INTRODUKSI
Program HyperChem , merupakan program yang kimia aplikasi 32 bit, Yang dikembangkan oleh HyperCube Inc UNTUK Sistem Operasi Windows 95/98 Windows NT murah. HyperChem merupakan Program Yang Sobat Dari pemodelan molekul Yang Telah diakui Mudah digunakan, fleksibel murah Berkualitas. DENGAN menggunakan visualisasi animasi Tiga Dimensi murah hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika molekular Dinamika murah, menjadikan terasa sangat HyperChem Mudah digunakan dibandingkan DENGAN Program kimia kuantum Yang lain.
Program Kimia menyediakan Fasilitas Pembuatan Model Tiga Dimensi (3D), perhitungan mekanika kuantum mekanika molekular murah ( semiempiris murah ab initio ). Disamping ITU Tersedia pula database yang murah Program Simulasi Monte Carlo murah dinamika molekul (MD) .
Fasilitas Yang disediakan oleh Program Standar ini adalah:
· Struktur input murah Manipulasi ( Struktur Input dan Mani-pulation )
· Tampilan Molekul ( Tampilan Molekuler )
· Kimia Komputasi ( Computational Chemistry )
· METODE Komputasi ( Metode Komputasi )
HASIL PERHITUNGAN DENGAN HYPERCHEM
Prediksi:
HyperChem dapat digunakan UNTUK menentukan bebe-Rapa Sifat Struktur ANTARA lain:
· Stabilitas relatif Dari beberapa isomer · Panas pembentukan · Energi Aktivasi · Muatan atom · Beda energi HOMO-LUMO · Potensi Ionisasi · Afinitas Elektron · Momen DIPOL · Tingkat energi Elektronik · Energi korelasi Elektron MP2 | · Energi keadaan tereksitasi CI · Sifat murah Struktur keadaan Transisi · Energi Interaksi non-berikat · Spektra serapan UV-VIS · Spektra IR Absorpsi · Pengaruh isotop PADA vibrasi · Spektra serapan IR · Efek Tabrakan PADA Sifat Struktur · Stabilitas Dari kluster |
Simulasi
- Interaksi Docking
- Pengaruh Temperatur PADA Gerakan molekul
- Pengaruh pelarut pda murah Dinamika Struktur
- Interaksi intermolekular PADA kluster
Toolbar VIEW STANDAR
Seketika HyperChem aktif, Maka Tampak toolbar standar berikut:
Beberapa toolbar Yang Harus dipahami dulu adalah Menggambar, Pilih, Putar out-of-plane (XY Rotasi), Putar di pesawat (Z Rotasi), Terjemahkan (XY Terjemahan), Z-Terjemahkan, Magnify / mengecilkan / Zoom, Z-Kliping pesawat, murah Teks Anotasi. penjelasannya sebagai berikut:
 |
: Menggambar tombol `'UNTUK SISTEM menampakkan periodik Unsur; cara melakukanya
DENGAN klik 2 kali secara cepat: Tombol `Seleksi 'UNTUK atom atau molekul Puyeng atau UNTUK Melihat Ikatan Panjang, Ikatan Sudut, murah Sudut torsi
 |
: Tombol `XY Rotasi 'UNTUK memutar molekul Sekitar sumbu X Y murah
 |
: Tombol `Z Rotasi 'UNTUK memutar molekul Sekitar sumbu Z
 |
: Tombol `XY Terjemahan 'UNTUK menggerakkan molekul atom murah Sepanjang sumbu
X Y murah : Tombol `Z Terjemahan 'UNTUK menggerakkan molekul atom murah Sepanjang sumbu Z
: Tombol `Zoom 'membesarkan atau mengecilkan UNTUK SISTEM molekul. Caranya, tekan Tombol kerabat tikus, Gerakan ke kiri-bawah UNTUK membesarkan, atau Gerakan ke kanan-Atas UNTUK mengecilkan: Tombol `Z Kliping" UNTUK memotong molekul
 |
: Tombol `Teks Anotasi ' UNTUK menambakkan PADA teks layar
Tombol toolbar Yang lain adalah tombol Standar PADA Ms Office, yaitu
Baru : memulai file yang baru
Buka : Membuka file yang lama
Simpan : menyimpan file yang aktif ke disket / H-Disk
Potong : menghilangkan pilihan murah menyimpan ke Memori
Salin : menyimpan pilihan ke Memori
Tempel : menempelkan Simpanan di Memori ke layar
Cetak : nge-cetak
Persiapan MEMBUAT FILE BARU Struktur
Langkah sederhananya:
Klik <file>, pilih <Preferences>, sehingga Muncul Tampilan berikut
Pilih PADA <Window Color> <White>, supaya layar berwarna putih HyperChem.
Pilihan lain dapat dicoba PADA <Preferences> SENDIRI.
Klik <Display>, pilih <Labels>, sehingga Muncul Tampilan berikut:
PADA < Label > pilihlah < Symbol > Dalam, < Atom >, hari lalu pilihlah < Orde Obligasi > Dalam, Obligasi>. Sementara pilihan manut dulu, lain kali terserah.
Struktur MEMBUAT BARU
Langkah mudahnya:
Klik <file> hari lalu pilih < Baru >, supaya layar Bersih
Klik tombol [ Menggambar ] 
2 kali DENGAN cepat sehingga Muncul < Elemen Tabel>
2 kali DENGAN cepat sehingga Muncul < Elemen Tabel>
Akan Seumpama cara membuat Struktur etana (CH 3 CH 3 ), Maka saya kali klik huruf <C> PADA <Element Tabel>. Ingat pilihan <Explicit Hydrogens> PADA <Element Tabel> jangan dicentang (tidak dipilih dulu)
PADA layar putih klik kiri tikus 1 kali, kemudian klik kiri tikus kali aku lagi dekat DENGAN Yang Pertama, seperti PADA gambar
Klik kiri Mouse Sebelah kiri PADA C, jangan dilepas dulu klik kirinya, Geser atau hubungkan ke C Yang kedua, sehingga terbentuk Ikatan, seperti gambar berikut
|
Klik <Build> murah pilihlah <Tambah H & Model Build> sehingga Muncul Struktur berikut
Klik tombol toolbar Yang lain UNTUK mengubah Posisi stuktur, misalnya 1 kali klik tombol [ XY Rotasi]
, kemudian klik PADA layar putih kiri tikus murah tahan tenda Sambil menggeser kesana-kemari tikus.Coba pilihan lain, Misal [terjemahan], murah [Zoom]
, kemudian klik PADA layar putih kiri tikus murah tahan tenda Sambil menggeser kesana-kemari tikus.Coba pilihan lain, Misal [terjemahan], murah [Zoom]Melihat Ikatan PANJANG, Ikatan Sudut, DAN Sudut torsi
Klik <select> murah pilihlah <Atoms>, UNTUK Puyeng atom-atom
Klik tombol toolbar [Pilih] 
1 kali lembut dan sehat
1 kali lembut dan sehatUNTUK Melihat Ikatan Panjang, arahkan tombol [ Pilih ] PADA Garis Ikatan tertentu, misalnya Garis Ikatan antar C, murah klik kiri tikus l kali Tepat PADA Garis Ikatan Yang dipilih, Maka Akan Muncul Keterangan PADA Garis pagar bawah layar seperti berikut ini
Jarak antar C adalah 1,54 Angstrom
Cobalah lagi PADA Garis Ikatan lain, murah bacalah Panjang ikatannya!
UNTUK membebaskan kursor tikus murah Puyeng Maka klik Kanan Mouse 1 kali di sembarang Tempat.
4. UNTUK Melihat Sudut Ikatan HCH, Maka klik kiri Mouse murah tahan Tepat di Atas atom H Pertama murah geserkan ke atom H kedua, Lepaskan klik, lihat hasilnya murah.
Sudut ANTARA atom nomer 6-2-7 (HCH) adalah 109.471 °.
Coba antar 3 atom Yang lain! Misal Sudut HCC!
5. UNTUK Melihat Sudut torsi atom HCCH, Maka klik kiri tikus PADA atom H Pertama, klik tahan murah geserkan ke atom H kedua, sehingga gambar berikut Muncul
Sudut torsi atom HCCH adalah 180 °
Struktur 3 DIMENSI
Klik <Display>, murah pilihlah <Rendering>, Muncul Tampilan berikut
PADA Rendering Pilihan Berbagai terdapat pilihan: Metode Rendering, Sticks, Balls, Silinder, Spheres murah Tumpang Tindih. Misalkan pilihannya PADA
Metode Rendering : Balls dan Silinder
Sticks : Pilih semua, kecuali Stereo
Bola : Shading Sorot murah
Silinder : Warna oleh unsur
Tumpang Tindih Sphere : Sorot Shading murah
Maka Akan diperoleh 3 Dimensi gambar sebagai berikut:
UNTUK berubah ke Bentuk semula (misalnya Tongkat) Tinggal tekan Tombol <F2>, bolak-balik!
Perlakukan Bentuk 3 Dimensi gambar ini seperti Bentuk <Sticks>, misalkan UNTUK Melihat Ikatan Panjang, Sudut Ikatan 3 atom, murah Sudut torsi 4 atom pilihan. Gerakkan pula DENGAN <XY Rotation>, <Z Rotation>, <Translation>, atau <Zoom>
UNTUK Melihat gambar 3 Dimensi Yang bagus banget, Maka klik <Display> murah pilihlah <Raytrace>
Jangan lupa simpan gambar strukturnya DENGAN Puyeng < Berkas > murah < Simpan >, kemudian beri Nama File (Misal gambar 1).
Struktur MENGUBAH MOLEKUL
Bagaimana cara membuat Struktur Toluena DENGAN mengubah Dari Benzena?
