3D

  • Swiss-PdbViewer adalah sebuah aplikasi yang menyediakan antarmuka user friendly yang memungkinkan untuk menganalisis beberapa protein pada saat yang sama. Protein dapat ditumpangkan dalam rangka untuk menyimpulkan keberpihakan struktural dan membandingkan situs aktif mereka atau bagian-bagian lain yang relevan. Mutasi asam amino, H-ikatan, sudut dan jarak antara atom-atom yang mudah untuk mendapatkan berkat antarmuka grafis dan menu intuitif.

• Simetri    Simetri

  GPL, C

  • Simetri adalah seperangkat kode C untuk pengakuan simetri molekul otomatis. Tidak mewah, tetapi dapat digunakan sebagai alat analisis atau pendidikan.

• Tessel    Penampil 3D

  Kompatibel GPL, Fortran

  • Tessel2 adalah sebuah kompiler untuk menghasilkan model 3D kristal dan molekul, permukaan parametrik dan beberapa bentuk tesselations bola. Program ini menghasilkan output yang akan diberikan dengan POV-Ray 2, atau 3 Geomview (OFF format), atau Virtual Reality penyaji (VRML V1.0 format).

• Thermo-Calc    Termodinamika

  • Powerfull dan fleksibel perangkat lunak untuk semua jenis perhitungan termodinamika dalam sistem multikomponen. Hal ini banyak digunakan untuk menghitung diagram fasa, data termokimia, simulasi solidifikasi dan diagram Pourbaix.

• Tinker    Dinamika Molekuler

  • Tinker adalah paket lengkap dan umum untuk MM / MD, dengan beberapa fitur khusus untuk polipeptida. Tinker memiliki kemampuan untuk menggunakan beberapa set parameter umum, seperti AMBER, CHARMM,, MM2 MM3, OPLS, dan kita sendiri Amoeba medan gaya elektrostatika terpolarisasi berdasarkan multipole atom.

• Triton    Mekanika Quantum, reaksi Protein

  • Triton adalah alat grafis untuk mutan protein pemodelan (menggunakan modeller program eksternal) dan penilaian dari kegiatan mereka (menggunakan MOPAC program eksternal).Semi-kuantitatif prediksi kegiatan mutan 'dapat dicapai dengan mengevaluasi perubahan energi dari sistem dan biaya atom parsial dari residu situs aktif selama reaksi.

• Turbomole    Quantum Mekanika

  • TURBOMOLE adalah paket program untuk perhitungan ab initio struktur elektronik. Posisi fitur TURBOMOLE adalah: semi-langsung algoritma dengan memori utama disesuaikan dan kebutuhan ruang disk, penggunaan penuh dari semua kelompok titik; evaluasi terpisahkan efisien; grid stabil dan akurat untuk integrasi numerik.

• "Memahami Simulasi Molekuler"    Dinamika Molekuler

  • Sumber kode FORTRAN Studi Kasus buku Memahami Simulasi Molekuler.

• Menggoda    Quantum Mekanika

  • Program Semiempirical paket containingthe MINDO3, MNDO, MNDOC, AM1 dan PM3 Hamiltonian. Hal ini mampu melakukan optimisations geometri serta pencarian transisi negara dan menyediakan beberapa model biaya halfcourt multi (NAO-PC, HO-PC, LMO-PC), selain itu, mungkin digunakan untuk beberapa perhitungan QM / MM.

• VASP    Quantum Mekanika, Dinamika Molekuler

  • Paket untuk melakukan ab initio-kuantum mekanik MD menggunakan pseudopotentials dan gelombang ditetapkan dasar pesawat. Pendekatan diimplementasikan dalam menggoda / VASP didasarkan pada pendekatan yang terbatas-suhu setempat density (dengan energi bebas sebagai kuantitas variasional) dan evaluasi yang tepat dari keadaan dasar seketika elektronik di setiap langkah MD-diagonalisasi matriks menggunakan skema efisien dan efisien Pulay pencampuran.

• VASP data Viewer    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  GPL, C

  • VASP data Viewer adalah program visualisasi untuk memeriksa file output yang dihasilkan oleh paket VASP kimia kuantum.

• VB2000    Quantum Mekanika

  • VB2000 adalah ab initio struktur paket elektronik untuk melakukan yang modern Valence Bond (VB) perhitungan berdasarkan algoritma yang sangat efisien VB - Algoritma Algebrant disebut. Hal ini juga implementasi umum dari Teori Grup Fungsi (GF), di mana molekul besar dijelaskan dalam hal bagian-bagian penyusunnya secara fisik diidentifikasi "kelompok elektron". Hal ini dapat digunakan sebagai program yang berdiri sendiri, atau sebagai modul plug-in untuk GAMESS dan Gaussian.