Klik menu < Berkas >, pilih <Open>, CARILAH berkas `Benzene 'di Direktori C: \ Hyper80 \ Sampel \ aromatik
Klik File `Benzene 'murah <Open>, Maka Akan Muncul Struktur Benzena
Klik menu < Pilih > murah pilih < Atom >, Ingat jangan pilih dulu < Seleksi Beberapa >, KARENA Hanya Akan Puyeng Satu pilihan lembut dan sehat
Klik kiri Mouse di Atas Tepat salah Satu atom H Sampai ada Tanda Lingkaran, Tanda berhasil Puyeng, kemudian pilih Delete Tombol Keyboard PADA
Klik tombol [Menggambar] 2 kali 
DENGAN cepat sehingga Muncul < Elemen Tabel >
DENGAN cepat sehingga Muncul < Elemen Tabel >Klik 1 kali huruf < C > PADA < Elemen Tabel >
Klik kiri tikus l PADA kali Tepat Posisi atom H Yang dihapus
Tarik Garis Ikatan Dari atom C baru ke atom C Yang dihilangkan atom H-nya, DENGAN cara menekan Tombol kiri tikus Tepat di Atas atom C baru, tahan murah geserkan ke atom C Yang hilang atom H-nya
Klik < Membangun > murah pilihlah < Tambah H & Model Build >
Klik tombol [XY Rotasi] murah Gerakan molekul sehingga atom H Yang Tampak lain
MEMBUAT Struktur MOLEKUL DART CS ChemDraw ULTRA
Aktifkan Program CS ChemDraw Ultra
Klik tombol alat teks 1 kali
Akan Misal cara membuat Struktur TNT (trinitrotoluene), klik kiri tikus di Ruang kosong, kemudian ketik `trinitrotoluena '(Harus Istilah Asing)
Klik tombol Marquee tool 1 kali lembut dan sehat
Klik menu < Struktur >, kemudian pilihlah <Convert Nama untuk Structure>, Maka Akan Keluar Struktur TNT
Klik tombol Marquee tool kemudian lakukan blok terhadap Struktur TNT (nama Struktur jangan ikut diblok),
Klik menu < Mengedit >, pilihlah < Salin >
Aktifkan Program HyperChem
Klik < Berkas >, pilihlah < Baru > UNTUK membersihkan Ruang
Klik < Mengedit >, pilihlah < Tempel >, Maka Akan Muncul Struktur TNT
Simpanlah murah beri Nama File 'TNT'
Cobalah cara ini SENDIRI UNTUK cara membuat asam pikrat Struktur `'atau` 2,4,6-trinitrophenol', `Amonium picrate ', 2,4,6-trinitrophenyl-methylnitramine murah`' Program PADA HyperChem mel Alui CS ChemDraw Ultra
MENGAMBIL FILE DATABASE Struktur MOLEKUL DART
Program database yang HyperChem menyediakan beberapa UNTUK Struktur molekul, diantaranya asam-asam Struktur amino, asam nukleat, kristal, sakarida murah Struktur lain. Caranya sebagai berikut:
Klik menu <Databases>, pilih <Amino acids>, Maka Akan Muncul kotak dialog asam amino beberapa Nama, pilihlah salah Satu.
Klik menu <Databases>, pilih <Saccharides>, klik <Add>, Maka Akan Muncul kotak dialog beberapa Jenis sakarida, pilih salah Satu, misalnya <aldoses>, <ketoses> atau Yang lain
Contoh Prosedur UNTUK gula kristal sebagai berikut murah:
Prosedur: Gula Builder (Database Menu)
Gula (polisakarida) modul Builder dipanggil oleh satu klik sederhana pada item menu HyperChem. Modul ini memiliki struktur sendiri, menu, dan dialog kotak. Lihat manual untuk penjelasan lebih lengkap tentang Modul Builder Gula.
Meminjam Modul Builder Gula
L-klik pada Database / sakarida
Membuat poli (1 -> 4) - -D-Glukosa
L-klik pada Database / sakarida
Gunakan perintah / Aldoses menu Tambah untuk membuka kotak dialog Aldoses.
Pilih D dan pilihan untuk memilih isomer D dan anomer.
Pilih tombol perintah Glukosa untuk membuat residu glukosa dalam HyperChem.
Pilih jenis sambungan 14 dengan memilihnya dari daftar.
Perubahan f dan y untuk 48,05 dan -20 dengan memasukkan angka-angka di dalam kotak mengedit, masing-masing.
Berulang kali klik pada tombol perintah Glukosa, sekali untuk setiap residu yang ingin Anda tambahkan ke rantai.
L-klik pada pojok kanan atas dari kotak dialog Aldoses dan Builder Modul Gula untuk menutup pembangun gula.
Beralih kembali ke HyperChem untuk melihat polisakarida tersebut.
Prosedur: Crystal Builder (Database Menu)
Modul Builder Crystal adalah dipanggil dengan klik sederhana pada item menu HyperChem. Modul memiliki adalah struktur sendiri, menu, dan kotak dialog. Lihat manual untuk penjelasan lebih lengkap tentang Modul Builder Crystal.
Meminjam Modul Builder Kristal
L-klik pada Database / Kristal
Membuat Crystal Molekuler
Buat molekul dalam HyperChem
L-klik pada Database / Kristal
L-klik pada HyperChem / Dapatkan dalam Modul Builder Kristal
Pilih Jenis Crystal, Parameter Satuan your dan Jumlah Sel Unit Modul Builder Kristal
L-klik pada HyperChem / Taruh dalam Modul Bulder Kristal
Tutup Modul Builder Kristal oleh L-klik di sudut kanan atas.
Kembali ke HyperChem
Membaca di Molekul dari Database Cambridge Kristalografi
L-klik pada Database / Kristal untuk membuka Modul Builder Kristal
L-klik pada File / Buka di Modul Builder Kristal
Arahkan ke direktori yang sesuai dan membaca dalam sebuah file CSD
L-klik pada HyperChem / Taruh dalam Modul Builder Kristal
Tutup Modul Binder Kristal oleh L-klik di sudut kanan atas.
Kembali ke HyperChem
Membuat Crystal Contoh
L-klik pada Database / Kristal untuk membuka Modul Builder Kristal
L-klik pada Sampel ...... tombol
Pilih Kristal Jenis Sampel yang sesuai dan kemudian L-klik OK
Pilih Jumlah Sel Unit Modul Builder Kristal
L-klik pada HyperChem / Taruh dalam Modul Builder Kristal
Tutup Modul Builder Kristal oleh L-klik di sudut kanan atas.
Kembali ke HyperChem
METODE KOMPUTASI
Struktur Yang Pertama kali Dibuat Ujug belum optimal geometri strukturnya, KARENA ITU Harus dilakukan Optimasi geometri UNTUK menempatkan konformasi Yang stabil menggunakan METODE komputasi tertentu. Telah HyperChem menyediakan menu Dalam, <Setup>. Sebagai Gambaran berikut ini dijelaskan secara Singkat METODE komputasinya.
METODE Kimia Komputasi
METODE kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 yaitu BAGIAN gede mekanika molekuler murah METODE Struktur Elektronik Yang terdiri Dari semiempiris murah METODE METODE ab initio . METODE Yang SEKARANG berkembang PESAT adalah teori fungsional kerapatan ( densitas teori fungsional , DFT).
Banyak, murah dinamik Aspek Struktur molekul dapat dimodelkan menggunakan METODE Dalam, Bentuk klasik mekanika molekul dinamik murah. Medan gaya ( medan kekuatan ) klasik didasarkan PADA hasil empiris Yang merupakan rata-rata Nilai Dari sejumlah parameter data gede molekul. KARENA melibatkan Data Dalam, Jumlah gede hasilnya UNTUK SISTEM Baik Standar, namun demikian BANYAK Pertanyaan Penting Dalam, Yang Tidak kimia semuanya dapat terjawab DENGAN pendekatan empiris. Jika ada keinginan UNTUK mengetahui Lebih Jauh tentang Struktur atau Sifat Yang lain bergantung PADA Distribusi kepadatan Elektron, Maka penyelesaiannya Harus didasarkan PADA pendekatan Yang Lebih teliti Umum yaitu bersifat murah kimia kuantum. Pendekatan ini juga dapat menyelesaikan permasalahan non-Standar, Yang umumnya PADA METODE mekanika molekuler dapat diaplikasikan Tidak.
Kimia kuantum didasarkan Postulat mekanika kuantum PADA. Dalam, kimia kuantum, SISTEM digambarkan sebagai Fungsi Gelombang Yang dapat diperoleh persamaan Schrödinger DENGAN menyelesaikan.Persamaan ini berkait DENGAN SISTEM Dalam, keadaan stasioner murah energi mereka dinyatakan Dalam, Operator Hamiltonian. Operator Hamiltonian dapat Dilihat sebagai Aturan UNTUK mendapatkan energi terasosiasi DENGAN Sebuah Fungsi Gelombang Yang menggambarkan inti atom Dari Posisi murah Elektron Dalam, SISTEM. Dalam, prakteknya, persamaan Schrödinger Tidak dapat diselesaikan secara eksak sehingga beberapa pendekatan Harus Dibuat. Pendekatan ab initio dinamakan jika METODE tersebut menggunakan data yang Dibuat Tanpa empiris, kecuali UNTUK tetapan Dasar massa seperti tetapan Planck murah Elektron Yang diperlukan UNTUK Sampai PADA prediksi numerik. Jangan mengartikan kata ab initio sebagai penyelesaian eksak. Teori ab initio adalah perhitungan Sebuah horee Yang bersifat Umum Dari persamaan Schrödinger penyelesaian secara Praktis Yang dapat diprediksi tentang keakuratan murah kesalahannya.
METODE kelemahan ab initio adalah kebutuhan Yang gede terhadap kemampuan Kecepatan Komputer murah. DENGAN demikian penyederhanaan perhitungan dapat dimasukkan ke Dalam, METODE ab initiomenggunakan beberapa parameter DENGAN empiris sehingga dihasilkan METODE kimia komputasi Yang baru dikenal DENGAN semiempiris. METODE semiempiris dapat diterapkan SISTEM Dalam, Yang gede murah menghasilkan Fungsi Gelombang Elektronik Yang Baik sehingga dapat diprediksi Sifat Elektronik. Dibandingkan DENGAN perhitungan ab initio , realibilitas METODE semiempiris agak rendah murah penerapan METODE PADA semiempiris bergantung ketersediaan parameter empiris seperti halnya mekanika molekul PADA.
Pembagian skema METODE Kimia Komputasi.
 |
Karakterisasi skema METODE Kimia Komputasi
METODE Mekanika Molekuler
METODE mekanika molekuler menyediakan pernyataan aljabar Yang Sederhana UNTUK Total energi senyawa, Tanpa Harus Menghitung Fungsi Gelombang Elektron atau kerapatan total. Pernyataan energi mengandung persamaan klasik Sederhana, seperti persamaan osilator harmonis UNTUK menggambarkan energi Yang tercakup PADA terjadinya uluran, bengkokan murah Ikatan torsi, gaya antar molekul Interaksi seperti van der Waals Ikatan hidrogen murah.
Dalam, mekanika molekular METODE, data dasar senyawa Yang digunakan Dalam, METODE parameterisasi merupakan Hal Yang krusial berkaitan DENGAN kesuksesan perhitungan. Himpunan parameter murah Fungsi matematika dinamakan medan gaya ( gaya medan ).
Dibandingkan DENGAN METODE-METODE kimia komputasi Yang lain, METODE mekanika molekuler Mempunyai Sisi Baik Sisi Buruk murah. Sisi Baik Dari mekanika molekuler adalah dimungkinkannya pemodelan terhadap molekul Yang gede seperti halnya protein murah segmen DNA Tanpa Kapasitas Dari Komputer Yang gede DENGAN proses perhitungan Komputer Yang Tidak Terlalu lama. Sedangkan METODE komputasi Yang lain juga Mampu pemodelan terhadap molekul gede namun memerlukan Kapasitas Komputer Yang gede murah proses perhitungannya memerlukan Waktu Yang lama. Sisi Buruk Dari mekanika molekular adalah Sifat kimia BANYAK Yang Tidak dapat didefinisikan DENGAN metoda ini. Misalnya Dalam, proses murah hasil perhitungan. METODE mekanika molekuler Hanya Mampu memvisualisasikan perhitungan jumlah energi tetapi PADA METODE setengah empiris selain memvisualisasikan perhitungan energi juga Mampu memvisualisasikan jumlah perhitungan pembentukan panas.
Mekanika molekul dikembangkan UNTUK mendiskripsikan Struktur Sifat-Sifat murah molekul sesederhana Ujug. Bidang aplikasi mekanika molekular meliputi:
Molekul Yang tersusun oleh Ribuan atom.
Molekul organik, oligonukleotida, peptida murah sakarida.
Molekul Dalam, Lingkungan vakum atau berada Dalam, pelarut.
Senyawa Dalam, keadaan Dasar.
Sifat-Sifat kinetika termodinamika murah.
Beberapa Jenis medan gaya SERING Yang digunakan Dalam, kimia komputasi PADA METODE mekanika molekuler:
· MM + (Sesuai UNTUK sebagian spesies non-gede biologi).
· AMBER (Sesuai digunakan Dalam, asam nukleat polipeptida murah atom hidrogen DENGAN Semua diikutkan Dalam, perhitungan).
· BIO + (Dikhususkan UNTUK perhitungan molekul protein).
· OPLS (METODE Yang juga dikembangkan UNTUK protein, tetapi perhitungan Interaksi non-ikatannya Lebih akurat Dari METODE AMBER).
Beberapa menu kalkulasi PADA <Compute> Yang dapat dilakukan oleh Mekanika Molekuler adalah: Single Point, Optimasi Geometri, Moleculer Simulasi Dinamika, Langevin Simulasi Dinamika, Simulasi Monte Carlo, Cari konformasional, murah QSAR Properties.
Mekanika kuantum
Sebuah teori gerakan elektron dan interaksi didasarkan pada pengakuan bahwa elektron perjalanan dalam jumlah terbatas orbit di sekitar inti atom, dan bahwa setiap orbit ditandai dengan radius tertentu dan energi.Elektron dapat berpindah dari satu orbit ke yang lain dengan menyerap atau memancarkan energi diskrit paket, yang dikenal sebagai kuanta. Elektron yang bergerak memiliki sifat-sifat baik partikel dan gelombang dan orbital menggunakan aspek gelombang untuk menggambarkan probabilitas untuk menemukan elektron pada titik tertentu dalam ruang. Persamaan Schrodinger dan turunannya benar-benar menggambarkan perilaku elektron relatif terhadap inti tetap. Menggunakan persamaan ini, adalah mungkin untuk secara akurat menggambarkan perilaku elektron dan senyawa kimia. Semi-empiris perhitungan dalam HyperChem menggunakan solusi perkiraan persamaan Schrödinger, ditambah data empiris (parameter), untuk memprediksi sifat elektronik dari sistem molekuler. Ab initio perhitungan menggunakan pendekatan yang berbeda untuk persamaan Schrödinger, tanpa empiris parameter.
Semi-empiris
Suatu jenis kuantum mekanik kimia perhitungan yang menggunakan parameter berasal dari eksperimen untuk menyederhanakan dalam perhitungan proses.
Script Variabel: semi-empiris-metode
Tipe: enum (extendedhuckel, cndo, indo, mindo3, mndo, AM1, PM3, zindo1, zindos)
Baca Tulis Status: R, W
Gunakan: Mengatur dalam jenis semi-empiris metode mekanisme kuantum untuk perhitungan.
Huckel
Sebuah metode sederhana dan perkiraan untuk semi-empiris perhitungan mekanika kuantum. Metode yang digunakan dalam Huckel yang diperluas HyperChem hanya berguna untuk perhitungan bagian tunggal, bukan untuk optimasi geometri atau perhitungan dinamika molekul. Diperpanjang Huckel menghasilkan perhitungan kualitatif atau deskripsi semi-kuantitatif orbital molekul dan sifat elektronik (misalnya, biaya atom bersih dan berputardistribusi). Ini bukan Self-Konsisten Februari (SCF) metode.
CNDO
Lengkap Mengabaikan Tumpang tindih Diferensial (lihat nApakah). Ini adalah yang paling sederhana dari metode SCF untuk semi-empiris kuantum mekanik perhitungan. Hal ini berguna untuk menghitung sifat keadaan dasar elektronik sistem terbuka dan tertutup-shell, optimasi geometri, dan energi total. HyperChem menggunakan CNDO / 2.
INDO
Tumpang tindih antara Mengabaikan Diferensial (lihat nApakah). Ini merupakan metode SCF untuk semi- empiris perhitungan mekanika kuantum. Ini meningkatkan pada CNDO oleh akuntansi pasti satu-pusat tolakan antara elektron pada atom yang sama. Berguna untuk menghitung keadaan-dasar sifat elektronik terbuka sistem-dan tertutup-shell, optimasi geometri, dan energi total.
Mindo / 3
Modifikasi Abaikan Menengah dari Tumpang tindih Diferensial. Ini merupakan metode SCF untuk semi- empiris perhitungan mekanika kuantum. Perpanjangan INDO, Mindo / 3 menggunakan parameter cocok untuk hasil eksperimen, bukan perhitungan yang akurat. Berguna untuk molekul organik besar, kation, dan senyawa polynitro. Menghitung sifat elektronik, optimasi geometri, dan energi total.
MNDO
Modifikasi Mengabaikan Tumpang tindih diatomik. Ini merupakan metode SCF untuk semi-empiris perhitungan mekanika kuantum. Berguna untuk berbagai molekul organik yang mengandung unsur-unsur dari barisan panjang 1 dan 2 dari tabel periodik, tetapi tidak logam transisi. Menghilangkan beberapa kesalahan dalam MNDO / 3 . Menghitung sifat elektronik, geometri dioptimalkan, energi total, dan panas pembentukan.
AM1
Semi-empiris SCF metode untuk perhitungan kimia. Sebuah perbaikan MNDO metode . Berguna untuk molekul yang mengandung unsur-unsur dari barisan panjang 1 dan 2 dari tabel periodik, tetapi tidak logam transisi.Bersama dengan PM3, AM1 umumnya metode semi-empiris paling akurat termasuk dalam HyperChem. Menghitung sifat elektronik, geometri dioptimalkan, energi total, dan panas pembentukan.
PM3
Sebuah setengah - empiris SCF metode untuk perhitungan kimia. PM3 adalah reparametrization dari metode AM1. PM3 dan AM1 umumnya metode yang paling akurat dalam HyperChem. PM3 telah parameter bagi banyak elemen kelompok utama dan beberapa logam transisi.
ZINDO / 1
Berdasarkan versi modifikasi ofINDO / 1. Anda dapat menggunakan ZINDO / 1 untuk menghitung keadaan energi dalam molekul yang mengandung logam transisi.
ZINDO / S
Sebuah metode INDO parameter untuk mereproduksi spektroskopi UV transisi terlihat ketika digunakan dengan sendiri-bersemangat konfigurasi interaksi (CI) metode.
Gunakan ZINDO / 1 bukan dari ZINDO / S untuk optimasi geometri dan perbandingan energi total.
Beberapa menu komputasi PADA <Compute> Yang dapat dilakukan oleh Semi empiris, selain METODE Perluasan Huckel adalah: Single Point, Optimasi Geometri, Moleculer Simulasi Dinamika, Langevin Simulasi Dinamika, Simulasi Monte Carlo, Getaran, Negara Transisi, Cari konformasional, murah QSAR Properties.
Sedangkan METODE Perpanjangan Huckel Hanya dapat untuk: Single Point, Cari konformasional, murah QSAR Properties.
Ab initio metode
Perhitungan komputasi dinamakan ab initio jika METODE tersebut menggunakan data yang Dibuat Tanpa empiris, kecuali UNTUK tetapan Dasar massa seperti tetapan Planck murah Elektron Yang diperlukan UNTUK Sampai PADA prediksi numerik. METODE ab initio Tidak dapat disebut penyelesaian eksak. Teori ab initio adalah perhitungan Sebuah horee Yang bersifat Umum Dari persamaan Schrödinger penyelesaian secara Praktis Yang dapat diprediksi tentang keakuratan murah kesalahannya. Kelemahan METODE ab initio adalah kebutuhan Yang gede terhadap kemampuan Kecepatan Komputer murah.
Ab initio perhitungan dapat dilakukan pada tingkat Hartree-Fock perkiraan, setara dengan bidang konsisten diri-(SCF) perhitungan. Pasca Hartree-Fock tingkat mencakup dampak korelasi yang tidak dilantik pada tingkat Hartree-Fock dari aproksimasi solusi non-relativistik persamaan Schrödinger (dalam inti-dijepit-Oppenheimer Lahir aproksimasi).
HyperChem melakukan perhitungan ab initio SCF umumnya. Hal ini juga dapat menghitung energi korelasi (yang akan ditambahkan dengan energi SCF total) oleh Hartree-Fock MP2 prosedur pasca panggilan yang melakukan Mailer-Plesset urutan kedua perhitungan perturbasi. Prosedur MP2 hanya tersedia untuk perhitungan titik tunggal dan hanya menghasilkan satu nomor, energi korelasi MP2, yang akan ditambahkan ke energi SCF total yang tunggal titik konfigurasi inti atom.
Dasar ditetapkan
Setiap set satu-elektron fungsi dapat menjadi dasar ditetapkan dalam pendekatan LCAO. Namun, basis set yang didefinisikan dengan baik akan memprediksi sifat elektronik menggunakan istilah kurang dari basis set buruk didefinisikan. Jadi, memilih secara tepat ditetapkan dalam ab initio calcuations sangat penting untuk rellability dan akurasi dari hasil dihitung.