• VEGA    Penampil 3D, Quantum Mekanika, Dinamika Molekuler

  Kompatibel GPL, C

  • VEGA dikembangkan untuk menciptakan sebuah jembatan antara sebagian besar paket perangkat lunak molekul, seperti BioDock, Quanta / CHARMm, Insight II, MoPac, dll alat ini telah juga diterapkan beberapa fitur yang berguna untuk menganalisis, menampilkan dan mengelola struktur 3D molekul.

• Getar    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  • Getar adalah program untuk memvisualisasikan modus normal getaran molekul. Getar dapat membaca file yang dihasilkan oleh Mopac, Gaussian (G92 G94 dan), dan Hondo dan menampilkan spektrum getaran dihitung.

• Viewmol    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  GPL, (C, Python)

  • Viewmol merupakan open source front end grafis untuk program kimia komputasi. Hal ini dapat digunakan untuk membangun molekul, jejak optimasi geometri atau lintasan MD, getaran menunjukkan, menggambar spektrum IR atau Raman, MO diagram energi, dan banyak lagi.

• VMD    Penampil 3D, Dinamika Molekuler, Quantum Mekanika

  • VMD adalah sebuah program untuk visualisasi dan analisis hasil kimia komputasi dan perhitungan dinamika molekul. Hal ini dapat digunakan untuk menghidupkan dan menganalisis lintasan simulasi (MD) dinamika molekul.

• VolSurf    kimiawi

  • VolSurf adalah prosedur komputasi untuk menghasilkan molekul deskriptor 2D dari 3D peta jaringan interaksi energi molekul. Ide dasar dari VolSurf adalah untuk memampatkan menyajikan informasi dalam peta 3D menjadi 2D numerik beberapa deskriptor yang sangat sederhana untuk memahami dan menafsirkan.

• Wat2ions    Dinamika Molekuler, Utilitas

  • Wat2ions menggunakan peta potensial elektrostatik pra-dihitung oleh Delphi untuk mengganti sejumlah tertentu dari molekul air dari bak mandi, mengelilingi sebuah makromolekul terlarut, dengan ion. Koordinat baru adalah output ke file PDB.

• WebMO    Mekanika Quantum, Penampil 3D

  • WebMO adalah antarmuka berbasis WWW Gamess, Gausssian, Molpro, Mopac, Nwchem, Qchem, dan Tinker untuk mengatur, mengirimkan, dan visualisasi hasil pekerjaan kimia komputasi.

• WebMol    Penampil 3D

  • WebMol adalah berbasis Java Viewer PDB yang dapat berjalan sebagai applet dalam web browser.

• BAGAIMANA JIKA    Penampil 3D, Dinamika Molekuler, Kristalografi

  • APA JIKA adalah struktur protein serbaguna analisis program yang dapat digunakan untuk prediksi mutan, verifikasi struktur, grafik molekul, menampilkan hasil perhitungan GROMACS, menganalisis peta kerapatan elektron, dan banyak lagi.

• WIEN2k    Quantum Mekanika

  • WIEN2k memungkinkan pengguna untuk melakukan perhitungan struktur elektronik dari padatan menggunakan teori kerapatan fungsional (DFT). Hal ini didasarkan pada potensi penuh (linierisasi) pesawat-gelombang ((L) APW) metode ditambah + orbital lokal (lo), salah satu skema yang paling akurat untuk perhitungan struktur pita.

• WODCA    Reaksi

  • WODCA (Dunia Perencanaan Komputer Sintesis Assisted atau Workbench untuk Organisasi Data untuk Aplikasi Kimia) adalah sebuah program komputer untuk perencanaan interaktif sintesis organik, khususnya, untuk perencanaan sintesis organik dalam pendekatan retrosynthetic. Built-in katalog bahan kimia seperti yang dari Organik Acros atau Fluka Chemical Company menyediakan bahan-bahan awal yang cocok untuk target sintesis.

• XChemEdit    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  • XChemEdit adalah paket program yang dapat menarik dan mengedit tiga-dimensi struktur kimia; berfungsi sebagai antarmuka grafis untuk program Gaussian, JAGUAR, MOPAC, dan BOSS / MCPRO; menampilkan orbital molekul, kepadatan elektron, dan potensi elektrostatik; modus normal bernyawa getaran, dan menghitung pelarut diakses luas permukaan, volume, dan sifat termokimia.

• XCombust    Utilitas

  • Siapa yang dalam kimia pernah mengalami hal berikut: Anda mendapatkan sampel Anda kembali dari departemen analitis dan melihat malu-malu pada data analisis unsur - dan mereka adalah cara off. Jadi apa yang biasanya terjadi adalah bahwa seseorang mencoba untuk membuat angka-angka sesuai dengan mendalilkan inklusi pelarut (seperti 1 mol EtOH) dan kemudian mendapatkan stres dengan kalkulator desktop. Di situlah ini utilitas kecil mengkilap datang ke dalam bermain.

• XCrySDen    Penampil 3D, Kristalografi

  GPL, (Fortran, C)

  • XCrySDens (Struktur Kristal dan Kepadatan) adalah struktur kristal dan molekul visualisasi program, yang dapat superimpose isosurfaces dan kontur ke struktur kristal dan interaktif memutar dan memanipulasi mereka. XCrySDens juga menyediakan sebuah antarmuka (parsial) pengguna grafis untuk CRYSTAL, dan sistem visualisasi untuk PWscf dan WIEN2k.

• XDrawChem    Menggambar 2D

  GPL, (Fortran, C + +)

  • XDrawChem adalah molekul program gambar 2D. Beberapa fitur penting termasuk kemampuan untuk mengambil struktur dari database jaringan diberi nama atau nomor CAS, yang dapat memprediksi memprediksi NMR proton dan C13 pergeseran, dan dapat antarmuka dengan OpenBabel untuk membaca dan menulis format file.

• XEASY    NMR

  • XEASY adalah program untuk menampilkan dan menetapkan 2D, 3D, dan 4D spektra NMR.

• xem    Pendidikan

  GPL, C + +

  • xem adalah titrasi perangkat lunak sederhana simulasi untuk berbagai sistem.

• XLOGP / PLOGP    kimiawi

  • Metode yang dapat menghitung nilai logP untuk senyawa organik dari struktur topologi nya. Algoritma ini didasarkan pada penjumlahan kontribusi atom dan faktor koreksi.

• XMakemol    Penampil 3D

  GPL, C + +

  • XMakemol adalah program berbasis mouse, ditulis menggunakan set widget LessTif, untuk melihat dan memanipulasi atom dan sistem kimia lainnya. Membaca masukan XYZ dan membuat atom, obligasi dan ikatan hidrogen.

• XMD    Dinamika Molekuler

  GPL, C

  • XMD melakukan Komputer Dinamika Molekuler (CMD) simulasi pada logam dan keramik.

• XmMol    Penampil 3D

  GPL, C

  • XmMol adalah makromolekul visualisasi desktop dan alat pemodelan dirancang agar mudah digunakan, mengkonfigurasi dan meningkatkan. Its grafis didasarkan pada X11, dan bagian dari antarmuka pengguna adalah berdasarkan Motif. Oleh karena itu menyediakan cara untuk menampilkan struktur pada server X11.

• XMolCalc    Utilitas

  • XMolCalc adalah utilitas kecil yang memungkinkan Anda untuk menghitung berat molekul dibawah Unix/X11.

• XNMR    NMR

  • XNMR adalah sebuah program berbasis X11 mampu mensimulasikan pertukaran memperluas spektrum NMR molekul dinamis dengan sampai sembilan konfigurasi kimia. XNMR lebih mendukung hingga tingkat tertentu pengolahan data eksperimen yang diperoleh dari spektrometer NMR Bruker berjalan UXNMR atau XWin-NMR.

• XOrtep    Kristalografi

  • XOrtep adalah adalah sedikit versi modifikasi dari kode ortep-untuk-matahari yang ditulis untuk memberikan kombinasi editor / previewer didasarkan pada Sun OpenView toolkit.

• XPMA    Kristalografi

  • XPMA adalah menu mouse program yang berbasis grafis didorong untuk manipulasi struktur kristal. Bunyinya SHELX93, SHELXL, SHELX76 dan SHELXS-OUTPUT FILES.

• XPovChem    Penampil 3D

  GPL, C

  • XPovChem adalah penampil molekul berdasarkan raytracer PovRay. Dibutuhkan deskripsi molekul, mengubahnya menjadi sebuah file pov, dan memungkinkan povray membuat gambar -. Sehingga memungkinkan kualitas render yang sangat tinggi. Xpovchem termasuk molekul Babel format converter profesional dan frontend GUI untuk program konsol Paulus Thiessen povchem.