Satu akan ingin mendefinisikan, di muka, set basis standar yang akan cocok untuk sebagian besar pengguna. Namun, satu juga ingin memungkinkan pengguna canggih kemampuan untuk memodifikasi set dasar yang sudah ada atau untuk mendefinisikan set mereka sendiri dasar. Kami telah demikian mendefinisikan HyperChem dasar ditetapkan berkas Format , dan HyperChem paket termasuk sejumlah ini. BAS file yang mendefinisikan dasar menetapkan standar. Pengguna juga dapat mendefinisikan banyak dasar mereka sendiri set yang mereka suka menggunakan format file. Rincian dasar HyperChem set format file dijelaskan dalam Bab 6 dari Release HyperChem 4,5 Fitur Baru manual.
Banyak set initio konvensional dan umum digunakan secara ab yang didukung di HyperChem. Set ini dasar meliputi:
STO-STO-1G dan 1G * (H dan Dia);
STO-STO-2G dan 2G * (H untuk Xe);
STO-3G dan STO-3G * (H untuk Xe);
STO-4G dan STO-4G * (H untuk Xe);
STO-STO-5G dan 5G * (H untuk Xe);
STO-6G dan STO-6G * (H untuk Xe);
3-21G, 21G 3-*, dan 3-21G ** (H Ar);
4-21G, 4-21 G *, dan 4-21G ** (H untuk Ne);
6-21G, 6-21G *, dan 6-21G ** (H untuk Ar);
4-31G, 31G 4-*, dan 4-31G ** (H Ne);
5-31G, 5-31G *, dan 5-31G ** (H ke F);
6-31G, 6-31G *, dan 6-31G ** (H Ar);
6-311G, 311G 6-*, dan 6-311G ** (Ar H);
D95, D95 * dan D95 ** (H CI).
Beberapa menu komputasi PADA <Compute> Yang dapat dilakukan oleh Ab initio adalah: Single Point, Optimasi Geometri, Moleculer Simulasi Dinamika, Langevin Simulasi Dinamika, Simulasi Monte Carlo, Getaran, Negara Transisi, Cari konformasional, murah QSAR Properties.
Optimasi Struktur GEOMETRI MOLEKUL
Menu Penggerak: maenu-menghitung-geometri-optimasi
Gunakan: Mencari suatu konformasi yang optimal untuk sistem molekuler.
Kotak Dialog: Mekanika Molekul atau semi-empiris atau ab initio Optimasi Geometri
. Langkah Persiapan Sebelum menyiapkan komputasi adalah file yang menyimpan data yang hasil Tempat komputasi Caranya adalah:
Klik <file>, pilihlah <Start Log>, tentukan file-nya Direktori, contohnya di `My Documents ", kemudian beri 'Nama File' murah klik <OK>
Siap melaksanakan penyimpanan hasil komputasi
Optimasi Geometri
Sebagaimana Kita ketahui, perubahan Struktur Dalam, suatu molekul biasanya menghasilkan energi murah Perbedaan Sifat-Sifat lainnya. Oleh KARENA ITU perhitungan-perhitungan dilakukan penyelidikan PADA SISTEM suatu molekul Yang memiliki Struktur geometri Yang tertentu. Bagaimana energi suatu molekul berubah sejalan SISTEM DENGAN perubahan strukturnya Kecil PADA digambarkan oleh energi Potensi permukaannya.
Inti Prosedur Optimasi Struktur molekul adalah suatu membandingkan energi Struktur Struktur Yang didapatkan DENGAN sebelumnya. Struktur Energi Yang Lebih rendah Dari sebelumnya menunjukkan kestabilan Struktur dibandingkan sebelumnya. Prosedur ini diulang Sampai mendapatkan energi Struktur Yang Tidak Jauh berbeda DENGAN sebelumnya.
Penentuan Struktur Yang merupakan molekul stabil Dari perhitungan Langkah Yang Paling Umum pemodelan molekul PADA terjadi. Energi relatif Dari Struktur teroptimasi Yang Akan menentukan kestabilan berbeda konformasi, keseimbangan isomerisasi, panas Reaksi, produk Reaksi, murah BANYAK Aspek lain Dari Kimia.
Ada 4 Jenis METODE Optimasi Yang SERING digunakan, yaitu:
Curam keturunan , dikhususkan UNTUK perhitungan cepat agar menghilangkan Yang sterik Yang murah berlebihan Masalah tolakan PADA Struktur Awal.
Konjugat gradien Fletcher-Reeves UNTUK mencapai konvergensi Yang efisien.
Konjugat gradien Polak-Riebere hampir sama DENGAN METODE Fletcher-Reeves, yaitu mencapai konvergensi Yang UNTUK efisien
Blok-diagonal Newton-Raphson (Hanya UNTUK MM +), Yang Satu memindahkan atom PADA suatu Waktu DENGAN menggunakan Informasi turunan keduanya.
Algoritma Konjugat gradien Lebih Baik digunakan dibandingkan DENGAN Algoritma keturunan curam . Perbedaan terdapat PADA METODE perhitungannya.
Langkah-Langkah Optimasi
Pilih atom untuk optimasi, atau hapus semua atom untuk mengoptimalkan sistem secara keseluruhan molekul.
Tentukan baik Mekanika Sctup / Molekuler atau Setup / semi-empiris.
Pilih Optimasi Hitung / Geometri.
Tentukan algoritma yang digunakan untuk menghitung energi potensial minimum.
Algoritma
Tentukan pilihan untuk perhitungan.
Pilihan
Tentukan seberapa sering untuk me-refresh layar dengan memasukkan nomor dalam kotak teks Layar periode menyegarkan.
L-klik OK.
Algoritma
Curam Descent
Bergerak secara langsung menuruni lereng curam pasukan interatomik pada permukaan energi potensial, membuat perubahan terbatas pada struktur molekul. Metode ini berguna untuk memperbaiki geometri buruk atau menghapus kontak buruk. Hal ini paling efektif bila sistem molekul jauh dari minimum, dan kurang memuaskan untuk sistem makromolekul.
Fletcher-Reeves
Sebuah konjugat menggunakan metode gradien satu dimensi pencarian. Algoritma ini konvergen lebih baik daripada metode Descent curam.
Polak-Ribiere
Sebuah konjugat menggunakan metode gradien satu dimensi pencarian, konvergen lebih cepat daripada Fletcher-Reeves tetapi menggunakan sedikit lebih banyak memori.
Setelah eigen-
Tersedia untuk metode initio semi-empiris dan ab kuantum mekanik (Setup/Semi- empiris dan Setup / Ab initio), metode ini memindahkan atom dari sistem molekul berdasarkan vektor eigen dari Hessian (derivatif kedua dari energi total dengan hormat untuk pemindahan). Perkiraan awal dari Hessian dihitung secara empiris.
Blok-diagonal Newton Raphson
Tersedia untuk MM + medan kekuatan, metode ini bergerak satu atom pada waktu menggunakan derivatif kedua.
Pilihan
Pemutusan Kondisi
HMS gradien
Mengatur akar-mean-square (RMS) gradien untuk menentukan perhitungan akhir. Ketika gradien RMS kurang dari nilai yang Anda masukkan, perhitungan berakhir.
Siklus Masukkan nomor untuk membatasi jumlah arah pencarian. Nilai default adalah 15 kali jumlah atom.
Dalam vakum Menghapus batas-batas periodik dari perhitungan.
Kondisi batas periodik
Menggunakan periodik kondisi batas yang ada untuk sistem molekuler. Anda dapat menonaktifkan ini dengan menentukan in vacuo.
Optimasi geometri dilakukan minimal dapat juga menggunakan <Single DENGAN Point> Dari menu <Compute>. METODE Yang dapat dipilih Mekanika Molekuler, Semi-empiris, atau Ab initio PADA menu <Setup>.
Satu titik
Sebuah perhitungan yang menentukan energi total (dalam Kkal / mol) dan gradien dari suatu sistem molekul atau atom yang dipilih. Dengan initio semi empiris atau ab metode, perhitungan titik tunggal juga menentukan elektron (muatan) distribusi di sistem. Perhitungan hanya mewakili molekul ini konfigurasi, satu titik di permukaan energi untuk sistem molekuler.
Prosedur: Ab initio Single Point (Hitung Menu)
Komputasi satu titik dengan menggunakan anti ama5iaa metode
Pilih atom untuk memasukkan dalam perhitungan, atau hapus semua atom untuk melakukan perhitungan pada sistem molekul secara keseluruhan.
Pilih Setup / ab initio.
Mengatur opsi yang Anda inginkan dalam kotak dialog Ab initio Pilihan.
Pilih titik Hitung / Lajang.
Pilih salah satu dari pilihan berikut:
Hasil komputasinya dapat Dilihat PADA Lampiran 1.
Simulasi Gerakan MOLEKUL
Melihat Simulasi Gerakan molekul dapat dilakukan menggunakan menu <Compute> DENGAN pilihan <Molecular Dynamics> atau <Langevin Dynamics> atau <Monte Carlo>.
Dinamika molekul
Perhitungan yang mensimulasikan gerakan setiap atom dalam sistem molekuler di sebuah energi yang tetap, suhu tetap, atau dengan perubahan suhu terkontrol. Hasil perhitungan dinamika molekuler ini disebut suatu lintasan.HyperChem dapat menggunakan salah satu dari mekanika molekul semi empiris mekanika kuantum, atau ab initio mekanika kuantum metode untuk lintasan dinamika molekuler. Anda dapat menggunakan perhitungan ini untuk mendapatkan sejumlah besar sifat struktural dan termodinamika, termasuk minima lokal alternatif, perbedaan energi antara konfigurasi yang berbeda, dan mekanisme reaksi dan jalur.
Langeren Dinamika
Menghitung gerak tangga yang dipilih atau semua atom dalam sistem molekul, selama interval waktu picosecond. Menunjukkan konformasi yang stabil, transisi negara, dan sifat termodinamika. Gunakan baik mekanika molekul atau semi-empiris atau ab initio metode. Menggunakan efek gesekan untuk mensimulasikan adanya suatu pelarut.
Anda melakukan perhitungan Dinamika Langevin dengan HyperChem dengan cara yang sama seperti yang Anda lakukan perhitungan Dinamika Molekuler. Semua kotak dialog untuk Langevin Dinamika adalah sama seperti untuk Dinamika Molekuler kecuali bahwa beberapa pilihan yang tersedia berbeda. Para Langevin Dinamika Pilihan kotak dialog memungkinkan Anda untuk menentukan koefisien Gesekan yang menggambarkan efek dari pelarut simulasi, dan benih Acak yang merupakan titik awal untuk nomor acak generator.
Monte Carlo
Mensimulasikan gerakan molekul sehingga Anda dapat mengamati sifat ekuilibrium dan perilaku kinetik. Anda dapat menentukan sebanyak tiga fase untuk simulasi - pemanasan, pendinginan berjalan dan
Berikut ini Prosedur kalkulasi Dinamika Molekuler dapat juga dipakai Yang UNTUK Langevin Dinamika murah Monte Carlo.
Menghitung molekul dinamika
Pilih atom untuk dinamika molekul atau hapus semua atom untuk mensimulasikan seluruh sistem molekul.
Tentukan baik Setup / Mekanika Molekuler atau Setup / semi-empiris.
Pilih Hitung / Dinamika Molekuler.
Tentukan Pilihan Waktu.
Waktu Pilihan
Tentukan Pilihan Suhu.
Suhu Pilihan
Tentukan Pilihan lainnya
Pilihan
Pilih periode output.
Periode pengumpulan data
Refresh layar periode
L-klik Playback atau Restart pilihan, jika diinginkan.
Pemutaran
Restart
Jika Anda ingin snapshot sehingga Anda kemudian dapat memutar ulang simulasi, L-klik tombol Snapshots.
Snapshots
Pemutaran
Jika Anda ingin menghitung rata-rata atau plot, L-klik tombol Rata-Rata.
Rata-Rata
L-klik tombol Lanjutkan di kotak dialog Opsi Dinamika Molekuler.
Simulasi Gerakan molekul memakan Waktu Yang lama. UNTUK menghentikan tekan menu <Cancel>.
ANALISIS vibrasi
Getaran perintah menghitung gerakan getaran dari inti dan menampilkan mode normal yang terkait dengan getaran individu dan inframerah. Anda dapat menggunakan salah satu metode semi-empiris kecuali Huckel yang diperluas, atau ab initio, kecuali metode MP2.
Gunakan < Spectrum vibrasi > pada < Hitunglah > menu untuk melihat hasil perhitungan. Gunakan analisis getaran untuk melakukan tugas-tugas berikut:
Memberikan wawasan tentang kekakuan dari kerangka molekul.
Visualisasikan mode normal yang terkait dengan garis pada spektrum IR.
Membantu mengidentifikasi senyawa yang tidak diketahui dengan menghubungkan diprediksi dibandingkan frekuensi getaran eksperimental.
Bedakan minimum dari titik pelana pada permukaan energi potensial.
Prosedur: Analisis vibrasi (Hitung Menu)
Gambarkan struktur 2D: etanol
Memanggil Model Builder untuk membuat struktur linier simetris.
Pilih < Semi-empiris > dari < Pengaturan Menu>. Gunakan Getaran hanya dengan semi-empiris metode untuk mengevaluasi energi.
Pilih salah metode semi-empiris , kecuali metode Huckel diperpanjang.
Pilih Pilihan.
Mengatur opsi yang Anda inginkan.
Pilih < CI > untuk membuka kotak dialog Konfigurasi Interaksi. Pastikan Tidak ada yang dipilih sebagai Metode CI. Anda tidak dapat melakukan optimasi geometri dengan fungsi gelombang CI dalam HyperChem.
Tutup semua kotak dialog yang terbuka.
Pilih Optimasi Geometri pada menu Hitung.
Analisis getaran harus dilakukan pada titik stasioner di mana permukaan energi potensial (PES) didefinisikan oleh gradien nol.
Anda harus menggunakan metode semi-empiris yang sama untuk kedua analisis getaran dan optimasi geometri. Misalnya, melakukan analisis getaran menggunakan PM3 Hamiltonian pada geometri dioptimalkan menggunakan Hamiltonian CNDO umumnya akan valid
Pilih optimasi yang Anda inginkan.
Setelah perhitungan selesai, pilih < Getaran > pada < Hitunglah menu>.
HyperChem menghitung fungsi gelombang SCF dan mengevaluasi gradien analitis pada geometri dioptimalkan. Yang kedua turunan dari energi sehubungan dengan atom
Koordinat Cartesian dihitung menggunakan differencing terbatas gradien analitis.
Evaluasi turunan kedua adalah langkah yang paling memakan waktu. Hasilnya adalah matriks campuran turunan parsial kedua (konstanta gaya), yang didiagonalisasi untuk menghasilkan modus normal getaran dan energi yang berhubungan. Status bar menunjukkan memperpanjang mana matriks selesai.
Modus normal merupakan kombinasi linear dari perpindahan atom Cartesian.
Pilih < Spectrum vibrasi > dari < Hitunglah menu>.
Spectrum vibrasi dialog kotak, yang menunjukkan spektrum frekuensi yang sesuai untuk setiap mode normal. Spektrum (garis vertikal) di atas mewakili semua frekuensi getaran yang mendasar. Spektrum di bagian bawah sesuai dengan IR-aktif getaran. Frekuensi meningkat dari sisi kanan ke sisi kiri kotak dialog. Tinggi baris bawah garis sesuai dengan intensitas IR mereka.
UNTUK Melihat Gerakan molekul tekan < Terapkan >, kalau molekul tertutup Maka Geser kotak Spektrum IR dulu-nya klik kiri tikus DENGAN PADA baris biru kotak dialog, tahan geserkan murah tikus Sampai Tidak menutupi molekul.
Tambahan nih: Supaya Spektrum IR dapat dicopy ke Ms Word Maka klik < Salin >, coba Aktifkan Ms Word atau Paint, murah klik < Mengedit >, hari lalu pilihlah < Tempel >.
UNTUK Melihat Data hasil komputasi sebelumnya Spektrum IR murah klik Maka < Berkas >, hari lalu pilihlah < Hentikan Log >. Bukalah DENGAN Ms Word, asal Ingat Tempat Direktori Nama filenya murah (*. log). Ingat! Langkah < Hentikan Log > dapat dilakukan kalau Sebelum melakukan komputasi Telah di-klik < Mulai Log > Dari menu < Berkas > murah Sudah diberi Nama File-nya.
Prosedur: Transisi Negara
Gambarkan struktur 2D, mengatakan, metanol:
Double-klik pada ikon Selection tool. HyperChem membangun molekul.
Pilih <Semi-empirical> pada menu <Setup>.
Pilih metode semi-empiris, misalnya, < AM1 > untuk perhitungan keadaan transisi.
Hitung Negara / Transisi tidak tersedia Extended-Huckel perhitungan.
Pilih <Options>.
Mengatur biaya total, duduk, 0, dan multiplisitas Spin, katakanlah, 1, dan kemudian memilih untuk menutup kedua <OK> kotak dialog.
Pilih < Transisi Negara > pada < Hitunglah menu>.
Negara Transisi Pilihan Pencarian kotak dialog muncul.
Pilih < eigen Setelah getaran > Modus tombol radio dan L-klik < OK >. Perintah ini dimulai perhitungan 1:00 untuk mode Hessian dan getaran awal untuk metanol. Tunggu sampai perhitungan dilakukan.
Pilih mode getaran, misalnya, 1 dari kotak dialog Mode vibrasi dan L-klik OK. Ini memberitahu HyperChem pencarian keadaan transisi dengan memaksimalkan energi di sepanjang modus tertentu dan meminimalkan energi bersama semua mode lainnya.
Tunggu sampai perhitungan ini dilakukan.
Pilih < Getaran > pada < Hitunglah menu>.
Ini dimulai perhitungan getaran dengan metanol, sistem molekul sini.
Pilih < Spectrum vibrasi > pada < Hitunglah menu>.
Spectrum vibrasi dialog kotak, yang menunjukkan spektrum frekuensi yang sesuai untuk setiap mode normal. Spektrum (garis vertikal) di atas mewakili semua frekuensi getaran yang mendasar. Spektrum di bagian bawah sesuai dengan IR-aktif getaran . Frekuensi meningkat dari sisi kanan ke sisi kiri kotak dialog. Tinggi baris bawah garis sesuai dengan intensitas IR mereka.
L-klik modus getaran pertama (mode pertama di sisi kanan kotak dialog Spectrum vibrasi) untuk melihat frekuensi getaran modus ini.
L-klik mode getaran kedua untuk frekuensi getaran modus ini.
Jika frekuensi getaran modus pertama adalah negatif dan frekuensi getaran modus kedua adalah positif, sistem molekul berada pada keadaan transisi . Jika tidak, itu hanya pada titik stasioner, bukan keadaan transisi.
Prosedur: Transisi Negara: Synchronous Transit Mode (Hitung Menu)
Gambarkan struktur 2D yang merupakan produk dari reaksi kimia, misalnya, CH 3 CH 2 C1
Double-klik pada ikon Selection tool. HyperChem membangun molekul.
Pilih File / Save As untuk menyimpan produk ke sebuah file.
Gambarkan struktur 2D lain yang mewakili reaktan dari reaksi kimia, misalnya, CH2 = CH2, dan H-Cl
Double-klik pada ikon Selection tool. HyperChem membangun molekul.
L-klik alat Pilih dari Tool bar di HyperChem.
Pilih semua atom dalam reaktan.
Pilih Pilih Seleksi / Nama.
Pemilihan Nama kotak dialog muncul.
L-klik tombol radio reaktan dan L-klik.
Hapus centang pada pilihan saat ini dan memilih semua atom dalam produk.
Pilih Pilih Seleksi / Nama.
L-klik tombol radio PRODUK dan L-klik OK.
Pilih Setup / Reaksi Peta.
Pemetaan Reaksi kotak dialog muncul.
Peta atom dalam reaktan dan atom-atom dalam produk tersebut.
L-klik OK setelah Anda selesai pemetaan.
HyperChem menutup kotak dialog dan Pemetaan Reaksi menciptakan struktur menebak awal untuk pencarian keadaan transisi dari reaktan dan produk yang diberikan dan nilai lamda.
Pilih Semi-empiris pada menu Setup.
Pilih metode semi-empiris, mengatakan, PM saya untuk perhitungan keadaan transisi.
Hitung Negara / Transisi tidak tersedia Extended-Huckel perhitungan.
Pilih Pilihan.
Mengatur biaya total, duduk, 0, dan multiplisitas Spin, katakanlah, 1, kemudian pilih OK untuk menutup kotak dialog kedua.
Pilih tombol radio Transit Synchronous dan tombol radio QST dan L-klik OK. Perintah ini memulai perhitungan AMI mencari keadaan transisi. Tunggu sampai perhitungan dilakukan.