• XRDL    Kristalografi

  • XRDL adalah ruang penampil timbal balik ditulis di Jawa. Hal ini juga dirilis sebagai bagian dari JSV. Hal ini memungkinkan real-waktu rotasi dari titik-titik kisi resiprokal. Perangkat lunak ini 'Charityware'.

• X-util    Kristalografi

  • X-util adalah seperangkat program utilitas ditujukan untuk (namun tidak terbatas pada) kristalografi protein berlatih.

• XVibs    Penampil 3D, Quantum Mekanika

  GPL, Jawa

  • XVibs adalah utilitas untuk menghidupkan getaran molekul. Modus normal dibaca dari sebuah file secara otomatis ditentukan harus dari Aces2, Gamess, PC Gamess, Gaussian 90/92/95/94/98, ADF, Dalton, Jaguar, MOPAC, atau HyperChem. File animasi terpisah yang ditulis untuk setiap getaran.

• YAeHMOP    Quantum Mekanika

  GPL, (C, Fortran)

  • Namun lain diperpanjang Orbital Molekul Huckel Paket (YAeHMOP) dimaksudkan menjadi mudah digunakan, perhitungan transparan, diperpanjang Huckel dan paket visualisasi yang dapat melakukan perhitungan pada kedua molekul dan bahan diperpanjang di 1,2, atau 3 dimensi.

• Yambo    Quantum Mekanika

  GPL, (C, Fortran)

  • Yambo adalah kode FORTRAN / C untuk Tubuh Banyak-perhitungan dalam keadaan padat dan fisika molekular. Yambo bergantung pada fungsi gelombang Kohn-Sham yang dihasilkan oleh kode DFT abinit dan Pwscf.

• Dinamika YASARA    Penampil 3D, Dinamika Molekuler

  • Dinamika YASARA berisi YASARA Lihat dan menambahkan dukungan untuk simulasi molekul. Selain Lapangan NOVA YASARA Force dan bidang baru yang sangat akurat YAMBER kekuatan, Anda dapat menggunakan medan gaya MD lainnya terkenal seperti AMBER, dan menjalankan akurat semua atom-simulasi MD dalam larutan berair dengan Mesh Ewald Partikel elektrostatika longrange pada dua kali kecepatan Anda tahu dari program lain. YASARA Dynamics adalah bukan kotak hitam dengan input dan file output, tetapi menunjukkan simulasi MD dalam real-time pada layar. Anda dapat sepenuhnya berinteraksi dengan adegan, tarik atom atau molekul secara keseluruhan sekitar.

• YASARA Lihat    Penampil 3D

  • Jelajahi struktur makromolekul interaktif dengan YASARA Lihat, yang innotive 3D mesin hingga 35 kali lebih cepat dari OpenGL. Anda dapat memuat beberapa struktur pada saat yang sama, membuat publikasi berkualitas sinar-ditelusuri gambar termasuk label, dan program macro dan plugin Anda sendiri Python.

• YMOL    Penampil 3D

  • Molekul visualisasi dan program animasi, yang dapat digunakan untuk membuat gambar kualitas produksi, dan film, baik menggunakan dibangun di renderer atau dengan mengekspor layar untuk POVRAY.

• ZMM    Molekuler Mekanika

  • ZMM adalah program pemodelan molekul untuk studi teoritis sistem dari setiap kompleksitas: molekul kecil, peptida, protein, asam nukleat, dan ligan-reseptor kompleks. ZMM pencarian struktur optimal dalam ruang koordinat umum: sudut torsi, sudut ikatan, panjang ikatan, posisi bebas dan ion molekul, dan orientasi molekul bebas.

• Mintaku'lburuj

  GPL, C + +

  • Zodiak adalah editor molekul canggih untuk pemodelan molekul dan komputer dibantu desain obat, yang menawarkan alat-alat seperti minimisasi energi, manajemen database, prediksi properti molekul dan berakhir depan untuk program docking dan berbagai QM. Ini adalah cross platform dan dirilis di bawah GPL.

• ZORTEP    Kristalografi

  • ZORTEP adalah, tikus didorong menu program berbasis grafis ORTEP. Hal ini memungkinkan rotasi grafis 'real-time' dan manipulasi struktur dan / atau ellipsoids termal pada layar.
    
    
    
    
    Sumber: http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/