Pilih Getaran pada menu Hitung.
Ini dimulai perhitungan getaran dengan sistem molekul ditampilkan dalam ruang kerja HyperChem.
Pilih Spectrum vibrasi pada menu Hitung.
Spectrum vibrasi dialog kotak, yang menunjukkan spektrum frekuensi yang sesuai untuk setiap mode normal. Spektrum (garis vertikal) di atas mewakili semua frekuensi getaran yang mendasar. Spektrum di bagian bawah sesuai dengan IR-aktif getaran. Frekuensi meningkat dari sisi kanan ke sisi kiri kotak dialog. Tinggi baris bawah garis sesuai dengan intensitas IR mereka.
L-klik mode getaran pertama (mode pertama di sisi kanan kotak dialog Spectrum vibrasi) untuk melihat frekuensi getaran modus ini.
L-klik mode getaran kedua untuk frekuensi getaran modus ini.
Jika frekuensi getaran modus pertama adalah negatif dan frekuensi getaran modus kedua adalah positif, sistem molekul berada pada keadaan transisi. Jika tidak, itu hanya pada titik stasioner, bukan keadaan transisi
ANALISIS Sifat MOLEKUL
Prosedur: Properti Atom, Obligasi, atau Sistem Molekuler
Untuk menampilkan properti atom
Pilih hanya satu atom
L-klik pada Hitunglah / Properties.
Untuk menampilkan properti suatu obligasi
Pilih hanya dua atom obligasi.
L-klik pada Hitung / Properti
Untuk menampilkan properti dari sistem molekul
Melihat apa-apa yang dipilih (R-klik dengan kursor seleksi di ruang kosong), untuk NH3
L-klik pada Hitunglah / Properties.
QSAR Properti
Properti dihitung untuk Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas (QSAR). HyperChem menghitung sejumlah properti cepat yang kemudian dapat digunakan dalam studi QSAR. HyperChem tidak secara langsung melakukan QSAR dengan sifat dihitung. Sifat-sifat yang dapat dihitung dan terkait dengan studi QSAR adalah:
Sebagian atom biaya - Gasteiger dan skema Marsili.
Permukaan area - sebuah metode grid atau metode yang lebih perkiraan lebih cepat. Entah daerah diakses pelarut atau van der Waals luas permukaan.
Hidrasi energi - untuk peptida dan protein
Volume - suatu metode grid
Log P - menurut Ghose, Pritvchett dan Crippen
Refractivity - pendekatan yang sama seperti untuk Login P
Massa - massa molekul biasa
Prosedur: QSAR Properti (Hitung Menu)
Menghitung Properti QSAR
Pastikan Anda memiliki sistem molekul di tempat kerja
L-klik pada < Hitunglah >, pilihlah < QSAR Properti >.
L-klik pada < Pilihan murah pilih> < Hasil Untuk .. >
Pilih Tujuan untuk hasil Anda. Juga memutuskan apakah Anda ingin melihat kontribusi atom.
L-klik pada salah satu tombol untuk memilih salah satu dari sembilan sifat untuk menghitung.
L-klik pada <Calculation <Options> murah Options> jika diaktifkan (un-berwarna abu-abu) untuk properti yang Anda minati dan pilih pilihan tambahan.
Jika Anda menghitung Biaya parsial, memutuskan apakah akan menggunakan tebakan awal nol atau ke Base (perkiraan awal) pada Biaya Lancar.
L-klik pada <Compute> tombol untuk menghitung properti QSAR untuk molekul di tempat kerja.
Spektrum Elektronik
Menghitung perbedaan energi antara keadaan dasar elektronik dan beberapa pertama menyatakan elektronik tereksitasi dari sebuah sistem molekul. ZINDO / S parameter khusus untuk mereproduksi ultraviolet-tampak atau "elektronik" spektrum, namun, Anda dapat menggunakan salah satu semi-empiris metode kecuali Huckel yang diperluas, atau salah satu dari metode ab initio, kecuali MP2.
Anda harus melakukan metode sendiri-senang CI dengan metode initio semi-empiris atau ab Anda pilih untuk menghasilkan spektrum UV-vis.
Prosedur: Spektrum Elektronik (Hitung Menu)
Gunakan prosedur berikut untuk spektroskopi UV terlihat:
Menggambar dua dimensi (2D) struktur: Glukosa
Double-klik pada ikon alat Seleksi untuk memanggil Model Builder.
Pilih < Semi-empiris > pada < Pengaturan Menu>.
Pilih < PM3 > dan maka L-klik pada < Pilihan >. Anda dapat menggunakan metode semi-empiris untuk menghitung spektra UV-vis.
Pada kotak dialog semi-empiris Pilihan, pilih RHF pasangan berputar, mengatur biaya total, multiplisitas Spin, dan pilih negara Terendah.
Anda harus menggunakan pasangan RHF berputar bila Anda ingin untuk menghitung spektrum elektronik.
Pilih CI.
Pilih sendiri Gembira sebagai Metode Cl . Sendiri-sendiri Gembira adalah cara yang paling efisien dan didefinisikan dengan baik untuk menghitung energi spektroskopi.
Pilih Kriteria Orbital , dan menentukan jumlah orbital Pendudukan dan tak berpenghuni. Anda juga dapat menggunakan Kriteria Energi.
Jumlah negara elektronik tereksitasi dihitung adalah sama dengan jumlah konfigurasi berinteraksi (determinan), yang diberikan dengan jumlah permutasi dari elektron pergi dari pendudukan untuk orbital kosong.
Tutup semua kotak dialog yang terbuka oleh L-klik pada OK tombol, dan kemudian pilih < Single Point > dari < Hitunglah menu>.
HyperChem melakukan perhitungan SCF untuk mendapatkan konfigurasi referensi elektronik yang terkait dengan keadaan dasar singlet molekul. Selanjutnya, HyperChem menghasilkan serangkaian konfigurasi bersemangat tunggal, menghitung elemen matriks Hamiltonian antara mereka, dan kemudian mendiagonalisasi matriks untuk mendapatkan spektrum negara elektronik.
Ketika perhitungan selesai, pilih < Spectrum Elektronik > pada < Hitunglah menu>. Dua set garis (transisi) muncul dalam kotak dialog. Set atas menunjukkan semua negara elektronik tereksitasi (baik singlet dan triplet); set bawah menunjukkan hanya menyatakan bahwa yang spektroskopis aktif dan intensitas relatif mereka.
L-klik pada garis paling kanan bawah. Baris ini perubahan garis ungu, menunjukkan itu dipilih HyperChem menampilkan informasi tentang transisi ini di bagian bawah kotak dialog.
Sifat VISUALISASI MOLEKULER
Potensi Energi Plot
Menampilkan permukaan energi potensial. Variabel independen tergantung pada status pilihan saat ketika Anda mengklik pada item menu. Jika pilihan saat ini sesuai dengan variabel variabel independen yang digunakan untuk plot. Jika pemilihan saat ini tidak sesuai dengan variabel independen, maka PLOT1 dan PLOT2 digunakan untuk variabel-variabel independen. Jika tidak satupun yang sesuai, item menu akan aktif (berwarna abu-abu).
PLOT1 dan PLOT2 adalah variabel independen untuk plot dua dimensi energi potensial. Masing-masing dari mereka harus menjadi Seleksi Bernama. Sebuah dua atom bernama pilihan yang sesuai untuk obligasi, atau tiga-atom yang bernama seleksi sesuai dengan sudut ikatan, atau empat-atom bernama seleksi sesuai dengan torsi adalah semua variabel independen yang sesuai. Jika Anda meminta plot energi potensial satu dimensi, maka PLOT1 baik harus terdefinisi atau anda harus menggunakan pilihan saat ini untuk mendefinisikan variabel independen.
Jika pilihan saat ini sesuai dengan atom ikatan, sudut, atau torsi, maka bagian struktural yang akan menjadi variabel independen dan plot energi satu dimensi potensial akan disarankan. Jika pemilihan saat ini adalah dua atom suatu obligasi, maka kotak dialog pertama di bawah akan diminta. Jika pemilihan saat ini adalah tiga atom dari sebuah sudut atau torsi empat atom, maka kotak dialog kedua di bawah akan diminta.
Jika pemilihan saat ini tidak sesuai untuk variabel independen dari plot energi potensial satu dimensi, maka Hitung / Potensi ... item menu ini akan diaktifkan (un-berwarna abu-abu) hanya jika PLOT1 dan / atau PLOT2 didefinisikan. Jika setidaknya PLOT1 didefinisikan dan pilihan saat ini adalah tidak pantas untuk sebuah variabel independen, maka kotak dialog ketiga di bawah akan diminta.
Prosedur: Menampilkan Permukaan Energi Potensial (Hitung Menu)
Menampilkan Potensi Satu-Dimensi
Pilih hanya dua atom dari panjang ikatan, pada tiga atom dari sudut ikatan, atau empat atom dari torsi obligasi.
L-klik pada < Hitunglah > murah < Potensi >.
Gunakan <Properties> tombol untuk memodifikasi pilihan yang digunakan dalam plot, jika perlu
Menampilkan Potensi Dua-Dimensi
Pilih hanya dua atom dari panjang ikatan, pada tiga atom dari sudut ikatan, atau empat atom dari torsi obligasi sebagai variabel independen pertama .
L-klik pada < Pilih > murah < Seleksi Nama > untuk nama seleksi sebagai PLOT1 .
Pilih hanya dua atom dari panjang ikatan , tiga atom dari sudut ikatan , atau empat atom dari torsi obligasi sebagai variabel independen kedua .
L-klik pada < Pilih > murah < Seleksi Nama > untuk nama seleksi sebagai PLOT2 .
L-klik pada < Hitunglah > murah < Potensi >.
Gunakan < Properti > tombol untuk memodifikasi pilihan yang digunakan dalam plot, jika perlu.
Plot Molekuler Properti: Properti Molekuler Tab (Hitung Menu)
Gunakan perintah ini jika Anda ingin menampilkan potensial elektrostatik, kepadatan berputar total, atau hasil kerapatan total bertugas initio perhitungan semi-empiris atau ab. Perintah ini tidak tersedia kecuali fungsi gelombang kuantum mekanik telah dihitung, melalui Single Point, Optimasi Geometri, Dinamika Molekuler, Langevin Dinamika, Monte Carlo, Getaran, atau Negara Transisi.
Properti:
 |
Representasi:
 | |
 | |
 |
Prosedur: Grafik Plot Molekuler (Hitung Menu)
Gambarkan struktur 2D: NH3
Double-klik pada ikon Selection tool. HyperChem membangun molekul.
Pilih < Semi-empiris > pada < Pengaturan Menu>.
Pilih salah satu metode Semi-empiris untuk perhitungan titik tunggal .
Pilih < Pilihan >.
Mengatur < biaya total > dan < Putar multiplisitas >, kemudian pilih OK untuk menutup kotak dialog kedua.
Pilih < Single Point > pada < Hitunglah menu>.
Ketika perhitungan selesai, pilih < Grafik Plot Molekuler > pada < Hitunglah menu>. Plot Molekuler Properti Pilihan kotak dialog akan terbuka.
Pilih salah satu sifat:, potensi elektrostatik kepadatan berputar Total densitas muatan total
Pilih representasi. : 2D Kontur, 3D Isosurface, Isosurface Dipetakan 3D
L-klik OK.
Orbital
Fungsi probabilitas menggambarkan distribusi spasial elektron. Orbital atom menggambarkan elektron dalam atom. Orbital molekul, diturunkan sebagai kombinasi linear orbital atom (LCAO), menjelaskan elektron dalam molekul.
Setelah Anda telah melakukan perhitungan initio semi empiris atau ab Anda dapat memilih orbital untuk menampilkan kontur tingkat energi untuk semua orbit atau orbit yang Anda tentukan. Gunakan kotak dialog untuk melihat Orbit degeneracies dan dan penurunan dekat, HOMO-LUMO kesenjangan, pekerjaan skema orbital, alfa dan beta manifold berputar secara terpisah (untuk perhitungan UHF sistem shell terbuka), belahannya dd (untuk logam transisi).
Prosedur: orbital (Hitung Menu)
Gambarkan struktur 2D: NH3
Double-klik pada ikon Selection tool. HyperChem membangun molekul.
Pilih Semi-empiris pada menu Setup.
Pilih salah satu metode Semi-empiris untuk perhitungan titik tunggal.
Pilih Pilihan.
Mengatur biaya total dan multiplisitas Spin, dan kemudian pilih OK untuk menutup kotak dialog kedua.
Pilih Single Point pada menu Compute.
Ketika perhitungan selesai, pilih orbital pada menu Hitung. Kotak dialog terbuka orbital. Garis putus-putus panjang di tengah kotak dialog mewakili nol energi. Garis-garis ungu mewakili orbital virtual, dan garis hijau mewakili orbital diduduki.
L-klik pada pilihan Label di kotak dialog untuk melihat pengisian orbital.
Pindahkan kotak dialog untuk orbital sisi layar sehingga Anda dapat melihat ruang kerja HyperChem.
Pilih orbital.
Tingkat orbital yang dipilih disorot dalam warna merah. Nilai untuk energi dan penunjukan orbital muncul di kotak pilihan orbital.
Kontur Pilih 2D atau 3D lsosurface.
L-klik pada Plot.
Pilih Nomor ke nomor orbital dimulai dari orbital energi terendah.
Pilih HOMO untuk menampilkan jumlah orbital sebagai offset dari HOMO itu.
Pilih + LUMO untuk menampilkan jumlah orbital sebagai offset dari LUMO tersebut.
L-klik tarik persegi panjang sekitar sekelompok orbital.
Pilih Zoom untuk memvisualisasikan seluruh set orbital.
Contoh Hasil Perekam Komputasi Menggunakan <Start Log> murah <Stop Log>
HyperChem log mulai - Sabtu 29 Maret 09:03:41 2008.
Single Point, SemiEmpirical, molekul = D: \ Documents and Settings \ My Documents \ diktat hiper \ NH3.hin.
AM1
Konvergensi limit = 0.0100000 Iterasi batas = 50
Mempercepat konvergensi = NO
RHF Perhitungan:
Singlet negara perhitungan
Jumlah elektron = 8
Jumlah Tingkat Pendudukan ganda = 4
Mengisi pada Sistem = 0
Orbital Total = 7
Mulai AM1 perhitungan dengan 7 orbital
Iterasi = 1 Selisih = 1430,40403
Iterasi = 2 Selisih = 10,08501
Iterasi = 3 = 2,52484 Perbedaan
Iterasi = 4 = 0,85492 Perbedaan
Iterasi = 5 Perbedaan = 0,00598
Energi =- 276.372055 kkal / mol Gradient = 6.836424 Simetri = C3V
ENERGI DAN GRADIENT
Jumlah total Energi = -5732,5124109 (kkal / mol)
Energi total = -9,135338891 (au)
Binding Energi = -276,3720549 (kkal / mol)
Terisolasi Energi Atom = -5456,1403560 (kkal / mol)
Elektronik Energi = -9.987,6978735 (kkal / mol)
Inti-Core Interaksi = 4255.1854627 (kkal / mol)
Panas Pembentukan = -7,0660549 (kkal / mol)
Gradient = 6.8364239 (kkal / mol / Ang)
MOLEKULER POINT GROUP
C3V
NILAI EIGEN (eV)
Simetri: 1 A1 1 T 1 T 2 A1 3 A1
Nilai eigen: -32,426362 -15,814177 -15,814177 -10,371295 4,106811
Simetri: 2 E 2 E
Nilai eigen: 6.111278 6.111278
POPULASI ELEKTRON ATOM Orbital
AO: 1 S N 1 Px N 1 Pv N 1 Pz N 2 S H
1.586398 1.203774 1.135901 1.475261 0.866222
AO: 3 S H 4 S H
0.866222 0.866222
NET BIAYA DAN KOORDINAT
Atom Z Mengisi Koordinat (Angstrom) Massa
x y z
1 7 -0,401334 -1,01432 0,15037 -0,04881 14,00700
2 1 0,133778 -1,01432 1,16037 -0,04881 1,00800
3 1 0,133778 -0,06208 -0,18629 -0,04881 1,00800
4 1 0,133778 -1,49043 -0,18629 0,77586 1,00800
ATOMIC gradien
Atom Z Gradien (kkal / mol / Angstrom)
x y z
1 7 -3,19825 -2,26151 -5,53947
2 1 -1,08454 12,91896 -1,87830
3 1 11,81867 -5,32866 -1,87838
4 1 -7,53588 -5,32879 9,29615
Dipole (Debyes) x y z Jumlah
Point-Prbhn. 0,306 0,216 0,530 0,649
sp Hybrid 0,562 0,397 0,973 1,192
pd Hybrid 0,000 0,000 0,000 0,000
Jumlah 0,868 0,614 1,503 1,841
Geometri optimasi, SemiEmpirical, molekul = D: \ Documents and Settings \ My Documents \ diktat hiper \ NH3.hin.
AM1
PolakRibiere optimizer
Konvergensi limit = 0.0100000 Iterasi batas = 50
Mempercepat konvergensi = NO
Optimasi algoritma Polak-Ribiere =
Kriteria RMS gradien = 0,1000 kkal / (A mol) siklus maksimum = 60
RHF Perhitungan:
Singlet negara perhitungan
Jumlah elektron = 8
Jumlah Tingkat Pendudukan ganda = 4
Mengisi pada Sistem = 0
Orbital Total = 7
Mulai AM1 perhitungan dengan 7 orbital
E =- 276.3721 kkal / mol Grad = 0,000 Konv = NO (0 siklus 0 poin) [Iter = 1 Diff = 1430,40403]
E =- 276.3721 kkal / mol Grad = 0,000 Konv = NO (0 siklus 0 poin) [Iter = 2 Diff = 10,08501]
E =- 276.3721 kkal / mol Grad = 0,000 Konv = NO (0 siklus 0 poin) [Iter = 3 = 2,52484 Diff]
E =- 276.3721 kkal / mol Grad = 0,000 Konv = NO (0 siklus 0 poin) [Iter = 4 = 0,85492 Diff]
E =- 276.3721 kkal / mol Grad = 0,000 Konv = NO (0 siklus 0 poin) [Iter = 5 Diff = 0,00598]
E =- 276.3721 kkal / mol = 6,836 Grad Konv = NO (0 siklus 1 poin) [Iter = 1 Diff = 0,05705]
E =- 276.3721 kkal / mol = 6,836 Grad Konv = NO (0 siklus 1 poin) [Iter = 2 Diff = 0,01105]
E =- 276.3721 kkal / mol = 6,836 Grad Konv = NO (0 siklus 1 poin) [Iter = 3 = 0,00332 Diff]
E =- 276.6098 kkal / mol = 1,759 Grad Konv = NO (0 siklus 2 poin) [Iter = 1 Diff = 0,00075]
E =- 276.6177 kkal / mol = 0,824 Grad Konv = NO (1 siklus 3 poin) [Iter = 1 Diff = 0,00206]
E =- 276.6246 kkal / mol = 0,490 Grad Konv = NO (1 siklus 4 poin) [Iter = 1 Diff = 0,00269]
E =- 276.6292 kkal / mol = 0,246 Grad Konv = NO (1 siklus 5 poin) [Iter = 1 Diff = 0,00917]
E =- 276.6301 kkal / mol = 0,509 Grad Konv = NO (1 siklus 6 poin) [Iter = 1 Diff = 0,00014]
E =- 276.6321 kkal / mol = 0,119 Grad Konv = NO (2 siklus 7 poin) [Iter = 1 Diff = 0,00020]
E =- 276.6313 kkal / mol = 0,440 Grad Konv = NO (2 siklus 8 titik) [Iter = 1 Diff = 0,00008]
E =- 276.6322 kkal / mol = 0,015 Grad Konv = YA (3 siklus 9 poin) [Iter = 1 Diff = 0,00000]
ENERGI DAN GRADIENT
Jumlah total Energi = -5732,7725376 (kkal / mol)
Energi total = -9,135753429 (au)
Binding Energi = -276,6321816 (kkal / mol)
Terisolasi Energi Atom = -5456,1403560 (kkal / mol)
Elektronik Energi = -10024,9418398 (kkal / mol)
Inti-Core Interaksi = 4292.1693022 (kkal / mol)
Panas Pembentukan = -7,3261816 (kkal / mol)
Gradient = 0.0227887 (kkal / mol / Ang)
MOLEKULER POINT GROUP
C3V
NILAI EIGEN (eV)
Simetri: 1 A1 1 T 1 T 2 A1 3 A1
Nilai eigen: -32,688079 -15,902410 -15,902410 -10,416908 4,223025
Simetri: 2 E 2 E
Nilai eigen: 6.169775 6.169775
POPULASI ELEKTRON ATOM Orbital
AO: 1 S N 1 Px N 1 Pv N 1 Pz N 2 S H
1.580104 1.204235 1.136518 1.475097 0.868015
AO: 3 S H 4 S H
0.868015 0.868015
NET BIAYA DAN KOORDINAT
Atom Z Mengisi Koordinat (Angstrom) Massa
x y z
1 7 -0,395955 -1,01501 0,14988 -0,05000 14,00700
2 1 0,131985 -1,01182 1,14769 -0,04448 1,00800
3 1 0,131985 -0,07320 -0,17971 -0,04448 1,00800
4 1 0,131985 -1,48112 -0,17971 0,76839 1,00800
ATOMIC gradien
Atom Z Gradien (kkal / mol / Angstrom)
x y z
1 7 0,03193 0,02258 0,05531
2 1 -0,01167 -0,00172 -0,02021
3 1 -0,00551 -0,01043 -0,02021
4 1 -0,01475 -0,01043 -0,01488
Dipole (Debyes) x y z Jumlah
Point-Prbhn. 0,304 0,215 0,526 0,644
sp Hybrid 0,567 0,401 0,981 1,202
pd Hybrid 0,000 0,000 0,000 0,000
Jumlah 0,870 0,615 1,507 1,846
Analisis getaran, SemiEmpirical, molekul = D: \ Documents and Settings \ My Documents \ diktat hiper \ NH3.hin.
AM1
Konvergensi limit = 0.0100000 Iterasi batas = 50
Mempercepat konvergensi = NO
RHF Perhitungan:
Singlet negara perhitungan
Jumlah elektron = 8
Jumlah Tingkat Pendudukan ganda = 4
Mengisi pada Sistem = 0
Orbital Total = 7
Mulai AM1 perhitungan dengan 7 orbital
Iterasi = 1 Selisih = 1444,16939
Iterasi = 2 = 9,92973 Perbedaan
Iterasi = 3 = 2,55998 Perbedaan
Iterasi = 4 = 0,87677 Perbedaan
Iterasi = 5 Perbedaan = 0,00571
ENERGI DAN GRADIENT
Jumlah total Energi = -5.732,7716372 (kkal / mol)
Energi total = -9,135751994 (au)
Binding Energi = -276,6312812 (kkal / mol)
Terisolasi Energi Atom = -5456,1403560 (kkal / mol)
Elektronik Energi = -10.024,9409395 (kkal / mol)
Inti-Core Interaksi = 4292.1693022 (kkal / mol)
Panas Pembentukan = -7,3252812 (kkal / mol)
Gradient = 0.2339703 (kkal / mol / Ang)
MOLEKULER POINT GROUP
C3V
NILAI EIGEN (eV)
Simetri: 1 A1 1 T 1 T 2 A1 3 A1
Nilai eigen: -32,690167 -15,904118 -15,904118 -10,417706 4,220990
Simetri: 2 E 2 E
Nilai eigen: 6.166559 6.166559
POPULASI ELEKTRON ATOM Orbital
AO: 1 S N 1 Px N 1 Pv N 1 Pz N 2 S H
1.580769 1.203917 1.136369 1.474102 0.868281
AO: 3 S H 4 S H
0.868281 0.868281
NET BIAYA DAN KOORDINAT
Atom Z Mengisi Koordinat (Angstrom) Massa
x y z
1 7 -0,395158 -1,01501 0,14988 -0,05000 14,00700
2 1 ,131719 -1,01182 1,14769 -0,04448 1,00800
3 1 ,131719 -0,07320 -0,17971 -0,04448 1,00800
4 1 ,131719 -1,48112 -0,17971 0,76839 1,00800
ATOMIC gradien
Atom Z Gradien (kkal / mol / Angstrom)
x y z
1 7 0,33071 0,23385 0,57280
2 1 -0,11271 -0,09145 -0,18399
3 1 -0,12055 -0,06661 -0,18960
4 1 -0,09745 -0,07578 -0,19920
Dipole (Debyes) x y z Jumlah
Point-Prbhn. 0,303 0,214 0,525 0,643
sp Hybrid 0,567 0,401 0,983 1,204
pd Hybrid 0,000 0,000 0,000 0,000
Jumlah 0,870 0,616 1,508 1,846
**********************************
****** ****** Analisis vibrasi
**********************************
Komputasi matriks kekuatan: dilakukan 20%.
Komputasi matriks kekuatan: dilakukan 50%.
Komputasi matriks kekuatan: dilakukan 70%.
Komputasi matriks kekuatan: dilakukan 100%.
Menghitung spektrum getaran ...
==== Angkatan Matrix Konstan dalam Milli-dyne / Angstrom ====
(Saya - Indeks Atom Z Nomor Atom)
Saya Z Saya Z Saya Z Saya Z Saya Z
1 7 2 1 3 1 4 1
1 7 6,95041 3,09898 3,09891 3,09878
2 1 3,09898 3,44291 0,42670 0,42670
3 1 3,09891 0,42670 3,44283 0,42671
4 1 3,09878 0,42670 0,42671 3,44274
Zero Point Energi ==== Getaran dalam kkal / mol ====
21.60589
=================================
Spektrum IR ========== ==========
=================================
Frekuensi ---- Normal Mode Getaran di 1/cm.
---- Terpadu intensitas Band Inframerah dalam km / mol.
---- Derivatif moments Dipole dengan Hormat
untuk Koordinat normal pada Debye / Angstrom / AMU.
************************************************** ***************************
Normal Mode Frekuensi 1139,20
1 Intensitas 37,47432
Simetri 1 A1
Derivatif Dipole Moment -0,6736 -0,4763 -1,1667
Normal Mode Frekuensi 1764,71
2 Intensitas 0,00003
Simetri 1 km
Derivatif Dipole Moment 0,0001 -0,0012 0,0004
Normal Mode Frekuensi 1764,72
3 Intensitas 0,00003
Simetri 1 km
Derivatif Dipole Moment 0,0011 0,0000 -0,0005
Normal Mode Frekuensi 3465,08
4 Intensitas 2,71713
Simetri 2 E
Derivatif Dipole Moment 0,2970 0,1120 -0,2174
Normal Mode Frekuensi 3465,12
5 Intensitas 2,71566
Simetri 2 E
Derivatif Dipole Moment -0,1639 0,3449 -0,0463
Normal Mode Frekuensi 3535,03
6 Intensitas 1,94860
Simetri 2 A1
Derivatif Dipole Moment 0,1536 0,1087 0,2660
Terjemahan Frekuensi 0.00
1 Intensitas 0,00000
Derivatif Dipole Moment 0.0000 0.0000 -0,0000
Terjemahan Frekuensi -0,00
2 Intensitas 0,00000
Derivatif Dipole Moment -0,0000 0,0000 -0,0000
Terjemahan Frekuensi 0.00
3 Intensitas 0,00000
Derivatif Dipole Moment 0.0000 0.0000 -0,0000
Rotasi Frekuensi -14,16
1 Intensitas 38,67454
Derivatif Dipole Moment -0,8381 1,1852 0,0000
Rotasi Frekuensi -16,46
2 Intensitas 38,67251
Derivatif Dipole Moment -0,9677 -0,6843 0,8381
Rotasi Frekuensi 10.30
3 Intensitas 0,00000
Derivatif Dipole Moment -0,0000 0,0000 -0,0000
************************************************** ***************************
Transisi Negara Cari: Setelah vektor eigen, SemiEmpirical, molekul = D: \ Documents and Settings \ My Documents \ diktat hiper \ NH3.hin .
AM1
Konvergensi limit = 0.0100000 Iterasi batas = 50
Mempercepat konvergensi = NO
RHF Perhitungan:
Singlet negara perhitungan
Jumlah elektron = 8
Jumlah Tingkat Pendudukan ganda = 4
Mengisi pada Sistem = 0
Orbital Total = 7
Mulai AM1 perhitungan dengan 7 orbital
Menghitung Hessian diperlukan.
Komputasi Hessian menggunakan koordinat Cartesian.
Iterasi = 1 Selisih = 1444,16939
Iterasi = 2 = 9,92973 Perbedaan
Iterasi = 3 = 2,55998 Perbedaan
Iterasi = 4 = 0,87677 Perbedaan
Iterasi = 5 Perbedaan = 0,00571
Komputasi Hessian awal: 20% dilakukan.
Komputasi Hessian awal: 50% dilakukan.
Komputasi Hessian awal: 70% dilakukan.
Komputasi Hessian awal: dilakukan 100%.
ENERGI DAN GRADIENT
Jumlah total Energi = -5732,7723775 (kkal / mol)
Energi total = -9,135753174 (au)
Binding Energi = -276,6320215 (kkal / mol)
Terisolasi Energi Atom = -5456,1403560 (kkal / mol)
Elektronik Energi = -10.024,9416797 (kkal / mol)
Inti-Core Interaksi = 4292.1693022 (kkal / mol)
Panas Pembentukan = -7,3260215 (kkal / mol)
Gradient = 0.0941420 (kkal / mol / Ang)
MOLEKULER POINT GROUP
C3V
NILAI EIGEN (eV)
Simetri: 1 A1 1 T 1 T 2 A1 3 A1
Nilai eigen: -32,688693 -15,903097 -15,902680 -10,417151 4,222420
Simetri: 2 E 2 E
Nilai eigen: 6.168701 6.168895
POPULASI ELEKTRON ATOM Orbital
AO: 1 S N 1 Px N 1 Pv N 1 Pz N 2 S H
1.580323 1.204297 1.136524 1.474563 0.868094
AO: 3 S H 4 S H
0.868094 0.868105
NET BIAYA DAN KOORDINAT
Atom Z Mengisi Koordinat (Angstrom) Massa
x y z
1 7 -0,395707 -1,01501 0,14988 -0,05000 14,00700
2 1 ,131906 -1,01182 1,14769 -0,04448 1,00800
3 1 ,131906 -0,07320 -0,17971 -0,04448 1,00800
4 1 ,131895 -1,48112 -0,17971 0,76839 1,00800
ATOMIC gradien
Atom Z Gradien (kkal / mol / Angstrom)
x y z
1 7 0,15018 0,10618 0,20023
2 1 -0,03515 -0,02380 -0,03607
3 1 -0,03414 -0,02518 -0,03603
4 1 -0,08089 -0,05719 -0,12813
Dipole (Debyes) x y z Jumlah
Point-Prbhn. 0,303 0,215 0,525 0,644
sp Hybrid 0,567 0,401 0,982 1,203
pd Hybrid 0,000 0,000 0,000 0,000
Jumlah 0,871 0,616 1,507 1,846
************************************************** ************************************
H
Tidak ada komentar:
Posting Komentar